1998年，国中央情报局始在阿富汗北部部署人员，向北方联盟的领导人艾哈迈德·沙阿·马苏德（Ahmad shah Massoud）提供了一笔经费，说服其调动军队参与抓捕或击毙本·拉登行动。招募马苏德，实施了一次针本·拉登巡航导弹袭击，但是此次袭击失败告终。不，按照本·拉登的安排，他应该在遭空袭点见二三百名基组织员。1999年，特行动部员秘密进入阿富汗境内，准备在捕获本·拉登利沙漠飞机跑返回，或者在军的部落盟友陷入绝境利该机场困。
“9·11件”，布什总统决定消灭基组织及其提供庇护的塔利班政权。国中央情报局的反恐中（CTC）制定了一项计划，即派遣反恐中的特行动组特部队员前往阿富汗区，与北方联盟及其他阿富汗反派共同战。些组由说波斯语或达语的军官负责指挥，一名特别行动组员任副手。
9月26日晚，一支“JAWBREAKER”组，被称北方联盟联络队，抵达阿富汗北方的潘杰希尔峡谷。该组的任务包括军提供情报，支援北方联盟，及进行电讯情报搜集。同，该组承担了秘密行动任务：说服北方联盟允许军进入该区，并北方联盟提供经济支持。
该组向北方联盟的最高领导人穆罕默德·法希姆·罕（Mohammad Fahim Khan）将军提供了100万元，支持其军队准备参加续的战斗。该组向北方联盟的情报机构负责人提供了50万元，又在10月中旬再次向法希姆将军北方联盟外部长阿卜杜拉·阿卜杜拉博士（Dr.Abdullah Abdullah）提供了170万元。述提供的资金中，有75万元帮助法希姆的部队提供军补给，25万元向战场附近平民放人主义援助物资。另外，有25万元准备支付给北方联盟高级指挥官奥萨德·阿塔将军（Osad Atta）。有45万元北方联盟情报机构的日常运营及收买塔利班指挥官投靠北方联盟。
2001年10月旬，由国中央情报局指挥的ECHO队在阿富汗南部与哈米德·卡尔扎伊面。卡尔扎伊曾是一名很有名望的部族领袖，被迫逃离阿富汗，并在巴基斯坦组织力量抵抗塔利班组织。卡尔扎伊是一位与国合的普什图族领导人，在阿富汗南部共同建立抵抗组织。在此次面中，ECHO队卡尔扎伊筹划支持其重返阿富汗，并安排向卡尔扎伊的支持者空投武器弹药。
国中央情报局向南部区的反塔利班组织援助AK-47突击步枪其他轻武器及服装食品。些接受援助的组织包括卡尔扎伊的部队前坎哈省长领导的武装组织。除此外，中央情报局与其他部族领导人建立联系，提供武器、资金，并输送其他利益，劝说其加入反塔利班阵营。中央情报局人员利金钱引诱威胁手段，争取塔利班组织中持不同政见的指挥官叛变。
在阿富汗实施的定点清除行动败兼有。2002年5月，阿富汗前总理、强硬派伊斯兰组织领导人古勒卜丁·希克马蒂亚尔（Gulbuddiyar）遭“捕食者”无人机的“狱火”导弹袭击。希克马蒂亚尔计划袭击卡尔扎伊政府及卡尔扎伊本人。枚“狱火”导弹未击毙希克马蒂亚尔本人，但是击毙了名随从人员。一名政府官员称，该导弹瞄准的是该组织名员，非仅针希克马蒂亚尔一人，因此“不幸”使希克马蒂亚尔逃一劫。
2009年2010年间，国方面在阿富汗功实施了200余次无人机空袭，2011年一数字300次。2012年空袭次数升至506次。2012年7月，一次空袭击毙了3名塔利班领导人，并摧毁了三人乘坐的SUV汽车，阻挡该车行进的平民未幸免。2012年9月库纳尔省玛拉瓦拉县的一次空袭中，两名塔利班指挥官被击毙，此二人曾使路边炸弹破坏秩序，并威胁杀死向军提供协助的阿富汗人。
除了使“捕食者”无人机动空袭外，军阿富汗政府军采收买塔利班武装分子或者其动面进攻。有报称，2010年年初，国陆军突击队、海豹突击队及中央情报局的行动部门派队秘密实施“猎杀-捕俘任务”（Kill-Capture Mission）——一次行动捕获一名或两名武装分子。根据一份报告的记载，一年间，些突击队的数量就从2009年的4支增加了2011年的20支，队的人数规模从10人至200人不等。2010年4月24日至2011年4月15日期间，国特部队在阿富汗实施了11500次行动，击毙或俘获1500名叛军领导人，捕获8000名叛军员，并击毙了3200人。
除此外，中央情报局在获了布什总统的授权，培训并部署了总规模3000人，主由阿富汗人组的准军力量，些人员组的队伍被称“反恐追剿队”（terterrorism Pursuit Teams）。其中的一支武装被称“帕蒂塔防卫军”（Paktita Dense Force），是“国中央情报局训练的六支阿富汗军队一，在阿富汗全境武装分子实施特行动”。该武装部队最初被猎杀或缉捕塔利班叛军分子，不被执行平行动或越境进入巴基斯坦实施行动。
有一支武装力量被称“霍斯特守备军”（Khost Prote Force），据称是“国中央情报局训练的准军武装，十年一直在巴基斯坦边境区实施行动”。2014年10月的一次行动中，该武装突袭了一处据称藏匿杀式袭击者的房屋，击毙三人。，些武装力量的指挥权已经计划2015年移给阿富汗国安全局（ANDS）。