除了授权国安全委员实施误导情报行动外，根总统批准国中央情报局采取削弱利比亚卡扎菲政权的秘密行动。该行动计划的主内容是中央情报局援助北非中东区反卡扎菲的国。1985年秋的一份总统指令提，该项目的首目标是干扰、阻挠卡扎菲的恐怖破坏活动计划，并采取先制人行动。在些计划外，中央情报局希望够引诱卡扎菲其他国实施冒险举动或者恐怖行动，此利比亚军队中逐渐长的卡扎菲反派势力提供夺取权力的机，或者诱阿尔及利亚、埃及等国采取军报复行动。中央情报局实施的另一秘密行动代号“TULIP”，其主内容是援助“利比亚全国拯救阵线”（National Front for the Salvation of Libya）等反卡扎菲的流亡运动及埃及等国的反卡扎菲行动。
1988年，国中央情报局始利国训练的利比亚人突击队展秘密行动，达破坏卡扎菲政权稳定的目的。该项目在根总统任期内的最几月内始实施，主是利乍首恩贾梅纳郊区的军基600名原利比亚军队士兵提供军援助训练。支利比亚人的武装主由1988年利比亚与乍边境冲突中被俘的利比亚士兵组。不，些突击队从未真正实施严格意义的军行动。乍政府1990年12月台，该武装转移至扎伊尔，又转移至肯尼亚。支武装在离乍前就被解除了武装，最终是被永久解散。
虽国与利比亚的关系在卡扎菲2003年宣布终止核武器研计划显著改善，但是在卡扎菲2011年镇压反抗组织期间，国中央情报局获准利比亚的反抗组织提供援助。中央情报局向利比亚局部区派遣了工人员，军联军实施空中打击提供情报，并与反抗组织建立联系。