历次战争结束，战争中俘获的战俘是潜在的情报源，够通战俘获敌方的计划力。不，《日内瓦公约》战俘提供了非常严密的制度保护。单战俘一般提供非常有限的情报（例姓名、军衔、序列号等），日内瓦公约的签署国在待战俘问题承担明确的义务责任。
尽管此，布什奥巴马政府仍不在国反恐战争中俘获并关押的囚犯视战俘，是将些囚犯定不受法律保护的方战斗人员。做法的法律依据在基组织员将平民袭击目标，不穿军装制服，且不归属传统意义的军队。塔利班武装人员同不被视战俘，理由是他并未服务合法的政府。因基组织的武装分子未被定合法的敌方武装人员，国方面判定不仅通些拘捕的武装分子获比战俘更的情报，些武装分子采取更加严厉的审讯措施榨取有价值的情报。
些囚犯被关押在机构中，些机构分布在世界各，并且由不同的单位管理。在阿富汗坎哈巴格拉姆的军基是最新一批仍在运行的关押机构。在些基中，军人员负责审讯些囚犯。在一段期内，坎哈基曾关押了500名囚犯。最知名的关押点位古巴的关塔那摩湾，最初被称“X区（Camp X-ray）”，被称“三角洲集中营（Camp Delta）”。最新的关押设施被命名四区。2005年6月，该关押了500余名囚犯；2014年11月，此处关押着148名囚犯。
据报，其他的囚犯被关押在位印度洋的迭戈加西亚岛英联合基及国东北部的军基中。除此外，国中央情报局管理了一批不人所知的监狱设施（黑狱），2006年9月有14名囚犯被转移至关塔那摩。2005年，有报称在些黑狱中关押着36名囚犯。2007年4月，国中央情报局将另一名基组织领导人移给国国防部，此人2006年秋季被中央情报局方面关押。有国国中央情报局提供关押囚犯的设施，包括阿富汗（在喀布尔附近，代号“盐坑”）、泰国（位泰国皇空军基附近，最初命名“猫眼”）、罗马尼亚（米哈伊尔·科格尔尼恰努机场附近，代号“明亮光”或“灯箱”，2006年5月关闭）、立陶宛（2006年5月关闭）、毛塔尼亚波兰（设在波兰中北部村庄旧凯库蒂的情报机构内，代号“石英”，2003年9月关闭）。摩洛哥曾计划建立一处监狱设施，代号“孟买”（Bombay），但是未投入使。有报称，国中央情报局在索马安全局基设有秘密监狱，在那关押索马极端组织“伊斯兰青年运动”（Al-Shahab）员。
2001年至2013年关闭了处黑狱，些囚犯最早被转移关押在国海军的军舰（国海军的“圣安东尼奥”号驱逐舰“博克瑟”号驱逐舰）及远离居民区的岛屿（赞比亚卡拉巴湖中的无人岛）。
囚犯是通很方式捕获的。有些是在传统军行动中被捕，其他的囚犯是被特部队士兵（比由突击队员特部队组的战斧特遣队被派遣横穿阿富汗追捕基组织塔利班的领导人）抓捕的。有一些囚犯是被国中央情报局的特殊行动抓捕的，例2003年8月，中央情报局与泰国联合行动抓捕基组织在印度尼西亚分支机构伊斯兰祈祷团（Jemaah Islamiyah）的头目，或者中央情报局与巴基斯坦情报机构联合行动。除此外，外国政府将逮捕的嫌疑人移送给国方面。
些被羁押审讯的囚犯或具有极安全威胁，或具有重的情报价值。据一名原军审讯人员介绍，基组织在阿富汗的训练营训练了万名武装分子，“有数百名武装分子是匿名的，其中一部分危害较，另一些则危害极。”有一些囚犯被羁押是搜集情报的目的，些情报不是全部准确，但是够反映恐怖分子的活动情况。例有一名名贾巴拉·穆罕默德·曼苏尔（Jabarah Mohamed Mansur）的加拿籍公民，曾恐怖组织员参与策划袭击驻新加坡的色列、国澳利亚使馆。被关押关塔那摩的人员中，有一名商人1971年至1987年居住在国，被指曾基组织袭击国目标提供帮助，有一名在阿富汗被捕的囚犯被认定是参与“9·11件”的20名恐怖分子一。
据国国防部新闻稿披露，名所谓的劫机恐怖分子名叫穆罕默德·卡赫塔尼（Mohamed al-Kahtani）。在关塔那摩关押期间，此人不仅指明了制造脏弹的何塞·帕迪拉（Jose Padilla）及使鞋子炸弹的理查德·雷德（Richard Reid）与基组织的关系，提供了关基组织派遣恐怖分子通防范薄弱的边境区渗透的路线方法，解释本·拉登是何逃抓捕，并且提供了本·拉登本人身体状况的有关情报，提供了关本·拉登的30名保镖的详细信息。除此外，据称有两名被关押人员曾辨认本·拉登信使〔化名阿布·艾哈迈德·科威特（Abu Ahmed al-Kuwaiti），其真名艾库威提·库威蒂〕身份，其中一名就是此人。辨认本·拉登的信使是确定其藏身位置关键情报，，本·拉登2011年5月被击毙。
在国中央情报局黑狱中关押的人员被视“高价值目标”，说是除了基组织高级领导者外的潜在重情报源。些情报通那些负责勤的或参与训练的武装分子获。根据国情报总监办公室的一份简记录，实，2006年9月已送至关塔那摩的14高价值目标技术辅助人员：阿济兹阿（Ali Abd al-Aziz Ali，一名巴基斯坦基组织的技术人员）、艾哈迈德·哈勒凡·盖兰尼（Ahmed Khalfan Ghailani，基组织的伪造技术人员，并帮助运送恐怖分子）、汉巴（Hambali，印度尼西亚伊斯兰祈祷团的负责技术工的头目）、穆斯塔法·艾哈迈德·哈萨维（Mustafa Ahmad al-Hawsawi，负责财务管理）、穆罕默德·纳齐尔·本·（汉巴的重助手一）、马吉德·汗〔曾受哈立德·谢赫·穆罕默德（Khalid Sheikh Mohammed）/Archive指使负责领导设计向国处水库投毒的方案等工〕、阿布德·拉希姆·侯赛因·穆哈默德·阿布（阿拉伯半岛基组织的行动负责人）、阿布·法拉兹·利比（Abu Faraj al-Libi，是本·拉登的外联络人）、阿布·祖贝达（Abu Zubaydah，据信是基组织高级行动官员，转提供辅助工）、拉姆齐·本·希布赫（Ramzi bin al-Shibh，是“9·11袭击”中重的辅助人员）、祖贝尔（Zubair，伊斯兰祈祷团的行动策划者，受汉巴领导）、瓦利德·本·阿塔希（Walid bin Attash，行动策划者）、哈利德·谢赫·穆罕默德（KHalid Sheih Mohammed）、及古尔德·哈桑·康拉德（伊斯兰团结组织在摩加迪沙勤网络的负责人）。
审讯人员被授权在理战术外采取非正常的审讯方式，达从关押人员身获取情报的目的。2006年秋前，军审讯人员训练手册中主有16基本的审讯手段，但是禁止使刑讯手段。但是，些训练手册并不约束国中央情报局的审讯人员，且手册中未就何情况构刑讯进行定义。国中央情报局改进了审讯技术，并授权在反恐项目中应（代号“灰石”）。些审讯方式包括坐水凳水刑（两方式是让被讯问者感受溺水的绝望）、剥夺睡眠、单独隔离、抑制睡眠、流质饮食、压迫体位、停供止疼药等。表11.1描述了相关细节。
据的审讯人员透露，有一名关押在坎哈基的囚犯供述了“关德国汉堡基组织分支的重情报，卖了很武装分子，揭了前从未掌握的基组织与北非伊斯兰团体联系情况”。另一名囚犯供了曾经参与策划国驻罗马使馆投毒的袭击计划，根据该情报提供的线索抓获了8名摩洛哥人（些摩洛哥人最终被无罪释放），并现了8.8磅氰化物、一份国使馆游客图及份使馆周边管线设施位置图。有另一名囚犯提供了基组织在欧洲招募人员的名单、行动计划、及本·拉登卫队的情报。
根据奥巴马总统的求，无论是何机构负责管理的审讯机构，获准使军基手册中的审讯技术。另外，按照奥巴马的求，建立了一名“高价值关押者审讯组”（High Value Detaierrogation Group）的机构，负责管理些囚犯的审讯工
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