1521年（正德十六年）三月，武宗朱厚照卒。四月，朱厚熜即位，是明世宗，即嘉靖皇帝。七月，张璁书称嘉靖继统不继嗣。十月，尊嘉靖生父生母兴献帝，祖母皇太，兴献王妃进宫。
1523年（嘉靖二年）四月，始尊崇教。
1527年（嘉靖六年）十月，张璁入阁。
1535年（嘉靖十四年）四月，张璁退休。
1536年（嘉靖十五年）闰十二月，夏言入阁。
1538年（嘉靖十七年）九月，太宗庙号祖，献皇帝庙号睿宗。
1539年（嘉靖十八年）三月，南巡承府。
1541年（嘉靖二十年）九月，郭勋狱死。
1542年（嘉靖二十一年）七月，夏言罢官。八月，严嵩入阁。十月，壬寅宫变。
1545年（嘉靖二十四年）九月，夏言复入阁。
1548年（嘉靖二十七年）十月，夏言被杀。
1552年（嘉靖三十一年）三月，徐阶入阁。
1553年（嘉靖三十二年）七月，徐阶晋柱国，任次辅。
1562年（嘉靖四十一年）三月，万寿宫落。五月，严嵩罢官，严世蕃配雷州充军。
1564年（嘉靖四十三年）十一月，严世蕃被人告，“通倭谋反”的罪名逮捕狱。
1565年（嘉靖四十四年）三月，杀严世蕃。十月，海瑞疏。
1566年（嘉靖四十五年）二月，海瑞狱。三月，高拱入阁。四月，严嵩卒。十二月，帝崩，享年六十，谥肃皇帝，庙号世宗。子朱载垕继位，是隆庆皇帝。
1567年（隆庆元年）二月，张居正入阁。五月，高拱罢。十一月，海瑞任南京通政使司右通政。
1568年（隆庆二年）三月，立太子。七月，徐阶致仕。
1569年（隆庆三年）六月，海瑞右佥御史总理粮储提督军务兼巡抚应十府。十二月，高拱复入阁。
1570年（隆庆四年）四月，海瑞离任回。
1572年（隆庆六年）五月二十六日，帝崩，享年三十六岁，谥庄皇帝，庙号穆宗。六月十日，子朱翊钧继位，是万历皇帝，年十岁。六月十六日，高拱罢。
1575年（万历三年）八月，张四维入阁。
1577年（万历五年）九月，张居正夺情。
1578年（万历六年）三月，张居正葬父，申行入阁。六月，张居正朝。
1582年（万历十年）六月，张居正卒。八月，皇长子朱常洛生。十二月，冯保败落，被抄。
1583年（万历十一年）三月，追夺张居正官阶。四月，张四维丁忧，申行首辅。五月，努尔哈赤兵。
1584年（万历十二年）四月，旨抄张居正。八月，公布张居正罪状。十二月，王锡爵、王屏入阁。
1585年（万历十三年）正月，海瑞南京察院右佥御史。二月，改任南京吏部右侍郎。四月，面谕士。
1586年（万历十四年）二月，海瑞改任南京察院右御史。九月，王屏丁忧。
1587年（万历十五年）十月，申行请留中奏折。
1589年（万历十七年）四月，王屏复入阁。
1590年（万历十八年）正月初一，召见申行等毓德宫，皇长子见。七月二十六日，召见阁臣议边。
1591年（万历十九年）四月初一，祭祀太庙，此皆由他人代替。六月，王锡爵归省。七月二十日，诏禁止污蔑臣。九月，申行致仕，王屏首辅，赵志皋入阁。
1592年（万历二十年）三月，王屏致仕。
1593年（万历二十一年）正月，王锡爵朝首辅。
1594年（万历二十二年）五月，陈陛入阁，王锡爵致仕，赵志皋首辅。十一月，沈一贯入阁。
1596年（万历二十四年）七月，始派太监采矿。闰八月，赵志皋请视朝，奏章，罢采矿，皇帝不予理睬。十月，始派太监收税。十二月，陈陛卒。
1599年（万历二十七年）四月，御午门受倭俘。闰四月，诸皇子婚索银不，令严核。
1600年（万历二十八年）十二月二十一日，利玛窦二次北京。
1601年（万历二十九年）十月，立皇太子。
1602年（万历三十年）二月，帝不豫。
1603年（万历三十一年）十二月，召见皇太子。
1604年（万历三十二年）八月，群臣伏文华门请修实政。
1605年（万历三十三年）十二月，罢采矿。
1606年（万历三十四年）七月，沈一贯致仕。
1607年（万历三十五年）五月，慎行、李廷机、叶向高入阁。十一月，慎行卒。
1612年（万历四十年）四月，南京御史抗议皇帝二十余年不见臣，不予理睬。九月，李廷机拜疏。
1613年（万历四十一年）五月，禁党争。七月，兵部尚书掌察院孙玮拜疏。九月，方从哲、吴南入阁，吏部尚书赵焕拜疏。
1614年（万历四十二年）八月，礼部右侍郎孙慎行拜疏，叶向高致仕。
1615年（万历四十三年）五月，梃击案，皇帝乃见廷臣。是年，努尔哈赤建八旗军。
1616年（万历四十四年）正月，努尔哈赤建国。
1619年（万历四十七年）六月，群臣伏文华门请奏章及增兵饷，不予理睬。
1620年（万历四十八年）七月，帝崩，五十八岁，谥显皇帝，庙号神宗。八月，子朱常洛继位，是泰昌皇帝。红丸案。九月，帝崩，享年三十九岁，在位仅一月，谥贞皇帝，庙号光宗。子朱由校继位，是启皇帝。