2001年9月17日，布什总统授权实施全球的反恐行动计划，该行动计划包含数十子项目。该项目代号“玄武岩”（GREYSTONE），其内容缉捕并关押疑的基组织头目、秘密囚禁（黑狱）及使“加强审讯技术”（两部分详见十一章）。“玄武岩”计划包括提高中央情报局筛查国际金融数据全球监听疑人员通讯的力。该授权允许建立准军组织，在全世界范围内击毙既定目标人员。
有很途径够捕获基组织嫌犯：中央情报局人员实施的绑架；外国政府俘获移给国方面；与外国派驻在巴基斯坦、阿富汗等国的情报机构、特部队合突袭行动。2002年3月的一次行动例，巴基斯坦特部队俘获了基组织头目阿布·祖贝达（Abu Zubaydah）移给国方面；另一次由国与巴基斯坦实施的联合行动抓获了“9·11件”主策划者哈利德·谢赫·默罕默德。存在最争议的是非正式引渡，因恐怖嫌犯在引渡至其他国未经合理的司法程序便受羁押审讯。
2001年11月，默罕默德·萨阿迪·伊克巴尔·玛尼（Mohammed Saad Iqbal Madni）被印尼国情报局逮捕，国中央情报局向印尼方面提供的情报称，玛尼是基组织的技术人员，且与鞋弹制造者理查德·雷德（Richard Reid）合。玛尼在被捕很快被送往埃及接受审讯。2002年，中央情报局由身份误认逮捕了正在马其顿旅行的黎巴嫩裔德国人哈利德·马斯（Khalid al Masri），并送往阿富汗接受讯问。2003年2月，中央情报局在意利米兰市的街绑架了激进穆斯林教士哈桑·穆斯塔法·奥萨马·纳斯尔（Hassan Mustafa Osama Nasr），又名阿布·奥萨马。
2001年10月，因与国“科尔”号（COLE）宙斯盾导弹驱逐舰遭恐怖袭击有关被通缉的微生物专业生贾米勒·卡西姆·萨义德·默罕默德（Jamil Qasim Saeed Mohammed），乘坐一架国注册的湾流喷气式飞机，从巴基斯坦被移送至约旦。巴基斯坦三军情报局将此人引渡给国驻卡拉奇的官方机构。架湾流喷气式飞机是国中央情报局所有的26架湾流飞机一，另有10架是在2001年装备的。些飞机空壳公司（有任何雇员）的名义持有，由中央情报局控制公司负责运营。除了两架不同型号的湾流喷气式飞机外，机队拥有一架波音商务喷气式飞机、一架DC-3型双引擎客机、一架力神运输机、一架德·哈维兰的“双水獭”飞机、一架尔35喷气式飞机，及一架“超级空中王”200型飞机。一份欧洲议2006年春季公布的报告评估认，支国中央情报局的机队执行了千架次飞行任务。
2011年12月，厄立特亚籍公民默罕默德·伊布拉西姆·艾哈迈迪（Mohamed Ibrahim Ahmed）在联邦法院的一次庭审获释。此前，此人在未获告知米兰达权利的情况，在尼日利亚的监狱接受国中央情报局人员的讯问。有3名因意图穿越吉布提国境被捕并引渡的嫌犯被裁定支持沙巴布伊斯兰民兵（Islamist Shabab Militia）。其中两人是瑞士人，一人是英国公民。认定有罪，三人转由国联邦调查局羁押，并已送至国。
最著名的非正式引渡案件生在2003年2月，该案使名国中央情报局工人员受意利司法系统的追诉。一支情报人员组的队绑架了受米兰警方监控的激进派伊玛目阿布·奥马尔，并通海路将其运送至埃及接受审讯，将其释放。
在“玄武岩”计划中，另有70名被捕或绑架的嫌犯被由外国政府羁押。阿富汗、阿尔及利亚、巴基斯塔、乌兹别克斯坦、摩洛哥、埃及、约旦等国接受并审讯国方面移的嫌犯。