1999年，国中央情报局训练并装备巴基斯坦三军情报局的近60名特部队士兵，利他协助搜寻击毙本·拉登。该项行动是克林顿政府与巴基斯坦总理谢夫及其情报部门负责人共同运的，经济利益换条件。谢夫被军政变推翻的年，该计划被终止。继任谢夫台的穆沙拉夫将军拒绝继续实施该项目。通讯监听情报显示，相关的训练计划受了拖累。
近年，在巴基斯坦实施的秘密行动主是利“捕食者”无人机携带狱火导弹袭击基组织领导人。“捕食者”无人机在2004年6月针瓦济斯坦省南部区一次众所周知的空袭中，击毙了一名塔利班组织前指挥官纳·穆罕默德（Nek Mohammed）及其他五人。2005年5月10日，阿布·法拉吉·利比的潜在权力继承人海赛姆·叶梅尼（Haitham al-Yemeni）在巴基斯坦被“狱火”导弹击毙。2005年12月，国方面确认的基组织国际行动负责人哈姆扎·拉比耶（hamza Rabia），在巴基斯坦西部的一处安全屋内被“狱火”导弹击毙。
2006年1月，情报反映本·拉登的副手艾曼·扎瓦希（Ayman al-Zawahiri）巴基斯坦西北部区的一村庄。国中央情报局试图使“狱火”导弹消灭扎瓦希，并在1月13日中午12点30分袭击了达马拉（Damadola）村中的目标。官员称，有18名平民在袭击中丧生，有至少11名武装分子被击毙（其中有7名阿拉伯游击队员，另有4名旁遮普省的巴基斯坦籍武装分子）。除此外，巴基斯坦官方称，虽死者中未现扎瓦希，但是至少确认打死了2至3名基组织高级员及扎瓦希的女婿。在死者中，有一人名叫米德哈特·穆尔西·萨义德·奥马尔〔Midhat Mursi al-Sayid Umar，又名阿布·哈巴布·马斯（Abu Khabab Masri）〕，是一名爆破毒物专，曾被列入国“头号通缉”名单。此人负责管理阿富汗东部的一处基组织据点，并且编制了介绍何使生化武器的手册。另一名已确认死亡的人名叫阿布·奥贝达·米斯（Abu Ubayda al-Misri），是阿富汗南部库纳尔省叛军行动负责人。扎瓦希的女婿在该区负责基组织的宣传工。
2008年，针在巴基斯坦区活动的基组织塔利班的头目及训练设施实施的无人机袭击数量逐渐增，无人机袭击已经常手段。2004年至2007年间，共实施了4次无人机攻击。2008年共袭击34次。2009年，仅在巴基斯坦境内已进行99次无人机袭击，使的机型包括捕食者型无人机收割者型无人机。2010年仅前9月就实施了74次无人机袭击。有报称，2010年12月中旬，年已经使“捕食者”无人机实施了百余次空袭。无人机空袭架次增加的原因是在2008年进行了政策调整，新的政策获准攻击的范围扩，不仅局限原已批准的目标，根据“生命分析模式”（pattern of life analysis）进行攻击。
无人机攻击已经击毙了一批基组织塔利班的高级头目。2009年年初，有报称基组织的20名领导人中已有9名被击毙。无人机空袭持续不断在击毙或抓捕基组织负责头目的行动中取果。2010年5月，谢赫·萨义德·马斯（Sheikh Said al-Masri）被击毙，此人是基组织的重领导人，据信是纽约铁爆炸实施者纳吉布拉·扎西（Najibullah Zazi）的幕指使，向3名“9·11件”中的劫机实施者提供资金。由有情报反映存在针欧洲的恐怖计划，国方面在2010年10月加在巴基斯坦部族区实施无人机空袭的频率。些袭击功击毙了名德国籍恐怖分子。一名名伊木拉姆·阿马尼（Imram al Amani）的德国籍炸弹袭击者在10月初的空袭中被击毙。根据军方确认，2010年实施的117次无人机空袭共击毙581人。
2011年的无人机空袭击毙了武装派别的头目。2011年6月，“313旅”（313 Brigade）头目、巴基斯坦前特勤局员伊利亚斯·卡什米（Ilyas Kashmiri）在巴基斯坦南部的瓦济斯坦被击毙，其领导的武装派别是基组织领导的“基组织的援团”员。年8月，基组织主行动策划者阿亚提·阿布德·拉哈曼（Atiyah Hbd al-Sahman）在无人机空袭中被击毙。年9月，被称基组织在巴基斯坦最高行动负责人阿布·哈夫斯·夏（Abu Hafs al-ShaririR）在同的空袭中被击毙。在此，哈卡尼网络（Haqqawork）的高级领导人杨巴兹·扎德兰（Janbaz Zadran）在瓦济斯坦北部的空袭中被击毙。
2011年11月中旬至2012年年初，由巴基斯坦方面在误炸等件（一次误炸导致了24名巴基斯坦士兵丧生）的反应强烈，无人机空袭中止了一段间，在2012年1月恢复空袭。在巴基斯坦西北部距离边境城市米拉木·萨赫（Miram Shah）1英的一次空袭中，有4名嫌疑武装人员被击毙，是伊斯兰武装组织活动的主区域。巴基斯坦塔利班组织最高领导人班达尔·曼苏尔（Bandar Mansoor）在年2月的空袭中被击毙。3名哈卡尼网络的武装分子在年4月的空袭中被击毙，同年6月的空袭击毙了重人物阿布·亚哈·利比（Abu Yahya al-Libi）。一份报告称，“此人被视基组织的二号人物”，且是“基组织最具才干的领导人”。
2013年初，穆阿维·纳齐尔（Mualvi Nazir）五名随员在驾车经巴基斯坦安哥安达区（Angoor Adda）遭遇空袭丧生。纳齐尔是瓦齐尔部落的领导人（Ahmadzai Wazir Tribe），其领导的武装人员经常穿越阿富汗边境参与袭击军的活动。2014年9月10月，国中央情报局主导的一系列无人机空袭击在巴基斯坦毙了11名疑武装分子。表16.1详细说明了空袭击毙的人员身份。