山门众向喜欢惹是生非，动辄兴讼，此次却宁愿息宁人，居毫无动静。三井寺与兴福寺，或庇护高仓宫，或准备前往迎接，说均朝敌。官方不置不理，一定加讨伐。果同年五月二十七日，指派入相国四男头中将重衡将军，萨摩国守忠度副将军，率领兵力一万余骑，往三井寺。寺方挖了壕沟，布置了盾垣 ，架设了鹿寨，严阵待。卯互响箭，正式打。鏖战终日。寺方僧众或法师阵亡者三百余人。入夜续斗。官军趁黑攻入寺院，处放火。
结果烧毁者有：本觉院、常喜院、真院、花园院、普贤堂、宝院、青龙院、教待尚本坊及其本尊 等，有八间四面讲堂 、钟楼、经藏、灌顶堂、护法善神社坛、新熊野宝殿等，堂舍塔庙，总共六百三十七所。又有津民一千八百五十三户、智证师唐携回一切经七千余卷、佛像二千余尊，全付一炬，化灰烬，令人痛无极。诸五妙乐 ，从此永绝响；龙神三热苦 ，愈益难堪矣。
且说三井寺，原是近江拟领 的人寺院，捐献给武皇，变了敕愿寺。其本尊便是皇所奉的弥勒菩萨 。弥勒的生身 教待尚在此修行了一百六十年，传给了智证师 。据说弥勒菩萨将遥远的未，从兜率摩尼宝殿凡，降生此世，在龙华树说法 珠所造，弥勒菩萨宫殿。龙华树说法：已见本卷《九、 众合》章，注16。">。其凡间寺院竟被烧毁，不知何至此。智证师此寺传法灌顶灵，每日清晨汲其井花水，故名三井寺 。此神圣的宝寺，现在却荡无存。显密教 亡须臾，伽蓝更失其迹。三密场已废 ，不再闻其铃响。无一夏花 ，故少汲水声。知名宿老德，怠乎修业问；受法相承弟子，则疏经典说教。三井寺长吏圆惠法亲王 被撤王寺别职。此外，有僧纲 十三位遭受罢免，由检非违使议处。另有猛僧三十余人，包括筒井净妙明秀，被处了流刑。人：“此失其，国内般动乱，非同，极不寻常。岂非平已了末世兆？”