1986年2月28日，由总统罗纳德·根任命的国国防管理特别委员提议，建立一单独的联合司令部，整合全球的空中、陆海洋的军运输。4月1日，根签署了国安全决定219号指令“落实总统的国防管理委员的建议”，指示国防部长在禁止类司令部的立法被废止，“采取那些必的步骤建立一联合司令部，提供全球的空中、陆海洋运输”。
1986年末，《国防部重组法案》命令国防部长考虑建立一联合运输司令部（Uransportation and, UTC），并废除了阻碍一举措的法律条款。1987年10月1日，国运输司令部（U.S.Transportation and, TRANS）由联合运输司令部更名，在伊利诺伊州斯科特空军基立，拥有50名工人员。1992年2月14日，国防部长强化了国运输司令部的职责，使其“国防部提供空中、陆海洋运输，无论在平期是战争期”。国运输司令部的员司令部包括陆军的面部署分布司令部、海军的军海运司令部空军空中机动司令部。另外，联合实现力司令部隶属国运输司令部。
运输司令部的情报处（J2）同是国运输司令部联合情报行动中（JIOC-TRANS）。图6.12所述，该中设有四主部门：情报行动、计划项目、实情报及反情报人力情报。
情报行动部“实施全源的、科的情报分析制”，国运输司令部司令官司令部员组织提供支持。该部门编制的情报品包括“联合特别报告，专题分析，信号灯规划图、GEOPORT（那些依赖图像其他数据的商业海港相关的产品）、商业海港基础设施信息”。计划项目部负责国运输司令部联合情报行动中军情报计划内情报源进行策划、设计制定预算；它编制提国运输司令部联合情报行动中年度情报计划目标备忘录。
实情报部门负责实情报、迹象预警，“向运输运营者策划者提供每周7每24操的全面实情报、迹象预警、威胁识别、态势感知武装力量保护信息，支持国运输司令部的全球行动”。反情报/人力情报部的职包括所有反情报/人力情报行动的冲突解决，协调司令部的兴趣区域内反情报/人力情报组织的任务分配，并确保“反情报/人力情报的需求清晰表达了国战略司令部的情报架构计划的展”。
情报处主持国运输司令部的季度威胁组的工，负责“分析评估（运输司令部）在全世界范围内的行动受的全方面威胁，确保其人员资产的安全”，并分送评估结果、报告或其他果。