《1961年外援助法案》的《休斯-瑞恩修正案》求，启动秘密行动需总统调查令。按照该修正案续立法的规定，调查令必须说明总统已经确定“在外国采取的行动，国的国安全是重的”，描述行动范围（被目标的某国或国）行动须知。调查令必须详细说明将重点参与项目实施的每国政府机构及是否有重点参与项目的三方；调查令不授权违背宪法或国的任何法规。1991年，根据《国安全法案》的标题五，总统调查令必须采书面形式，且不授权秘密活动进行追溯，紧急刻除外，因此的口头调查令有最24效力。图19.2显示了某调查令，其支持与伊朗“温派”建立联系的尝试。
调查令最初由中央情报局的行动处准备，是行动处某提议的结果，是中央情报局局长所提求的回应，中央情报局长反则回应国情报总监或总统的求。1986年，中央情报局的《情报研究》有篇文章称，任何一份被提的调查令离行动处前，经秘密行动策划组（Covert A Planning Group, CAPG）的审查，该组是由助理副处长、高层部门领导那些实际负责调查令及其最终实施的人组的理。调查令秘密行动策划组的批准，将被送给中央情报局的最高管理层进行审核并提意见，再送给局长，最再送给国情报总监。
根政府执政期，果中央情报局长批准了提的调查令，该调查令将被送至国安全委员的计划协调组（Planning and Coordination Group, PCG），该组由国务院、国防部国安全委员的高层代表组。果计划协调组支持该调查令，它将赞同的意见送给国安全计划组（National Security Planning Group, NSPG）。由该组批准将最终产生总统调查令。159号国安全决定指令（National Security Decision Directive, NSDD）《秘密行动政策批准协调程序》签1985年1月18日，指了所有的情报调查令书面形式给国安全计划组的8员传阅，才生效。
布什总统的一份国安全总统指令《国安全委员系统的组织机构》签2001年2月13日，维持了克林顿政府期的国安全委员主管委员（继承前一届政府的）的存在，“影响国安全的政策问题的跨部门研讨论坛”，些问题中包含了秘密行动。正式员包括国务卿、国防部长、财政部长、总统的办公厅主任，并由主管国安全务的总统助理担任委员主席。
1号总统政策指令《国安全委员系统的组织机构》签2009年2月13日，求主管委员“继续影响国安全的政策问题的跨部门研讨论坛”。该指令规定该委员由国安全顾问担任主席，其他员包括国务卿、国防部长、源部长、国土安全部长、财政部长、司法部长、管理预算办公室主任、国驻联合国代表、总统办公厅主任、国情报总监参谋长联席议主席。