「敵艦隊中似乎有一艘航空母艦殿後（五時二十分）。」【註：日本的敘述，七頁。】「利根號」的忙人四號偵察機發回的這個報告使日本人為震驚，其程度比機在那午扔的哪一顆炸彈厲害。
草鹿回憶說：「雖我們並沒有完全排除這種不測，但我的確吃一驚。」【註：草鹿的陳述；《聯合艦隊》，八十五頁。】從理智接受一個概念是一回，相信確有其則又是一回。「利根號」的偵察機八時零九分的報告並沒有排除在這一海域有航空母艦的，這一點南雲及其幕僚是一清二楚的，因此他們是暫時鬆了一口氣。這真的發現國航空母艦了，他們感很是意外。
「糟糕！」草鹿暗吃了一驚。
一個人頭腦中所考慮的問題，另一個人很難確切知。但草鹿卻瞭解南雲。有才幹卓著、忠耿耿的參謀長對己的長官才有這樣的瞭解。一個人對另一個人的瞭解，概最達這種程度。草鹿發現在危急關頭，南雲既沒有鬱鬱不悅，沒有舉棋不定。草鹿說：「許他曾一度感震驚，但我認為，面臨這種突情況，誰一子感很吃驚。」【註：草鹿的陳述。】
這個報告約在八時三十分送南雲手中，【註：日本的敘述，七頁。】且來正是時候。僅在幾分鐘前，邊曾現批飛機，護航艦艇很就它們當又一批來犯敵機，於是向它們開了火。【註：「悲劇戰」。】幸虧有人眼尖，認他們是我方攻擊中途島後返航的飛機，才沒有造損失。【註：日本的敘述，六頁。】友永的返航飛機盤旋著待命降落，這時南雲及其幕僚正在研究分析來「利根號」四號機的最新報告。
友永的飛機偵察機的情報同時達。這就迫使南雲既十分關鍵又非常棘手的決定。毫無疑問，應當攻擊這艘航空母艦及為護航的巡洋艦驅逐艦。正源田所說：「我們當時覺是中了埋伏。這促使我們決無論何與敵人決戰一場。在這方面，南雲的任務是明確的，問題在於，他是立即當時所有的飛機派攻擊敵航空母艦，還是讓友永的飛機降落，補充油料彈藥，再集團進攻來對付這一威脅？」【註：源田的陳述。】
這時，山口通過「野分號」驅逐艦打信號提了己的見解：「宜立即派攻擊部隊。」【註：源田草鹿的陳述；「悲劇戰」；《中途島海戰》，一百六十九—一百七十頁。據日本的敘述，南雲的戰鬥日誌中沒有記載山口的這個意見。】這是此一舉，因為果南雲徵求他的意見，是會問他的。山口保持了一段時間的緘默，現在再憋不住了。他情急躁，求戰切，又與南雲不睦。且他似乎毫不懷疑，由他來擔任機動部隊司令，他會比他的司南雲更稱職。【註：宇垣日記，一九四二年六月八日】
南雲無須這個督促。他是襲擊珍珠港的勝利者，對突襲擊速戰速決的比誰清楚。但南雲手捏著幾百號人的命。對此，他對山本，對皇，對列祖列宗的神靈負責。這時候，機動部隊中立即飛的有「飛龍號」「蒼龍號」的三十六架俯衝轟炸機，及停放在「赤城號」「加賀號」飛行甲板的已經換裝單重八百公斤炸彈的魚雷機。這兩艘艦其餘的魚雷機還正在換裝炸彈。【註：源田的陳述。】
不宜立即派飛機殲滅艦隊有三個原因。一，實施魚雷轟炸是日本海軍航空兵的專長，水平轟炸無論何不理，效果差，俯衝轟炸的效果不見少。二，南雲已派不戰鬥機來為轟炸機護航。他的戰鬥機已全部升空，有的正隨友永的飛機一在盤旋，有的正在追殲中途島的陸基攻擊飛機的殘兵敗將，還有一部分受了傷。所有這些飛機油料已所剩無幾。
在這個問題，草鹿的態度是堅定的。他說：「山口提的不補充油料彈藥就攻擊敵艦隊的觀點，我並不完全反對，但不派戰鬥機掩護這一點，我是不同意的。因為我親眼見了沒有戰鬥機掩護的轟炸機是怎樣被我方戰鬥機無情、幾乎全部消滅的。我真實意盡量為他們提供戰鬥機掩護。」【註：草鹿的陳述。】
最後，還有一個重原因。不清理飛行甲板，就無法回收攻擊中途島後返航的飛機。每一秒鐘它們的油料在降，許飛機處境危急。源田說：「這關係一波一百架精銳飛機是否會因為在水面迫降報銷。」
為一航空艦隊航空參謀的源田「不禁猶豫來：難真讓約二百名技術熟練的飛行員在海迫降，眼巴巴盼著在一旁待命的驅逐艦來救他們」。另外，他與草鹿兩人意見完全一致，認為「剛才的戰鬥有力證明了沒有戰鬥機掩護，空中攻擊部隊是不給有戰鬥機護航的敵部隊造什麼損失的」。基於這些原因，源田向南雲草鹿建議，先回收一波飛機，再準備發攻擊。
在嗡嗡盤旋的一波飛機收回，首先必須清理飛行甲板，這樣送機庫的飛機趁此機會重新卸炸彈，換裝魚雷。在艦橋，南雲綜觀全局、權衡利弊，絲毫沒有陷入哈姆雷特式的沉思猶豫。源田堅定認為：「當機立斷的人是絕不會猶豫不決的。」【註：源田的陳述。】收「利根號」偵察機的無線電報告頂一一二分鐘後，南雲就迅速令：「艦載轟炸機準備二次攻擊。裝二百五十公斤重的炸彈（魚雷）。」【註：日本的敘述，十六頁。】
脾氣很的增田樂呵呵說：「你，又重來一遍！這玩藝兒像快速換裝比賽了。」【註：《中途島》，一百七十—一百七十一頁。】有些業隊員則不那麼開，因為這些笨重的傢伙由他們來搬運、堆放，卸、裝。他們相互議論：「司令部究竟在搞什麼名堂？」【註：「悲劇戰」。】
經過五分鐘的緊張突擊，甲板清理完畢。八時三十七分，桁端升「開始降落」的信號。「飛龍號」的一架轟炸機剛降落，被機槍打傷的駕駛員角野博治海軍尉就昏過了。【註：《中途島海戰》，一百六十四頁。】友永走飛機，與橋本海軍尉並肩行。他若有所思說：「離島不遠時我們遭敵戰鬥機攻擊，我為這完蛋了。支那件來，我次死裡逃生，所我這次即使死，死無憾了。但我，像你這樣的年輕人不該死。」橋本己所衷欽佩的飛行隊長在這種情況還記掛著己，深為感動，中十分感激。【註：橋本的陳述。】
千早在「赤城號」降落後氣哇哇直叫：「友機當敵機的炮兵指揮官應當撤職！」他他的隊友山田海軍尉向艦橋報告說，島的簡易機場不像日本情報資料所說的有一個，是有三個。
「敵人動戰鬥機沒有？」淵田問。他急於瞭解這次襲擊的每個細節，仍認為這次攻擊嚴格說是他的。
「我們離島約還有十分鐘的時候，格魯曼式飛機動，弄我們很狼狽，」山口答。他還說高炮火力「比預料的猛」。【註：「悲劇戰」。】
直九時十八分，最後一架飛機才降落。這時「赤城號」忙不亦樂乎。約八時三十分，艦橋又收「利根號」那架靠的偵察機的報告：「又發現巡洋艦二艘，方位八度，距中途島二百五十海，航向一百五十度，航速二十五節，」八時四十五分，「赤城號」收一份內容幾乎完全相同的電報。【註：日本的敘述，十六—十七頁。】
這項報告沒有引波動。草鹿認為這許說明敵航空母艦群不是一個，是二個。這樣，機動部隊就應當攻擊先發現的那個航空母艦群，因為它離近些。【註：草鹿的陳述。】但果像數參謀人員所推測的那樣，這二艘巡洋艦隻是後加入先前發現的艦群的，那將無礙於局。南雲已經了決定。甲板的機庫裡，穿著短襯衫短褲的艦員們正汗流浹背單重八百公斤的炸彈卸來。他們沒有這些炸彈送進彈藥庫，是它們胡亂堆在機庫附近。【註：《中途島海戰》，一百七十一頁。】
按照南雲的計劃，「赤城號」「加賀號」應當在十時三十分前所有飛機加足油，所有轟炸機掛魚雷，飛準備，「蒼龍號」「飛龍號」最遲不超過十一時一切準備就緒。他計劃一波每艦飛三架戰鬥機，從「赤城號」、「蒼龍號」「飛龍號」各飛十八架轟炸機，從「加賀號」飛二十七架轟炸機。【註：同，八頁。】
與此同時，南雲令「蒼龍號」派一架高速試驗型偵察機，前核實「利根號」那架偵察機所報告的敵情。【註：日本的敘述，七頁。】約在同一時間裡，即八時四十五分，阿部令「筑摩號」派一架零型水飛機執行同樣的任務。他這項決定時，「利根號」的偵察機報告說它正在返航。【註：同，十六頁。】
阿部當即嚴令該機暫緩返航，南雲命令其「打開發報機，準備測向」。這一命令的言外意就
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