2005年2006年半年，国中央情报局在索马实施的秘密行动有目标，包括消灭藏匿在索马的少量基组织员。中央情报局驻肯尼亚首内罗毕的情报站负责实施秘密行动，主负责向索马世俗派军阀提供资金，目的是消灭或抓捕基组织嫌疑分子。在实施秘密行动的程中，中央情报局派驻内罗毕的情报官偶尔前往摩加迪沙军阀控制的机场，携带量现金输送给索马军阀。
资助索马军阀的计划，需在部署相数量的方人员；1994年抓捕军阀穆罕默德·法拉赫·艾迪德（Mohammed Farah Aidid）的行动中，有18名国特部队士兵丧生，方人员从该国撤离。2002年11月，方代表与索马族员建立了联系，通该渠获索马基组织嫌疑人员的情报。结果，2003年4月基组织嫌疑分子苏莱曼·阿卜杜拉·萨利姆·哈米德（Suleiman Abdalla Salim Hemed）被移给方。不，项计划获更果，伊斯兰武装分子在2006年6月取了该国政权。不政权十分短命。年12月，在国军队的秘密支持，埃塞俄比亚军队入侵索马，该政权倒台。
2007年1月旬，一架AC-130空中炮艇向索马南部的基组织员动袭击。此次袭击的目标中，有与本·拉登关系密切的爆破专阿布·阿拉·苏丹尼（Abu Tallha al-Sudani），有支持基组织的摩加迪沙网络头目古莱德·哈桑·康拉德（Gouled Hassan Courad）的贴身助理。有观点认苏丹尼负责1998年国驻肯尼亚坦桑尼亚使馆的实施炸弹攻击的袭击者提供资金。
了2010年，除实施无人机袭击外，国索马实施的秘密行动又增加了支持组织。据联合国索马厄立特亚监督组2012年的报告称，国方面通秘密行动项目支持索马安全部队攻击伊斯兰青年党（Al-Shahab）。一项有中央情报局官员参与的项目支持索马普特兰政府，派遣国特部队与普特兰政府士兵共同战，但是该区的半治质尚未获国官方承认。普特兰政府领导人的公共传媒顾问称，国中央情报局向普特兰情报机构提供了非杀伤的援助。国方面向索马国安全局提供援助，该机构负责运营的“阿尔法组”，实质是国在政府控制区实施情报行动的代理机构。
2011年6月旬，联合特行动指挥部针数名索马基组织员实施无人机空袭，是2009年实施的首次空袭行动。2012年1月，另一无人机空袭击毙了协助基组织战的外籍指挥官比拉尔·巴扎维（Bilalal Barjawi）。2013年9月，伊斯兰青年党组织的创立者一艾哈迈迪·戈达尼（Ahmed Godane）被无人机空袭击毙。2014年及2015年2月、3月的无人机空袭击毙了该组织名情报外行动负责人，及一名帮助该组织策划2013年袭击尼日利亚购物中的高级领导人。