1946年加勒比司令部立，国南方司令部（SOUTH）一直负责国在中洲南洲的军活动。1995年联合司令部结构的评估，使国南方司令部接替了国西洋司令部在墨西哥湾、加勒比海及其中的国区、中洲南洲周边水域的职责。随着北方司令部的建立，其分担了墨西哥部分加勒比区的职责。今，除了古巴，南方司令部的指挥管辖区域包含了31国15特殊任务区，它分布墨西哥南的整拉丁洲陆、中洲南洲的附近水域及加勒比、墨西哥湾部分西洋区域。
南方司令部的员司令部包括国陆军南方部队（克萨斯州萨姆休斯顿堡）、12空军（亚利桑那州戴维斯-蒙森空军基）、国海军南方司令部（佛罗达州梅港海军基）、国海军陆战队南方部队（佛罗达州的迈阿密）。5员司令部是国南方特战司令部，位佛罗达州迈阿密附近的霍姆斯特德空军储备基。有3特遣部队在其指挥行动：布拉沃联合特遣部队（洪拉斯的索托卡诺空军基）、关塔那摩联合特遣部队（古巴关塔那摩湾国海军场站）南方联合跨部门特遣部队（佛罗达州基韦斯特）。它的职分别包括：运行一具备全候日/夜空中运输力的空军基：实施拘禁审讯行动：实施反毒品行动。
重组的一部分，南方司令部2008年立了安全情报处，从此取代了J2情报、监视侦察处，其组织结构图6.8所示。它的使命是“与战区、员、国的、跨部门的伙伴国组织完全同步整合，执行全源的、科的情报行动”。其职责“使高层领导人完全了解相关信息并强化其决策，使战区区战计划行动够改变环境实施ISR（包括敏感侦察）行动，从支持国南方司令官的工重点”。2014年南方司令部的司令官确认，重点工是在关塔那摩“一直持续的人主义有尊严的拘禁行动”，打击跨国有组织犯罪，建设伙伴力应急计划。南方司令部针些重点工所展的情报活动，包括：财政部反威胁金融分支机构提供分析支持；与联合简易爆炸装置抗组织一合打击哥伦比亚革命武装力量（Revolutionary Armed Forces of bia）其他恐怖组织使的简易爆炸装置；支持针贩毒集团恐怖组织的特别行动；分析司令部职责区域内国的政治展。