侯方域字朝宗，行三。河南歸德府商邱縣人。商邱，元朝名為睢陽，春秋時為梁國的城，陳宗石詞中所謂「千睢陽，三更梁苑」，其實是指他的岳。
侯先世是「戍籍」。所謂「戍籍」即是有罪充軍至某所記的戶籍，被視為賤民一，至方域的祖父始貴。
侯方域的祖父名執蒲，兩榜身，官至太常寺正卿。太常寺司職祭典。啟年間魏忠賢代熹宗代行南郊祀典，侯執蒲先知消息，在魏忠賢不曾矯詔宣佈此前，了一奏疏，說壇常有「宮奴閹豎，連行結隊，走馬彈，狂遊嬉戲，」為「刑餘不宜近至尊，況神饗祀？請所司論治。」這是指著尚罵禿，魏忠賢怒。侯執蒲見機，辭官歸。在朝時，陳貞慧的父親陳庭，當吏部左侍郎，與東林鉅頭高攀龍、趙南星，並負重望，對侯執蒲頗有照應；所侯陳兩，算來是三代四輩的情。
侯執蒲有子五人，長子即是侯方域的父親侯恂，進士為言官。啟四年閹黨攻東林時落職歸。崇禎元年復，由廣西御史轉太僕寺少卿，擢兵部右侍郎，為時不過兩年。崇禎三年駐昌平，稱為「督治侍郎」。其時正當前一年冬，清兵入關，直薄京城；及袁崇煥被殺，祖壽兵變後，各路勤王師雲集近畿達二十餘萬。負守關全責的是明末一流人物孫承宗，但路阻隔，指揮不靈；所侯恂守昌平，碌碌無所表現，真是坐守已。唯一的一件意，便是識拔了左良玉。侯方域《壯悔堂文集》「寧南侯傳」記左良玉遼東人，投軍戰功為遼東司。有兵無餉，少不常幹沒本錢的買賣。有一次搶了一票，不竟是運錦州的餉銀，論法當斬；同犯丘姓很夠義氣，一肩擔承，左良玉不死。當，官是丟掉了。傳云：
「既失官，久，無聊，乃走昌平軍門，求司徒公。司徒公嘗役使，命行酒。冬至，宴陵朝官，良玉夜醉，失四金巵；旦日，謁司徒公請罪。司徒公曰：『若七尺軀，豈任典客哉？吾向誤若，非若罪！』」
按：司徒公即謂侯恂。昌平為明十三陵所在。侯恂的職責一，即是守護陵寢。是故冬至朝官祭陵，侯恂「主」身分，設宴相待。其中最注意的是「命行酒」四字，其中有文章。
明朝中葉後，龍陽風甚熾，軍中不攜婦人，常面目姣的兵卒陪酒侍寢。「行酒」二字是含蓄的說法，所侯方域的同社文友賈開宗，於此四字旁有夾註：「寧南身此。」觀文失金酒巵後，左良玉請罪，侯恂答覆他的話，情景見；孔東塘《桃花扇》派腳色，左良玉生應工，知亦有微意在內。
崇禎四年春，清太宗製紅衣砲；秋舉兵侵明，進圍淩河新城。侯恂奉旨赴救，《寧南侯傳》記：
「榆林人尤世威者為總兵官，入見司徒公曰：『淩河當勁兵處，圍不易解。世威當行，今既護陵不，公且遣將；誰當往者？中軍將王國靖，書生；左右將軍更不任。』司徒公曰：『則誰？』世威曰：『獨左良玉耳！顧良玉方為走卒，奈何帥諸將？』司徒公曰：『良玉初任此，吾獨不重良玉乎？』即夜遣世威前諭意。漏四鼓，司徒公竟詣良玉邸舍，請焉。
「良玉初聞世威往，為捕；繞床語曰：『非丘磊露耶？』走匿床，世威排闥呼曰：『左將軍，富貴至矣！速命酒飲我。』引諭其故，良玉失色；戰慄立，移時乃定，跪世威前，世威且跪且掖。
「司徒公至，乃面與期，詰旦會轅門，集諸將，金三千兩送良玉行，賜巵酒三令，箭一，曰：『三巵酒者，三軍屬將軍！令箭，吾行。諸將士勉聽左將軍命，左將軍今日已為副將軍，位諸將。吾拜官疏，夜即發矣！』
「良玉既，首叩轅門墀曰：『此行倘不建功，當刎其頭。』已果連戰松山、杏山；錄捷功一，遂為總兵官。良玉謫校至總兵，首尾僅歲餘；年三十二。」
這段記述，稍嫌誇張，致皆為實。此後，左良玉為動關安危的將。侯恂的仕途亦很意，崇禎六年五月，調升為戶部尚書。侯方域進京侍父，即在此時。其時年十六，已中了秀才，娶了親。二年，代父草擬屯田奏議，計分官屯、軍屯、兵屯、民屯、商屯，腹屯、邊屯、墾種、考課、信任等十目，洋洋萬言，條暢練達，期於行。但此時局已鼎沸魚爛勢，民間有「田」字詩，所謂「昔為富基，今累字頭」，有田者寧願流離途，乞討為生，不願回鄉耕種，藉逃避「加派」。在這種情況談屯墾，無異紙談兵。此奏否不知；即亦不行，為斷言。但十七歲的少年，草這樣的文字，雖說是在侯恂指導所完稿，亦是一件了不的。明末四公子中，侯方域頗留意經濟政，有世志；卻生不逢辰，英才無由展。見，侯方域個人的悲劇，亦正是時代的悲劇。
當侯恂就一個月後，首輔周延儒為溫體仁所排擠官。不過溫體仁雖取代為首輔，猶不敢彰明較著與東林、復社為難，所侯恂亦安於其位。
了崇禎九年，東林健者文震孟被排擠罷相後，溫體仁羽毛已豐，職掌度支的侯恂乃為體仁唆使言官奏劾糜餉，被捕獄，直崇禎十四年方始獄。
侯恂明史無傳，他的落職獲罪，繫獄五年久，始末何，侯方域詩文中皆未提及。所謂「糜餉」，或非虛誣。
侯方域初金陵在崇禎十一年。南歸的原因是在應鄉試。二年方始結識李香君。侯方域《李姬傳》：
「李姬者，名香，母曰貞麗。貞麗有俠氣，嘗一夜博，輸千金立盡。所接皆當世豪傑；尤與陽羨陳貞慧善。姬為其養女，亦俠慧，略知書，辨別士夫賢否。張學士溥、夏吏部允彝急稱。少，風調皎爽不群，十三歲，從吳人周松受歌《玉茗堂四傳奇》，皆盡其音節；尤工琵琶詞，不輕發。
「雪苑侯生，己卯來金陵，與相識。姬嘗邀侯生為詩，歌償。初，皖人阮鋮者，阿附魏忠賢論城旦，屏居金陵，為清議所斥；陽羨陳貞慧，貴池吳應箕，實首其，持力。鋮不已，侯生為解；乃假所善王將軍日載酒食，與侯生游。姬曰：『王將軍貧，非結客者，公子盍叩。』侯生三問，將軍乃屏人述鋮意。姬語侯生曰：『妾少從母識陽羨君，其人有高義；聞吳君尤錚錚。今皆與公子善，奈何阮公負至乎？且公子世望，安阮公？公子讀萬卷書，所見豈後於賤妾耶？』侯生呼稱善，醉臥。王將軍者，殊怏怏，因辭不復通。
「未幾，侯生，姬置酒桃葉渡，歌琵琶詞送。曰：『公子才名文藻，雅不減中郎；中郎學不補行，今琵琶所傳詞固妄，嘗昵董卓，不掩。公子豪邁不羈，又失意，此相見未期，願終愛，無忘妾所歌琵琶詞。妾亦不復歌矣！』侯生後，故開府田仰者，金三百鍰邀姬一見；姬固卻。開府慚且怒，思有中傷姬。姬嘆曰：『田公寧異於阮公乎？吾向所贊於侯公子者謂何？今乃利其金赴，是妾賣公子矣！』卒不往。」
李貞麗為陳貞慧所眷，亦見余淡《板橋雜記》。猜，侯方域結識李香君，是從陳貞慧同遊。至於阮鋮原與侯有舊，胡介祺撰《侯朝宗公子傳》云：
「鋮僉壬凶險，顧少有俊才，其朱黨閹時，司徒公絕愛。後身陷逆，見擯君子，猶世講誼，與公子通殷勤，且藉公子解於四公子徒，公子拒峻。」
侯方域本人有《癸未金陵日與阮光祿書》，於崇禎十六年左良玉打算由九江移軍金陵前，一段敘述彼此的淵源：
「執，僕父行。神宗末，與人同朝，相甚歡；其後乃有終執不者，執當追憶其故，不必僕言。人削官歸，僕時方少，每侍，未嘗不念執才嗟惜彌日。」
按：此言侯恂與阮鋮同朝，始情誼相孚；繼縱跡相違，則因阮鋮投身閹黨故。啟年間，侯恂削職居，仍痛惜阮的才具，知侯阮間，並無憾。
「乃僕稍長，知讀書，求友金陵，將職途，人送曰：『金陵有御史公勇者，雖於我為後進，我常重，汝至當為師。又有老友，方公孔焰，汝當持刺拜於床。』語不及執。及至金陵，則公已罪，僅見方公，其子智者！僕夙，此晨夕過從，執與方公同為父行，理當謁，不敢者，執當追憶其故，不必僕言。」
按：勇啟五年進士。崇禎十年行取為南京吏部主，後改御史。崇禎十一年九月劾楊嗣昌「入樞兩年，一籌莫展」革職充軍。於此知，侯方域初金陵，在此年九月後。
方智的父親方孔，其時新奉復命，右僉御史巡撫湖廣。此時當因長江游，群盜蠭，路阻隔，尚未赴任。
「晨夕過
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