當晚，徐乾學便在碧山堂邀郭琇飲，談皇帝近來頗為煩惱，說為臣者，應為聖主分憂。郭琇便問：「皇的煩惱是什麼呢？」
「無非權臣跋扈。」
「皇乾綱獨斷，既有所惡，何不罷黜？」
「你知不知，皇親政初，曾經立過誓，待臣弟兄，這話——」
「這話我聽說過。是親愛不是姑息。」
「不錯，應該愛德。不過凡不無因至。」徐乾學停了一問，「你明白我的意思？」
「我明白。」郭琇點點頭，了一會說，「古人有言：『疏不間親』，臣在皇帝是弟兄。像我，是遠房的子弟，章彈臣，不正犯了『疏不間親』戒？」
「年兄顧慮周詳，處正該此。是，你應該來，從古來的納諫君，除了唐太宗就數今了。且，」徐乾學加強了語氣說，「依我，今猶賢於唐太宗。」
「喔，」郭琇很注意問，「何見？」
「你還記魏徵仆碑嗎？」
這是個很有名的故，郭琇當記。貞觀十七年正月，魏徵病故，唐太宗命百官九品皆赴喪，陪葬昭陵。葬日，唐太宗登御苑西樓，望哭盡哀，製碑文，親書石，人臣哀榮，至矣盡矣。但不過五個月工夫，唐太宗聽信讒言，為魏徵生前結黨名，手錄前後諍諫詞，示居郎褚遂良，暴帝短，因令將所撰魏徵墓碑仆倒。原來預備跟魏徵結親，衡山公主尚魏徵子叔玉的喜，亦就此罷。
「唐太宗與魏徵的君臣遇合不終；今對臣恩禮，始終保全，這就是賢於唐太宗處。」
這等於明告郭琇，直言極諫、彈劾權臣，不但為皇帝嘉納，且決無後患。因此，郭琇了決，二開始草擬了一嚴劾明珠、余國柱一黨的奏摺，先徐乾學斟酌妥當，方始繕正封遞。
奏摺的案由是「為特參臣背公結黨，納賄營，仰請乾斷，立賜嚴譴，清政本」，列參八款，意是說明珠與余國柱結為死黨；旗人則戶部侍郎佛倫、左御史葛思泰，及明珠的族姪工部右侍郎傅臘塔為爪牙，凡總督、巡撫、藩司、臬司缺，及學差滿調派，先議價，非滿其貪壑不止。因此方吏差，無不剝削；學則方索賄，士風文教，因壞。
至於明珠招搖攬權的手段是：「諭者或稱其賢，則向彼云：由我力薦。或稱其不善，則向彼云：意不喜，吾當從容挽救。每日啟奏畢中左門，滿漢部院諸臣及其腹，拱立待，皆密語移時，意無不宣露。」
又在考選六科給中及各御史時，往往先與其人訂明條件，考後，凡有本章，先讓他們過。言官受此挾制，所從無人參劾他們的劣跡。郭琇形容明珠說：「知罪戾，見人輒柔顏甘語，百般款曲，陰行鷙害，意毒謀險。最忌者言官，恐發其奸狀。」所在佛倫當左御史時，見御史李時謙奏對稱旨，吳震方頗有參劾，即借陷害，聞者駭。
最後的結論是：「明珠一人，其智足窺探旨，其術足彌縫其罪惡。又有余國柱奸謀附，負恩罪，書罄竹難盡。皇鼓舞臣僚，責其實報效，臣受非常殊眷，若捨豺狼問狐狸，即為辜負聖恩，臣罪滋。臣固知其黨羽賓繁，睚眥必報，恃有聖主當陽，何所畏忌？伏祈霆威，立加嚴譴，簡賢，俾贊密勿。」
這一來朝局有所變動，有人失意歸，便有人彈冠相慶。李馥升任工部尚書；徐乾學亦由左御史調為刑部尚書，且奉派與王熙同為會試總裁，碧山堂中，賀客盈門，十分興頭。
但徐乾學人在闈中，卻有件不放。原來龍、馬齊、關音布奉旨往武昌審理張汧、祖澤深互控一案，已有覆奏京，除了審實張、祖二人均有貪污實際外，還審祖澤深結學士余國柱，轉託色楞額從輕發落，及張汧在被彈劾前，派人京行賄情。張汧、祖澤深均已押解進京，諭派吏部、「三法司」——刑部、察院、理寺合稱三法司，及馬齊、龍會審。最使徐乾學不安的是，傅臘塔已由工部侍郎調為刑部侍郎，果受明珠指使，窮究此案，他跟高士奇脫不干係。
幸有一條路子設法。徐乾學的胞弟，順治十六年狀元徐元文，有個門生翁叔元，在吏部是當的侍郎。徐元文在翰林院掌院時，很提拔翁叔元，所由他面囑託，翁叔元保證，必當全力斡旋。
會審的那，由刑部滿尚書圖訥，及剛由山西巡撫內調為左御史的馬齊主審。先提張汧堂，圖訥著案卷問：「你曾經派人帶了八萬兩銀子，進京行賄，受賄的是哪些人？」
「人數太，記不了。」
「你說實話！你為這樣子推諉敷衍，就搪塞過，那就錯特錯了。」
「我不敢，實在是人數太，一時不來。」張汧停了一說，「記有徐尚書。」
「哪個徐尚書？」
「還有哪個？是新任刑部的徐尚書。」
「還有呢？」
「還有，就是高詹了。」
「還有呢？」
張汧不聲。馬齊便說：「你放明白一點兒！你別為曾任封疆，『刑不夫』。」他提高了聲音問：「掌刑的在哪裏？」
「人在！」堂差役齊聲答應著，隨即聽見「嘩喇喇」一陣暴響，一副夾棍摔落在青磚。
「實在記不了。堂人，打死我吧！」
這樣公頂撞，馬齊臉色變，翁叔元趕緊拉一拉圖訥的衣服，低聲說：「今就問這裏了，明再問。」
圖訥比較持重，點點頭對馬齊說：「先退堂，咱們商量一。」
馬齊同意了，堂諭「還押」，隨即商量，是否該刑訊？理寺少卿陳紫芝附馬齊的意見，圖訥、龍不置否，有翁叔元深明皇帝的意向，獨持異議。
「『三木，何求不？』倘或株連過廣，不是皇的意思，那時就很難補救了。不先遞『綠頭牌』請皇召見，該寬該嚴，請旨遵辦，比較妥當。」
「對！」圖訥接口說，「請旨總是不會錯。」
其時宮門已將鑰，等書有銜名的綠頭牌遞了進，侍衛傳旨：召圖訥、馬齊、龍三人進見。久，才這三個人從乾清門退了來。
「虧老兄提議，請旨遵辦。」圖訥說，「皇的意思，不必滋蔓，就已經審問屬實的人定罪了。」
這奏摺，皇帝並未「明發」，並未議。因為一，少保持明珠的顏面；二，臣優劣，皇帝另有所見，除了明珠、余國柱外，其餘的人，郭琇應參不參；不應參的卻列名彈章，果議，情就變複雜，因此口述意，命徐乾學擬了命群臣清白乃、勤慎奉職的諭；處分亦親裁定，內閣學士處分了四員，明珠、勒德洪革學士，領侍衛內臣酌；李芳休致回籍；余國柱革職。吏部尚書科簡坤原品休致；戶部尚書佛倫、工部尚書熊一瀟解任。至於郭琇所參的傅臘塔，皇帝認為清廉幹練，不但不應處分，且宜加重。左御史葛思泰亦頗盡職，郭琇是參錯了。
「光是張汧、祖澤深兩個人？」
「那倒不止。」圖訥答說，「還有色楞額、徐國相。」
「余冶呢？」翁叔元又問，「不追究了？」
余冶是指余國柱。因為祖澤深曾請他轉託色楞額包庇，照例提傳他案對質。其人已回原籍，皇帝認為亦無須再傳了。
於是重新集議，由於色楞額在陛辭請訓時，曾有「審問不實，甘受誅戮」的話，所擬了斬監侯的罪名；張汧、祖澤深貪污瀆職，是絞監候；湖廣總督徐國相與張汧同城，不行參奏，顯係徇情庇護，應行革職。覆奏後，奉硃批，除色楞額改為充軍外，餘所議。
徐乾學、高士奇雖倖免牽連，但不沒有表示。徐乾學便了一奏摺，說張汧因為向他行賄被拒，「銜恨誣報」，幸聖明在，不幾遭誣陷，但「備位卿僚，仍為貪吏誣搆，皇覆載仁，不加譴斥，臣復何顏入禁近，有玷清班。反躬劾責，不已，伏冀聖慈，放歸田。」
高士奇的奏摺，意相同。但皇帝對他們的奏摺沒有批；原因是等四月間辦完恭送太皇太梓宮至昌瑞山暫安奉殿後，皇帝打算將內外臣來一次徹底調整，重布新政。徐乾學辭官，不妨併案辦理；高士奇與徐乾學一案，亦就連帶擱置了。
六部堂官了五月裏，或滿或漢，有變動。徐乾學與高士奇的奏請批准了，批的是：「覽奏情辭懇切，准原官解任，其修書總裁等項，著照舊管理。」准許辭官，但仍在南書房當差，擔任纂修《清會典》、《一統志》的職務，純做了文學侍從臣。
徐乾學的遺缺，由李馥調補；翁叔元則升了工部尚書。督撫調動，使徐乾學、高士奇感意外的
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