在這些日本航空母艦中，日本人真正千方百計保全的莫過於「赤城號」了，且，使層領導此反省的莫過於它。它並非一艘普通的航空母艦，它是旗艦，是航空母艦中的皇，是日本海軍航空兵的象徵。
從各種材料來分析，青木艦長在此險惡的情況，對「赤城號」的指揮已盡力盡職了。六月四日十一時三十分，正值南雲在「長良號」重新開始指揮時，青木令撤離所有航空兵及傷員。五分鐘後，機庫的魚雷炸彈艙發生劇烈爆炸，火勢因此又猛烈了。放艇的甲板是熊熊火。青木及其參謀們早被火逼艦橋，退前部飛行甲板，這時又轉移前錨機甲板。【註：日本的敘述，二十一—二十二頁。】
甲板，艦員們在極其困難的條件與烈火展開了最英勇的搏鬥。由於艦的發電機了故障，艦內無法照明，壓力水泵無法使，救火人員靠手頭的工具。有的人衝甲板；通過一根根長長的水龍帶海水壓來。但是靠人力工具來撲滅這場毀滅的火，就像醫滴管撲滅森林火災一樣無濟於。化學滅火器似乎在嘲弄英勇奮鬥的艦員們——因為它們失了靈。【註：日本的敘述，九頁；《中途島海戰》，一百八十一—一百八十二頁。】
十二時三分，「赤城號」突開始向右舷轉動。一名少尉被派查明所現這一鬼使神差的情景的原因，他發現輪機艙的整個指揮系統已不復存在。【註：日本的敘述，二十三頁；《驚人的勝利》，一百八十三頁。】
「赤城號」莫名其妙的轉圈無疑救了籐田的命。籐田在水漂浮著，窮極無聊，就給己手相來打發時間。這是門神秘的藝術，他實際並不擅此。他沒有學過這一套，但他己的生命線實在太短，中悵若失。於是他不再算命，重新掃視了一番海面。他見海面的幾根煙柱中，有一根粗一些，且離近，他既高興又激動。那煙柱很快變了一艘航空母艦，在海打著圈圈，並離他越來越近。
當這艘火的航空母艦離他不一海時，籐田認它是「赤城號」，所就朝它它的護航驅逐艦游。有一度還真危險，「野分號」有一挺機槍瞄準了他，但他立即打手勢說：「我是『蒼龍號』的飛行員。」這時籐田的兩個江田島的同學——一個是青木廣一，還有一個是金井敏郎認了他，二人分別是「野分號」的副艦長領航主任。
籐田匆匆穿金井的一套軍服，總算吃了點東西，後爬甲板。他見遠處的「赤城號」正在燃燒。艦的人從甲板跳進海裡，「野分號」的救生艇趕打撈落水的人。
籐田太疲勞了，無法合理分析形勢，不客觀的法，但在他來，這一仗日本人顯是打敗了。他隱隱約約聽見艦橋的一些議論：營救工速度加快，必須迅速離開這一危險區，因為這裡有敵潛艇在活動。有人說驅逐艦「赤城號」拖回。籐田聽著聽著，很快就睡著了。【註：對籐田的採訪，一九六五年一月四日。】
在「赤城號」儘管發生了這些，青木艦長仍十分樂觀。他通過「野分號」於十二時三十分向南雲發報說：「除飛行甲板外安全。正全力滅火。」報告的前半部分當與實相逕庭。撤退正不緊不慢、按部就班進行。十三時三十八分，皇御像被轉移「野分號」。十三時四十五分，該艦向山本南雲報告了這一情況，並說「赤城號」火勢依很猛。突間，「赤城號」那莫名其妙、令人膽戰驚的轉圈停了來，這似乎更加重了這份報告的份量。【註：日本的敘述，九、二十五頁。】
約莫兩時後，機庫裡發生了一次誘發爆炸，前機庫的隔板被炸穿。火再度熊熊燃，並朝前段中段甲板蔓延。青木在一時內所有航空兵撤了，艦留該艦艦員。【註：同，二十六—二十七頁。】
儘管他們在救火中表現英勇，技術熟練，情況依不斷惡化。九時十五分，一切希望全了泡影。輪機長丹保海軍中佐衝輪機艙，冒著瀰漫的煙霧熊熊烈火，衝幾層甲板，向青木艦長報告說，「赤城號」靠身動力航行已是絕對沒有指望了。青木當即令輪機艙人員統統來，但這一決定太晚了。派傳達命令的傳令兵是有無回，輪機人員全被封在面了。【註：同，三十四頁；《中途島海戰》，一百八十二頁。】
這時，青木請示南雲是否撤離，南雲立刻表示同意。於是，「赤城號」的倖存者於二十時開始撤離。兩時後撤離完畢。包括青木在內的五百名撤來的人擠了「嵐號」，另外二百人了「野分號」。【註：日本的敘述，九、三十五—三十六頁。】
青木從驅逐艦發電，請求南雲准予「赤城號」擊沉。「號」的山本宇垣收這份電報後非常震驚，認為青木不該這樣輕易放棄對這艘航空母艦的搶救。太陽已經落山，主力部隊正東進搜敵夜戰，所為什麼放棄拯救旗艦的希望呢？山本立刻電令機動部隊暫緩處置「赤城號」。【註：同，三十六頁；宇垣日記，一九四二年六月八日。】青木接命令後，獨一人返回航空母艦，己捆在錨鏈，這樣，航空母艦沉時己才不至於漂走。【註：「悲劇戰」；《中途島海戰》，一百八十二—一百八十三頁。】這一行動強有力說明了在戰現場的青木艦長對「赤城號」否救的法。
幾乎在其它任何情況，聯合艦隊司令長官及其幕僚會接受青木的法，認為「赤城號」已難保全，並會默許他它擊沉。青木畢竟是位經驗豐富的艦長，曾建力過顯赫戰功，指揮日本最受重視的航空母艦一是完全勝任的。不萬不已，他是絕不會這項令人痛的命令，己的航空母艦擊沉沉。
機動部隊聯合艦隊間的聯絡越來越混亂，且其中的措辭越來越激烈。青木的電報又偏偏在這時發「號」。至少宇垣接電報後，認為南雲已了膽鬼，實際，在決定暫緩處置「赤城號」後約半時，山本撤銷了南雲機動部隊司令長官的職務。
夜色無情吞噬了太平洋。日本人與特混艦隊進行夜戰並對中途島進行功的炮擊的，隨著時間的流逝越來越渺茫。二十三時三十分，離日有四個時了。宇垣從艦橋的傳話筒裡提醒戰室說，「不讓參加夜戰的部隊走太遠，防止在亮前現情況時我們無法控制。」【註：日本的敘述，三十八頁；宇垣日記，一九四二年六月八日。】
渡邊又提一個新的見解：讓主力部隊的戰艦於次日在光化日膽駛向中途島，威力強的艦炮對該島實施轟擊。渡邊計劃提黑島，黑島立即表示贊同。他們又十分激動這一計劃提山本宇垣。山本平靜氣，一聲不吭聽渡邊解釋（渡邊後來稱為「我那異開的解釋」）。後，他顏悅色說：「你肯定在海軍參謀學院學習過。綜觀海軍歷史，是不該海軍艦艇攻擊面部隊的。」
渡邊尷尬答：「是的，我知。」
山本接著說：「你的建議違反了海軍最基本的原則。現在進行這樣的戰已晚矣。此次戰已近尾聲。在棋時，過的拚殺鋒會造滿盤皆輸，輸精光。」【註：對渡邊的採訪，一九六四年十一月二十四日。】
宇垣就沒有那麼克制。這位堅定的教條主義者發脾氣，訓斥說：「你該明白，靠艦隊的火炮來進攻堡壘是麼荒唐。眼敵人不僅艦載機實力仍很雄厚，還有相當強的陸基航空兵力，使著島完無損的機場；即使是威力強的戰艦，在發動有效炮擊前就被敵人的航空兵潛艇部隊所擊敗。果攻略部隊再等等，我們最還是等二航空艦隊來。」
接著他又說：「還有，雖我們此次戰鬥損失了四艘航空母艦，我們還將有八艘航空母艦，包括即將完工付使的幾艘在內，所在今後戰鬥中，我們還是有希望的。」他接著又尖刻說：「一盤棋，敗局已定，還一再逞強硬拚，有沒有頭腦的笨蛋才會這樣的計劃。」【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】
渡邊黑島被訓斥啞口無言，回戰室進行反省。渡邊對山本的情緒總是很敏感。他明顯感，山本早就認為局勢已無挽回。現在除了退卻，進行渡邊所說的「向西逃竄」外，別無它做。因此，他仔細草了一份關於中止戰鬥，安排會合點的電文。
山本十分難過，十分遺憾批准了渡邊草的電文。【註：對渡邊的採訪，一九六四年十一月二十四日。】六月五日二時五十五分，山本向所屬部隊達了聯合艦隊一六一號戰命令：
一、撤銷佔領中途島的戰計劃。
二、主力部隊負責集合進攻部隊機動部隊（缺「飛龍號」及其護航艦隻），並於六月七日午在北緯三十三度，東經一百七十度的位置加油。
三、警戒部隊、「飛
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