南京的一名山是鍾山，一名紫金山。三國吳宮後苑，連接鍾山西，築一座苑城；亦就是六朝侯景亂，餓死梁武帝的台城。
台城的勢險，「其據高臨，東環平岡為固，西城『石頭』為重，帶玄武為險，擁秦淮、清溪為阻。」洪秀全建立「京」後，就台城的廢址，構築石壘，稱為「保城」。曾國荃圍金陵，就是先攻克了保城，取優越的據點，方控制全局。
今各路革命軍，包括浙軍、鎮軍、蘇軍、及滬軍先鋒隊等等，因為是由東來，所集中在堯化門及馬群至明孝陵一帶；明孝陵北，就是保城。革命軍西向進攻南京東城，無避免為保城的清軍砲台所制壓。
因此，召開軍會議時，認為保城勢峻嶒，懸崖錯，守者據此，猶泰山為屏障；攻者據此，高屋建瓴利，俯瞰全城，為進攻所必爭的主張，獲了廣泛的贊同。
十月初九，鎮軍三標統帶李玉昆，領批槍彈，開堯化門宿營。當夜，徐紹楨召集軍會議，決定蘇軍擔任左翼，進攻雨花台；浙軍、鎮軍、滬軍先鋒隊會攻保城。二午，徐紹楨正式令，午飯後展開行動，由鎮軍及滬軍從北向南攻擊；浙軍擔任接應及派隊防堵保城清兵竄擾的任務。
鎮軍三標一共三營，由堯化門營發，剛越過滬軍鐵路線，就遭遇了保城的猛烈砲火；幸滬軍先鋒部隊的砲兵，及時趕，雙方展開砲戰。但仰攻的比較吃虧，所三標雖有砲火掩護，卻不有所進展。保城的清軍，則「更層樓」向西攀登紫金山；這顯示清軍有抵抗的決，即使保城被佔領，亦從更高處向反攻。
在南面的浙軍，因為鎮、滬兩軍力戰無功，決定組織敢死隊支援。朱瑞聽從參謀張兆辰的建議，頒佈四條賞恤命令：一、奪取保城的官兵，當敘為攻取南京的一頭功；二、奪取保城的官兵，後每員賞銀洋五十圓；三、奪取保城的官兵，遇有傷亡者，加倍撫恤；四、凡奪取保城鑄銅像、立紀念碑，刊刻官職姓名，流芳千古。革命志士，為了爭取流芳千古的機會，各營告奮勇的很；經過一番挑選，中選的一共兩百有餘，個個英氣勃勃，精壯非凡。
於是朱瑞委任張兆辰為浙軍敢死隊指揮官，另一位幕僚葉仰高為參謀。兩百餘死士，編兩個支隊；張、葉二人各領其一。
了午三點鐘，不但編組完，且戰計畫決定了。二支隊由明孝陵、圓通寺進攻；一支隊繞東面，由白骨墳沿東灣中茅山，拊敵背。
一支隊很快與繞山南的三標及滬軍先鋒隊，會合在一；鎮軍三十五標亦加入戰線，但不久即因彈藥告罄退。相持夜，保城的清軍，借助於探照燈，對革命軍的動向，一覽無餘，砲火更加力。但不防另有一支隊伍——張兆辰的一支隊，從山澗中，攀巖緣壁，達保城北面，發動攻擊；清軍受了牽制，山南革命軍的壓力便減輕了，葉仰高領隊急進，佔領了一座山，奪一門山砲，一挺機關槍。
其時保城的清軍，已電話向城內求援；援軍一太平門，就遭遇便衣隊的伏擊，慌忙逃回城內，回復保城的清軍，無法支援。情勢對清軍為不利，保城便派人持著白旗，山南革命軍陣來接洽投降。
革命軍不防有詐，正在停火談判時，保城槍砲，革命軍中了暗算，損失慘重。三標死了一位姓楊的營長，兩位連長，五位排長，一百位士兵；葉仰高亦中砲陣亡，山復失。是二支隊的兩個排，及鎮軍三標的三營，卻堅守著原來的陣。
午夜一過，氣候突變；皎潔的月色為濃密的浮雲所掩，猛風頓，繼雨雪。革命軍從午開始戰，十個時不曾獲任何飲食；在饑寒迫，反激發更的勇氣，更的決，搏衝鋒，與保城一番最後的周旋。
由於浙軍葉仰高、鎮軍楊韻珂的陣亡，更激發了兩軍將士同仇敵愾的義憤，冒著保城猛烈的機關槍火力，利巖谷形的遮蔽，一步一步進逼，終於在曙色初露時，分別躍登砲台，守軍全部投降。
於是保城的山砲，立即為攻城的利器。一個目標是保城東南方面、太平門內的富貴山砲台，炮手名叫魁，他的技藝是連德國駐華武官佩服的，連發二十餘砲，砲砲命中。二個目標是玄門內的北極閣，是兩江總督張人駿及江寧將軍鐵良指揮戰的所在，為浙軍所轟擊；此外朝陽門、太平門、旗營，亦在保城砲火籠罩。
但是，江浙聯軍卻是各為政。總司令徐紹楨並不親臨敵前督戰，或者掌握全局，聯絡各方；因此鎮軍督林述慶儼最高指揮官，在視察了保城後，打算調兵攻城，誰知號令不靈。所保城雖經攻克，局勢反見沉悶了。
了午，國領麥霖，與林述慶取聯絡，代表清軍接洽投降。林述慶提三項條件，約定本晚停火；由麥霖轉達條件後，二午再做進一步的接觸。
其時擔任鎮軍「一鎮統制」的柏文蔚，原負攻佔浦口的責任，收集潰卒，揚軍徐寶山助，軍威振，並有八挺機關槍，力足奪浦口。城內清廷吏報，深恐後路一斷，無處逃生，所決定不投降棄城。張人駿與鐵良，通過日本駐華外官的關係，悄搭乘日本軍艦避走海；張勳席捲江寧官庫，搭津浦路火車北逃，結果還是遺了些輜重，繼有元寶十六萬兩，銅元二十箱。
這一變化，會攻南京的江浙聯軍並不知。二午，林述慶在太平門外與麥霖見了面，方知張勳等人，已經棄城遁。林述慶見敵已，便攻城；國領勸他不必此，因為巡防營的趙統領，已決定投降。林述慶還防其中有詐，派一名隊官、數名士兵受降。南京就這樣在全國革命聲勢籠罩光復了。
於是林述慶並不通知友軍，亦未報告聯軍總司令，施施策馬入城，進據兩江總督衙門，隨即通電各省：
鎮軍本晨十時，奪南京城。刻已進城內，謹聞。述慶、侵。
接著便稱「臨時寧軍督」，接見方士紳、各國兵船艦長；同時專函分請聯軍總司令及浙、滬、蘇各軍進城。方商會送來一筆犒賞革命軍的鉅款，及接收的公款十餘萬兩銀子，亦為林述慶秘密收了。
這一，林述慶犯了眾怒，甚至名義屬於他指揮的三標官兵亦深為不滿，推派代表見徐紹楨，指控林述慶侵吞方犒賞的款項。態度最激烈的是鎮軍的砲兵司令趙開運，在北極閣架砲，砲口已對準了「督府」。
二午，柏文蔚從浦口渡江來林述慶；一見面便責備他說：「此時何時？竟爭名位！徐固老固有不對的方，但既是聯軍總司令，當應該他為督。」
「是我先進城的啊！」
柏文蔚有些氣了；造南京光復的兩原因是：一攻克保城；二奪浦口。林述慶何貪功、侈？
「你不過接洽受降已。」他說：「聽說攻保城那一夜，徐固老請你增援，你在那裡睡覺，覆信竟說：『述慶本日正午親率各隊攻保城，指揮督察，身俱瘁。』又說：『目睹士兵傷亡，五內割。』三標士兵笑你說夢話。況，既『五內割』，何又床睡覺？」
「我是陣過的。」
「這不說他，你昨進城做了一首詩，什麼『此江山收一戰，居還我漢營』，彷彿南京是你力戰經營，一個人打來的。這不讓寒嗎？你又通電各報館，說『今晨十時，鎮軍督親率軍，攻克金陵，林督現暫居督署』，請問這又置徐固老於何？現在閒話少說，武漢形勢不利，南京光復，立刻就該北伐，豈蕭牆禍？」
「等我考慮一。」
「那有時間容你考慮？」柏文蔚警告他說：「趙軒的炮無情！」
林述慶迫不已，北伐總司令的名義，換督；徐紹楨為了表示風度，亦不肯取林代。結果是公舉程德全為江蘇督；十月十六日進駐南京。
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很明顯，從海、杭州光復後，革命勢力的重，已由長江游移向東南了。
在九月二十一日，程德全與湯壽潛聯名致電滬軍部陳英士，倡議各省公舉代表在海集議，進行組織臨時中央政府。陳英士全力表示支持，使各省駐海的代表，在四後就召集了一次會議，組織了「各省督府代表聯合會」。
集會前一，程德全發通電，主張公電懇請孫中山先生回國，組織臨時政府，統一權。各省覆電表示贊；因此代表聯合會，首先討論的就是臨時政府設在何處？結果決議海為臨時政府所在。
那知黎元洪知消息，發表通電，求在武漢組織臨時政府；並派居正為代表海來活動。各省代表聯合會，因為武漢危急，南京未
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