国在叙利亚实施的秘密行动，主是中央情报局辖特部队在2008年10月实施的空降袭击。该次袭击中，特部队跨越伊拉克进入叙利亚东部，击毙了基组织勤负责人阿布·戈迪亚（Abu Ghadiya）。此次行动是从叙利亚向伊拉克非法运输武器、资金及外籍战斗人员支持伊拉克叛军。
近年，国中央情报局的秘密行动旨在通方式提供援助反巴沙尔·阿萨德政府的武装力量。2012年中，中央情报局官员在土耳其南部帮助盟友甄别给予军火援助的反派武装，提供的军火包括动化枪械、火箭器及弹药反坦克武器等。除此外，中央情报局向反派提供情报，并利间谍协助反派武装。
据报，针叙利亚不断升级的混乱局面，2013年中央情报局增加了应急计划，包括进行情报搜集，伊斯兰极端组织实施无人机攻击做准备。另外，中央情报局向其支持的反派武装提供情报，支持其抗政府军。根据叙利亚反派武装指挥官的介绍，国中央情报局与英国、法国、约旦的情报机构在约旦的一处基内，合反派人员进行类型武器使培训。中央情报局支持阿拉伯国向叙利亚反派运送武器，通空降等方式输送给反派武装。
2014年夏季，“伊斯兰国”组织席卷叙利亚，国中央情报局与欧洲、阿拉伯国盟友的合，通土耳其约旦边境增加了叙利亚北部反政府武装的武器弹药资金援助。援助反政府武装的联合机构服从军行动司令部的命令（Military Operation and）。援助活动由国中央情报局主导，向叙利亚由军（Free Syrian Army）提供的武器主是轻型武器，不包括反坦克导弹等重型武器，目的在帮助其保护己的实力安全。反派一名武装官员称，“他给我提供了足够生存3年所需的武器，但是不足支持我取进一步展。”有报称，国政府中央情报局在年秋季面临一严峻的问题“由伊斯兰国组织实施的轰炸，国方面在叙利亚境内找不靠的合伙伴”。
份报告称，2014年年底2015年年初期间，国中央情报局的低效做法几乎有取任何果，“中央情报局援助的武装派别……被伊斯兰国组织分支‘胜利阵线’（Al-Nusra）基组织的主力打溃不军。”不仅此，“所有由中央情报局支持的反派武装，包括‘有数百人’通严苛培训的武装人员在内，或转向投靠了伊斯兰组织武装，或放弃战斗，或已经无影无踪。”据报，中央情报局“除维持少数靠的指挥者的援助外，暂停了其他所有叙利亚反政府武装的援助”。