利潜艇进行情报搜集，源艾森豪威尔政府的最几年。该项目有代号，其中最著名的是“磨石”（HOLYSTONE），它是最敏感的国情报行动一。“磨石”行动始1959年，运装备了特殊电子设备”的潜艇搜集电子通信图像情报。1991年止，该项目的首目标是苏联，但有诸越南中国等国行动的目标，些行动偶尔突破苏联、中国越南的三英领土限制。
据称，1975年的每次任务延续约90。1975年，已执行的任务显提供了有关苏联潜艇舰队的重信息，包括其配置、力、噪声图、导弹导弹力。每次任务包含获取苏联潜艇的“噪音图”。利录制潜艇动机其他设备噪音的详细磁带，海军情报分析人员够一套方法，识别苏联不同的潜艇，即使那些被远距离追踪的海洋深处潜艇适。，分析人员够从潜艇的首次行动一直跟踪它退役。
“磨石”行动提供有关战区导弹战略海基导弹的信息。某些苏联海基导弹试验针的是内陆目标，便减少受国的监控。有候，“磨石”行动的潜艇侵入并靠近苏联领土观察导弹，提供导弹飞行最初阶段的信息。据政府某位官员所言，任务中提供的最重的信息是苏联技术人员在导弹前所执行的计算机演算计算机信号的解读。除此外，国潜艇通追踪导弹的飞行最终的着陆点，传递制导电子系统的持续信息，获情报。
潜艇够带回有价值的图像，其中许是通潜艇的潜望镜拍摄的。20世纪60年代中期，图像中现了E级潜艇的侧，显是停在符拉迪沃斯托克港口内的。
更近期的行动次动了38艘鲟鱼级核动力潜艇中的某些潜艇，该潜艇的尺寸292×31.7×26英尺，装载了107人（12名军官95名在编人员）的补给，该潜艇水至少30海每的速度航行，并潜至1320英尺深处。另有一些行动动了一些更现代化的洛杉矶级攻击潜艇。该潜艇尺寸362×33×32.3英尺，32海每的速度航行，配备了133名人员。
“磨石”任务的特殊装备包括WLR-6水男孩信号情报系统（Waterboy Signals Intelligence System）。20世纪80年代，WLR-6被更先进的“海妖”（SEA NYMPH）系统所取代。某份资料将其描述“高级动的模块信号挖掘系统，电子信号的持续获取、识别、记录、分析挖掘利”。所有的鲟鱼级潜艇具备基础的骨干系统，有授权才升级至完整功。
有证据表明，“磨石”行动一直持续20世纪90年代初。1992年2月，国海军“巴吞鲁日”号（Bate），一艘洛杉矶级攻击潜艇，在科拉半岛与苏联一艘潜艇生冲突。据称，“巴吞鲁日”号正在执行针苏联港口摩尔曼斯克的情报收集任务。另一次冲突生1993年3月20日，鲟鱼级国海军“格雷灵”号（Greyling）在摩尔曼斯克北100英的巴伦支海遇了俄罗斯一艘德尔塔Ⅲ级弹导弹潜艇。一月，克林顿总统在与俄罗斯总统叶利钦的峰期间次件了歉。他令潜艇侦察行动进行一次评估。
虽类涉及俄罗斯的行动暂被缩减，但显并完全停止。1997年12月初，一艘俄罗斯台风（Typhoon）潜艇了20枚弹导弹，是根据1991年签订的《战略武器削减条约》（Strategic Arms Redu Treaty, SARTⅠ）进行的例行销毁。俄罗斯人指控称，一艘潜在水中的洛杉矶级潜艇监控了此次行动，但是国海军官员表明不是国潜艇（保留了是英国潜艇的猜疑）。
不管怎，是存在其他目标。仍在服役的洛杉矶级潜艇国海军“托皮卡”号（Topeka）“路易斯维尔”号（Louisville）分别1992年11月1993年1月达了波斯湾。它的任务是监视伊朗新的潜艇舰队。1995年国飞行员斯科特·奥格莱迪在波斯尼亚空被击落，潜艇拦截了抓住奥格莱迪的波斯尼亚塞尔维亚人的通信。同一年，一艘潜艇被指派参与太平洋东部的禁毒工，它截获了一艘疑的拖网渔船传输的信号，帮助国海岸警卫队捕获了11吨卡因。在更近期的行动中，长度377英尺的一艘新级别攻击潜艇国海军“弗吉尼亚”号（Virginia）2005年被派往了加勒比南西洋执行通信拦截任务。
截至2009年，代号AQUADOR的系列潜艇侦察任务针了各各的目标。某些情况，潜艇监控伊朗海军在霍尔木兹湾的活动，目标是保护国际航运线。其他的任务则专注监控被怀疑涉及弹导弹核武器导弹技术运输的外国商业航运。此类任务中，比较早的一次是追踪朝鲜船，因国分析人员认，些船正将弹导弹支持设备运往叙利亚伊朗。
其他潜艇被委派执行在海底电缆安装窃听装置的任务，属信号情报搜集任务。20世纪70年代末，在一次名“常春藤铃”（IVY BELLS）的行动中，海军在苏联位鄂霍次克海海底的军通信电缆放置了传感装置，并考虑在巴伦支海海底的类似电缆再放置一。更近期，一艘新的潜艇——国海军“吉米·卡特”号经改装，被委派执行接入光纤电缆的行动。它取代了国海军“鲷鱼”号（Parche），者是经特殊配备情报搜集。国海军“吉米·卡特”号是三艘，是最一艘海狼级潜艇，它重达130吨、长度453英尺，潜入水中，够至少25海的速航行。
另一艘参与前信号情报行动的潜艇是国海军“安纳波利斯”号（Annapolis），它在2014年3月至9月，在航行经欧洲司令部中央司令部管辖区域期间，完了“四次国安全极重的任务”。它配备了“辐宝石”（RADIAONE）系统，目标追踪、迹象预警（I&W）。它在计算机网络行动中挥。