却说万历三十一年（1603年）腊月在刑部的谳审中，紫柏遭受了杖击与竹篦的酷刑，但他毫不屈服。法官在权贵的授意，必置紫柏死。四，法官再将紫柏带刑堂，面宣读罪状并判定刑期。至是何的刑期，史载不详，但决不太轻。明代诏狱的犯人，被判有罪的，最重是杀头，最轻的是蛮瘴区充军，并终身不赦。宣判的头一，紫柏似乎已经知了结果，因他写了一首《十四日闻拟罪偈》：
夙业今缘信有机，南中莲社北圜扉。
别峰尚有人相问，狮子年正解衣。
从首偈中，紫柏在难临头情的平静，且肯定说，他做了接受一切果的精神准备。夜，他写了一首七绝《忆卓老》：
年曾哭焚书者，今日谈经一字空。
死不须论恶，寂光三昧许相同。
卓老即明末另一位思狂人李卓吾。此老在张居正政，曾三年的理知府，兹就抛别子，云水涯，着半俗半僧的生活。晚年定居湖北麻城十八年，遭人诟害，在北京通州被逮，卓吾不肯认罪，遂在狱中杀。他的《焚书》《续焚书》两部书，是明朝重的思文献。紫柏在李卓吾杀的一年同在北京被逮。惺惺相惜，此的紫柏写诗怀念李卓吾，其境完全理解。李卓吾并未真正剃度，但在麻城却一直住在庵寺中，着人的生活。他收了不少女弟子，一点，引僧俗两众的反感，让恨他的人抓了柄。所，他死是一争议很的人。紫柏却很欣赏并同情他，仅从一点，紫柏的慈悲已达了无纤尘的境界。
法司定罪的二，紫柏便做惊人的决定，他在牢房中坐化。他的几位弟子闻讯赶，他已沐浴更衣，坐定在蒲团，面追随他的弟子，他从容念九首偈，因是紫柏的临终文字，故在此全部录。
方见英雄骨，达老吴生岂夙缘？
我西归君北，诸生晤语更泠。
南北经行三十年，钝机仍落箭锋前。
此行莫谓无消息，雪夜先火内莲。
尽称达老鼓风波，今日风波若何？
试向明年老达，风波满哆。
潭柘双青谩说龙，相依狴犴更从容。
主人归香云冷，卧千峰与万峰。
幻骨吾知无佛，从称石总虚浮。
夜深寒照吴门月，翻笑生公暗点头。
幽关寂寂锁难，哪沙门破雪？
饥鼠何妨沾法喜，冻脓早许委黄埃。
夙愿平生未易论，千经卷属重昏。
怪双径双树，贝叶云日屯。
启龛须记合龛，痛痒存亡尔即伊。
不必燕云重眷恋，此身许石肯支离。
山鬼不必赛，水神胡解。
枯木冷重云，独见田侍者。
人生那忽死，死者生府。
法门何所闻，付诸涂毒鼓。
（谶所知）
偈诗九首，是一不分割的整体，从中紫柏疾恶仇的情，了生死的态度，无碍的禅风。约法司给紫柏定罪，很重的一条是“鼓动民众反抗朝廷”，故偈诗中有“尽称达老鼓风波”的句子。此，紫柏是不承认的。所，他死抗争。
腊月十六日，离除夕不半月。不堪受辱的紫柏，决计不肯在人间待一，从参透禅关，修金刚不坏的法身，生死的界限早已被紫柏打破。世间若住就住一些候，不住即刻就离。
紫柏念完偈语，就坐在蒲团微闭双眼，在弟子静静注视，他从容坐化。一年，他刚六十岁。