2002年11月2日，一枚由“捕食者”无人机的“狱火”导弹在沙漠中击毁了一辆载有6人的汽车。此次袭击生在距离门首萨那东100英的方。在“捕食者”无人机现该车，该车正行驶在通往马卜（Marib）的高速公路。车6人全部被击毙，包括袭击目标加伊德·萨利姆·希南·哈热斯（Qaed Salim Sinan al-Harethi）。据信此人是门基组织领导人，是参与2000年10月国海军“科尔”号驱逐舰恐袭爆炸案的嫌疑人。据国官方称，被击毙的其余5人中有一名是国公民，其他是基组织的行动人员。根据另一份报告的记载，4人是亚丁伊斯兰军（Aden-Ayben Islamic Army）的员，该组织是与基组织有紧密联系的恐怖主义分支。联邦调查局官员称，在该次袭击中丧生的国公民曾招募穆斯林加入基组织的训练营。
2009年年底2010年半年，军在中央情报局的无人机空袭的配合，门的目标实施了数次袭击，消灭阿拉伯半岛的基组织员。些目标曾参与2009年圣诞节飞往国的航班爆炸未遂案。2009年12月17日，一枚巡航导弹据信击毁了基组织在阿比扬省（Abyan）的训练设施。一周，就是12月24日，一枚巡航导弹击毙了5名基组织员，但是未击中其既定目标阿拉伯半岛基组织领导人及其副手。年3月的一次袭击中，在阿布亚省（Abyan）穆蒂亚（Mudiyah）镇的基组织技术人员贾麦尔·安巴力（Jamil al-Anbari）被击毙。在年5月25日的袭击中，原本的袭击目标是一队基组织员，但却杀死了该省副省长。在2009年12月2010年春季的袭击中，门政府在国提供情报其他援助配合，动了一次空袭，击毙了包括该组织军指挥官在内的5名阿拉伯半岛基高级员。
据报，2010年8月，国中央情报局特行动部队在门其他国部署了无人机空中侦察设备，配合针阿拉伯半岛基组织的行动。年11月，据报国官方宣布“掠食者型无人机在门空侦察数月，搜寻阿拉伯半岛基组织领导人技术人员”，但是在年年初实施系列巡航导弹攻击，所有阿拉伯半岛基组织领导人“遁一般消失无影无踪”。
2002年首次在门实施无人机空袭，至2011年仍未停止。由联合特行动指挥部实施的一次空袭在门夏卜瓦省（Shabwa）击毙2名阿拉伯半岛基组织技术人员。此次袭击，另一次针安瓦尔·奥拉基（Anwar al-Awlaki）的空袭却失败了。安瓦尔·奥拉基是一名生在国的穆斯林传教士，据信曾直接参与在国本土的恐怖袭击。此人与胡德堡枪击案、2009年圣诞节国航班爆炸未遂案及一宗炸毁国运输机恐怖袭击计划有关。国司法部在2010年7月将安瓦尔·奥拉基列“特别关注的全球恐怖主义分子”。在2010年8月，国中央情报局协同联合特行动指挥部在门实施无人机空袭——标志着国方面明显加了阿拉伯半岛基组织的打击力度。
7月中旬，国的无人机战斗机袭击疑的基组织分支武装，击毙了8名在已占据的警察局中休息的武装分子。9月，在被称2002年中央情报局实施的首次无人机空袭，功击毙了奥拉基（Awlaki）及长期跟随其左右的《Inspire》编辑萨米尔·汗（Samir Khan，此人曾撰写了“何利妈妈的厨房制造炸弹”、“何实施圣战”等文章并表在该杂志）。击毙奥拉基被视足由奥巴马总统宣布的重果，奥巴马称其“沉重打击”了阿拉伯半岛的基组织。
奥拉基2011年被击毙，国方面在2012年进一步展无人机空袭活动。2012年3月，联合特行动指挥部实施的无人机空袭击毙了一名基组织中级指挥官及随其进行训练的22名嫌疑武装分子。另一空袭果是在年5月击毙了法赫德·库索（Fahd al-Quso），此人涉嫌向一架飞往国的飞机运送炸弹背。国中央情报局在2015年1月实施的一次袭击中击毙了名基组织技术人员。2015年2月旬，基组织高级领导人哈斯·纳德哈（Harith al-Nadhari）在门南部驾驶汽车途中被击毙。