六月六日十九時，斯普魯恩斯已結束了空戰，再度全面考慮一己的處境了。他必須讓「莫號」「沃登號」「西馬倫號」加油，留四艘驅逐艦掩護二艘航空母艦六艘巡洋艦。他的任務完很圓滿，超了最盲目樂觀的人的最不切實際的夢。他明智告誡己說，勇敢再向前一步就是愚蠢。他己已達了這個臨界點，於是他決定回師向東與油輪會合。【註：斯普魯恩斯的報告，一九四二年六月十六日；對斯普魯恩斯的採訪，一九六四年九月五日。】
當「企業號」的人意識，對他們來說戰鬥已經結束時，全艦一片歡樂，正海軍尉林賽所說：「我們的許朋友犧牲了。不過在戰鬥結束後，參戰的人發現己還活著，還再幹它一陣子，還夥伴們一喝幾杯，就有一種欣慰感。艦的主任軍醫一定有同感。返航途中，他洋洋意四加侖波旁威士忌拿軍官餐廳。林賽說：「戰爭期間，人們陳舊的海軍條令拋在一邊，來點人情味，此情此景，實在令人寬慰。」【註：林賽的敘述。】
國還付最後一筆代價。六月七日埃蒙斯致函馬歇爾說：
「中途島戰役的一階段即將結束了。我所稱為一階段，是因為我認為日本人完全捲土重來——
一段時間來，我一直認為我們顯應該向威克島發動一次攻擊。前幾從本土來了四架ＬＢ—３０機，這樣我們的軍艦就具備了足夠的航程。這些飛機現在中途島，果條件許，它們將於明晨拂曉前攻擊威克島。我們會結果電告你的。另外，我很高興告訴你，廷克將軍將親率領這次飛行。很遺憾，我不一前往。」【註：一九四二年六月七日埃蒙斯致馬歇爾的信，ＰＳＦ８６，羅斯福文件。】
廷克的快埃蒙斯的支持說明他們鬥志旺盛，並不表明他們深明理。廷克的責任遠遠不是伴隨四架飛機擊，他親馬並不。這四架解放者式機攜帶了副油箱，各帶四顆五百磅重的炸彈。它們根本沒找目標。有三架飛機返航，但廷克乘坐的那架轟炸機卻消失無影無蹤。【註：《珊瑚海海戰、中途島海戰與潛艇乍戰》，一百五十一頁;《驚人的勝利》，二百七十九頁；另見一九四二年六月十三日《芝加哥每日論壇》】
六月六日午，戰敗的日本艦隊一直在向西退卻。鉛灰色的空，雲層低垂。從海升的霧氣像幽靈似盤旋飄忽、瀰漫在條條桅桿間。海本身似乎反映了此時此刻的氣氛，它「波濤洶湧，濁浪排空」，【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】極不平靜。旗艦的山本感頭暈目眩，裡悶悶不樂，【註：對渡邊的採訪，一九六四年九月二十六日。】但他不經過最後的努力，不會輕易放棄誘使斯普魯恩斯進行水面戰的希望。
「號」悉「三隈號」「最號」身陷困境的消息後，山本令近籐前往救援。山本剛決定，宇垣就開始擔這個決定是否明智。他在日記中寫：「敵艦隊的組似乎是一、兩艘航空母艦為核，加一批巡洋艦。毋庸置疑，『三隈號』已在劫難逃，且其它艦隻遭厄運。不僅此，果發生最糟的情況，攻略部隊本身怕難保不遭危險。」
考慮這些，山本決定主力部隊全部人馬向南拉，「應付不測，並尋機在威克島空中掩護的範圍內殲滅敵人」。
山本宇垣根本沒有，破壞他們規模宏的戰計劃的國部隊竟是那麼。他們深信，原先集結在中途島海域的敵航空母艦有五、六艘，有兩艘已被他們擊沉。他們還認為，這支龐的艦隊中的一部分兵力正在緊緊追擊他們，這部分兵力「至少包括一艘正規航空母艦、兩艘改裝航空母艦、幾艘驅逐艦巡洋艦」。宇垣情不安寫：「我們認為，這支敵艦隊很在殲滅七巡洋艦戰隊的另一半及八驅逐艦分隊後，於明午緊緊追趕攻略部隊，再暫時東撤。」
宇垣認為，對日本人來說最佳方案是逼使艦與近籐部隊進行夜戰。否則，二午他們將別無他擇，主力部隊輕率向敵人發攻擊，並隨時驅散來犯的敵機，同時，日本人還試圖利每一架利的飛機，摧毀敵航空母艦的甲板，炸壞它們的發動機。當，果國人進入威克島範圍內，戰機將對日本人更有利。但宇垣不相信他的對手會使他願償。【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】這一點他全沒有錯，因為深謀遠慮的斯普魯恩斯一開始就決避開威克島的攻擊圈。【註：對斯普魯恩斯的採訪，一九六四年九月。】
山本還是決定冒險打這最後一場仗。宇垣憂忡忡寫：「這需特別的決，因為一旦行動了偏差，整個聯合艦隊將遭毀滅。」必的命令均於六月六日十五時發，至翌日晨前艦隊照此執行。是七日晨的空中搜索未發現敵人蹤跡，所放棄主力部隊冒險進行全面較量的計劃。【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】
但山本不願就此退戰鬥，決定一次捕捉特混艦隊的最後努力。他倉促組建了一支「牽制部隊」。它由「羽黑號」「妙高號」巡洋艦及四驅逐艦戰隊的九艘艦組，五巡洋艦分隊司令官商木武雄擔任指揮。該部隊將無線電發假情報，誘使國人進入威克島東北海域，使處於島航空兵及潛伏在那裡的潛艇的攻擊。【註：「中途島海戰分析」，一百八十三頁；宇垣日記，一九四二年六月八日。】
高木他的參謀長長澤浩海軍佐對這個計劃並不樂觀，因為他們認為，不等潛艇或威克島的飛機發現航空母艦，艦載機就發現這支牽制部隊並向它發攻擊。實，高木部隊一直沒有發現敵人，六月十三日它就解散了。【註：巴德對日本海衛隊退休海軍少將長澤浩的採訪，一九六六年二月四日。】
儘管此，日本的厄運並未就此了結。七日午夜，「磯波號」驅逐艦兩次轉動三十度的方式向右舷轉六十度時，它的右舷艦首撞在「浦波號」左舷中部，它的煙囪撞壞了，使它的鍋爐功受影響，但它仍二十四節的航速行駛。是「磯波號」右舷艦首被撞掉了幾英尺，速度降十一節。宇垣為惱火，因為他曾經次告誡過，驅逐艦進行這類機動時必須。
那有件終於弄清了。宇垣寫：「據瞭解，司令長官的胃痛是蛔蟲引的。驅蟲藥治了他的病，我們很高興。」【註：宇垣日記，一九四二年六月九日。】
，這種高興中夾雜著深深的窘困。那早晨七時左右，山本登艦橋時，參謀人員尷尬，慢吞吞跟著他，中很慚愧，不敢正視他一眼。他們並不是為將軍感慚愧，是為聯合艦隊給他丟了臉感無容。
緊張的氣氛持續了一陣子，誰沒有說話，還是山本打破了沉寂。他烏黑的眼睛直勾勾著忠耿耿、因失敗背著沉重包袱的黑島。「黑島，」他若有所思說，「潛艇搜索幹不，這是個錯誤。」這一實求是的評論使氣氛緩。他的法表明，中途島戰已歷史，從中吸取不少教訓。他們所愛戴的將軍恢復了常態。【註：對渡邊的採訪，一九六四年九月二十六日。】
九日，山本命令「長良號」向「號」靠攏，他召集一航空艦隊的主參謀人員艦來開會。這幾位代表是草鹿、艦隊書記官石，當還有源田。山本面臨的緊迫問題是何重建一支航空母艦部隊。【註：宇垣日記，一九四二年六月九日。】在這幾位代表達前，山本宇垣、黑島、渡邊、佐佐木有馬召集在一。他知，「號」的退卻宣告了中途島戰役行動的失敗。他知，參謀們已了某些不利於一航空艦隊及其高級軍官的結論。所他指示這幾個人不提這些批評意見。他斷令：「絕不許對外人說潛艇部隊一航空艦隊對中途島戰敗負責。責任在我。」【註：對渡邊的採訪，一九六四年十月六日。】
黑島對草鹿一直意見特別，山本專門叮囑這個容易激動的親信，又說了一句：「不責怪南雲草鹿。失敗的責任在於我。」【註：對黑島的採訪，一九六四年十二月五日。】
從「長良號」過來的四個代表身還穿著厚厚的冬服，長期鏖戰後他們顯精疲力竭。草鹿拄著根手杖，書記官的軍服已破爛不堪。【註：「悲劇戰」。】根據宇垣的回憶，代表們所說的一句話主意思是：「除了徹底請罪，我不知該說什麼，」他又不快加了一句：「當，他們應該這麼做。」
代表們走進山本的艙室。草鹿了長篇發言，談了他己對這次災難失敗的原因的法。他講了六個基本點：（一）由於會合有困難，不不在戰鬥打響前就打破了無線電靜默；（二）搜索飛機在折返前未發現敵人；（三）準備二波攻擊時，由於回收飛機造了混亂局面；（四）轟炸機由於換裝魚雷耽誤
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