根总统期，“伊朗门件”是国安全委员授权实施的一次秘密行动，受广泛关注。但是次行动是无数次针伊朗实施的秘密行动中的一次。国中央情报局在根政府老布什政府期间，受命伊朗准军组织流亡组织提供援助，反制苏联伊朗的影响，并且准备在应霍梅尼政权垮台问题挥。最初阶段的目标是将流亡组织及仍在伊朗国内的支持者整合一联盟，待机熟，将该联盟打造影响伊朗未展的重力量。
该行动内容包括向活动在土耳其东部区的伊朗流亡组织提供数百万元。最的准军组织人员规模在6000至8000人，由伊朗前海军司令少将艾哈迈迪·马达尼（Ahmad Madani）指挥，此人曾被巴列维王朝的军法庭认定“从反政府行”，任霍梅尼政府的一任国防部长。二的准军组织人员数量不2000，由巴列维王朝期的陆军参谋长巴赫拉姆·阿亚纳（Bahram Aryana）将军指挥。按照行动计划，些准军组织够挥两方面：一是果苏联入侵伊朗，些军力量够袭击苏联军队的侧翼；二是果伊朗爆内战，些组织够进入伊朗支持保护中间派力量。有报称，国中央情报局伊朗流亡组织提供资金支持，些组织在法国埃及活动。国方面不仅支持左翼势力〔但不包括阿伯尔哈桑·巴尼·萨德尔（Abolhassan Beni Sadr）〕，支持右翼势力（不包括君主主义分支）。
国中央情报局资在埃及建立了广播台，播放反霍梅尼的信息。1987年，该台定期播放的内容包括排长队购买食品的报、反派及针神职人员革命卫队的规模暴动、政府的刑讯迫害行、伊朗共产党苏联特工的活动等。1986年9月，国中央情报局提供了便携式的型电视信号器，帮助巴列维国王的儿子从秘密电视播放。年9月5日晚9点，该设备播放的信号持续干扰伊朗国电视台达11分钟。
除此外，国中央情报局秘密向伊拉克提供情报，引导伊拉克轰炸伊朗石油管电站。1984年，有人担忧伊朗颠覆伊拉克政权，此国提供的情报使伊拉克具备了使芥子气攻击伊朗面部队的力。1985年年初，伊拉克始从国方面定期获空中侦察情报，尤其是在伊拉克袭击伊朗输油管。但是，目前不确定伊拉克方面是否通卫星照片获了准确的情报。不管怎，1986年8月，国中央情报局建立了绝密级的华盛顿至巴格达联络渠，向伊拉克方面提供更加准确的空中侦察情报。伊拉克方面因此够在实施轰炸几内评估破坏程度，并计划续的袭击。至1986年12月，伊拉克方面已经够使“锁眼”KH-11卫星SR-71黑鸟战略侦察机拍摄的相关照片。据报告记载，由苏联军队在伊朗边境区部署力量不断扩，国方面坚定伊拉克方面进攻的信，故意提供部分不完整或者经篡改的情报图像。
近年，国针伊朗的秘密行动项目主着眼迟滞其核武器的进程。其中一项行动是关阻止向伊朗售铀浓缩离机使的高质量真空泵（详见十一章）。些真空泵在德国生产，一手买是橡树岭国实验室洛斯阿拉莫斯国实验室，但是经调试在运行情况生故障。2010年的一项研究认，伊朗的离机有20%的运行效率。一份国际原子机构的报告认，纳坦兹区在运行的铀浓缩离机有3936台，但是未运行的有4592台。从土耳其购买的电机是破坏行动的牺牲品。2006年，伊朗在纳坦兹区的核设施安装的电机组导致了50台离机生爆炸。
另一项行动的目标是在伊朗获取展核武器所必需的部件——TBA-480点火器程中掺杂伪劣材料。苏联的核武器项目使该型号点火器引爆核弹。国中央情报局反扩散部在1996年9月现并招募了一名具有核武器研背景（主是电器工程引爆器方面）的俄罗斯移民，利此人向伊朗核武器研项目提供“帮助”。年11月，国中央情报局接触了一名挥管的象并且招募功，代号“梅林”（MERLIN）。该象在代号阿尔扎马斯-16（Arzamas-16）的核武器研制绝密实验室工。
国中央情报局计划向伊朗方面提供有瑕疵但是技术前景较的点火系统情报，实现浪费伊朗核武器研间资金的目的。些具有瑕疵的技术方案是在国源部属国实验室专的支持完制定的。一份备忘录记载，国实验室一名工人员认，“需花很长间才认识先进的设计方案不适简单的武器。”句话的意思是，伊朗计划制造的引爆装置适苏联制造的先进武器，不适伊朗制造的“初级”核弹。
在此项欺骗计划实施的几年中，国中央情报局将一批伊朗人员机构列欺骗计划的目标，实施了有针的方式方法。例，名俄罗斯移民的名义伊朗核武器研究项目提供情报。2000年3月，“梅林”向伊朗方面提供了有量设计图纸，并向伊朗驻国际原子机构代表团提供了一封信件。根据国中央情报局的记载，伊朗方面非常重视些情报，并且些资料带回国内。一份已经解密的2003年3月的中央情报局备忘录标题“某保密项目使一号途径监视A市伊朗人员”。不，“梅林”在伊朗派驻国际原子机构代表团露面，伊朗国内就有再接触“梅林”。
2009年，布什总统授权针与伊朗核武器项目相关的电力系统、计算机系统及其他网络实施破坏的秘密行动。该行动的果一是国与色列联合实施的计算机网络攻击，代号“OLYMPIC GAMES”，制造了著名的“震网”蠕虫病毒。该病毒是针伊朗离机设计的，够改变离机的马达转速，使马达转速快慢，从导致离机产生强烈振动变形，进损坏离机。蠕虫病毒够破坏西门子公司的软件系统，摧毁工业控制软件系统，不仅感染了伊朗60%的计算机，感染了印度、印尼甚至国的计算机。
其余针伊朗的秘密行动主是在伊拉克境内实施的。有报称，2011年，军情报机构高层功争取了一项旨在削弱伊朗在伊拉克影响力的秘密行动计划授权。行动方案计划加强在伊朗伊拉克接壤区的封锁，阻止伊朗方面的武器走活动。
2011年2012年，白宫批准由国中央情报局负责训练伊拉克反恐局（Iraq''s terterrorism Service），该工原由军负责。伊拉克反恐局由从伊拉克国防部内务部抽调的精锐部队组。中央情报局负责训练的决定，是希望在军撤伊拉克，“仍由国方面秘密帮助伊拉克提高其实施反恐行动的力”。一名官员称，“采取做法的目的是提高伊拉克独立应其国内恐怖威胁的力，改变完全依靠军或中央情报局的局面。”