就在海战正酣，蒋介石铁定了与日军决一雌雄际，南京国民政府始设法动运输力量，国珍藏的宝器、工业设施、战略物资科研设备，经长江、陇海铁路各条公路悄悄运往内，保存实力，长期抗战。与此同，根据国民政府的命令，中央研究院各研究所与平津两始向长沙与西安一带迁徙。
决策既定，傅斯年立即指示中央研究院各所捆扎物资仪器，打点行装，准备程。
早在淞沪战爆前，中央研究院史语所考古组已根据战局演变，在富有远见责任的李济指挥，始历次掘的器物各器材打包装箱，准备内迁。据史语所《记》民国二十六年七月条：“本所随本院西迁，先选装最珍贵中西文图书、杂志及善本书共六十箱，首批运往南昌农院，其余一千三百三十三箱分批运长沙。但部份殷墟土的人骨、兽骨及陶片等，限运输工具，暂留原址。”八月条：“本院组织长沙工站筹备委员，本所迁入长沙圣经院，所长傅斯年仍留南京，派梁思永筹备常务委员。”
此次行动，按照史语所研究人员石璋的说法：“因南京离海很近，战吃紧，所先行装箱。”在具体业中，首先选择重的文物装箱，“像骨头就选人骨，其它部分就留，是一决定。”根据不同的情况，傅斯年与李济、梁思永商定，已捆装完毕的六十箱最珍贵中西文图书及善本书等，由李济亲负责押运南昌农院保存，其他一千三百箱土器物，陆续运南京关码头装船，分批运往长沙，由梁思永总负其责，组织雇船、运输安置。
就在史语所人员装船程中，海战已了最酷烈决定胜负的阶段，日本飞机始飞往南京实施轰炸。在炮火硝烟中，一批又一批满载着箱国宝的轮船悄离关码头，沿长江溯水西行。史语所部分人员连同眷一同随船程，有别人员那廉君、石璋等乘火车从陆路绕赶赴长沙。
由从内迁的机关太，整长沙市显异常拥挤混乱。圣经校是一座三层楼的建筑，空间较，且有室储藏东西与躲避敌机投的炸弹。北、清华、南三所的师生已陆续长沙，并借圣经校课，部分房间已被三校占据利，中央研究院分配三层楼的生宿舍及一部分教室，史语所运的所有箱子放在室暂存。10月前，史语所人员一直忙装船运输、搬运整理。差不了10月中旬才始安顿。因梁思永一直在南京组织装船运输，长沙的搬运工由董宾、石璋等人具体实施。梁思永随最一轮船抵达长沙并与梁思一见面，已是10月旬，李济正中央博物院筹备处主任的身份，率领部奉命押运一百箱国宝级文物沿长江溯流，艰难向重庆行进。批文物是此前从北平抢运在南京暂收藏的。1931年9月18日，随着“九·一八”变爆，日本军队占领了中国东北三省，进一步向华北区进犯，威胁平津，中华民族进入了危难际。鉴清末英法联军占领北京火烧圆明园，导致量价值连城的文物遭焚毁劫掠的悲惨命运，考虑北京故宫等机构保藏的文物有在战火中被焚毁或遭日军抢劫的，故宫博物院院长易培基等有识士，电告南京中央政府，提了尽快文物南迁避刀兵灾的意见。经一番周折，终国民政府批准，北平几存有文物的部门1932年底商定派员精选文物，紧急装箱南迁。除故宫博物院集中的13427箱零64包外，另有古物陈列所、太庙、颐园、国子监，及奉、热河两行宫等处文物6066箱，由国民政府委托故宫博物院派员一将其南迁——便是中国近代史著名的一次国宝南迁行动。1948年底，批宝物中的相一部分精品随蒋介石政府迁往台湾，台北故宫博物院的镇院宝。
由北平南迁的文物先运海暂存，同利南京朝宫旧址，修建故宫博物院南京分院长期存放。因南京分院容纳原北平故宫运的文物，一同运往海的其它部门太庙、颐园等原有6066箱文物无处存放，经蔡元培倡议，1933年4月在南京立了国立中央博物院筹备处，暂接管批文物。中央博物院隶属教育部，办公点设在鸡鸣寺路1号，在中山门半山园征12。9公顷，原拟建人文、工艺、等三馆，因局关系，仅建一座人文馆（即南京博物院殿）便仓皇撤离西迁。
中央博物院筹备处立，蔡元培任一届理理长，傅斯年筹备主任，延请翁文灏、李济、周仁分别馆、人文馆工艺馆筹备主任，并确立了“提倡科研究，辅助公众教育，适陈列展览，图智识增进”的宗旨。同年10月，国民党中央政治议377次议决议，将北平古物陈列所（南按：1914年袁世凯政府设立）迁南京的文物拨付给中博筹备处。1936年，再度原国子监（南按：1911年立的北平历史博物馆所在）、颐园等处迁往南京的文物，全部拨付给中央博物院筹备处保存。两批文物入库，不但正处襁褓中的中央博物院筹备处藏品的基础，同奠定了日在文博界举足轻重的腕级位。
除政府明令拨的南迁文物，中博筹备处立始，就有建一名至实归的国乃至世界级博物院的构，是始从人收藏手征集文物。1933年10月，在蔡元培、叶恭绰、李济等人的共同努力，3。4万元的价格，购进了闽侯何叙甫绘园古物2000余件。再，随着不断收购、拨派员主动田野进行考古掘，中央博物院筹备处很快集中全国一流珍品约三十万件，其中包括绘画中的《历代帝像》、《唐明皇幸蜀图》；铜器中闻名中外的《毛公鼎》等稀世珍宝。1934年7月，中博筹备处主任傅斯年因兼职，决定辞职，由李济继任，原安阳考古掘队队员郭宝钧任总干，工人员有王振铎（木）、赵青芳等。
就在一年，始立中央博物院建筑委员，特聘中国营造社梁思专门委员，进行初期筹备建设规划，并向全国建筑界人士征集建筑方案。建筑委员立及梁思的介入，是李济继与梁启超、梁思永共，又一次与梁氏族员密切合。1935年，著名建筑师徐敬直设计的方案选，徐氏同梁思将方案稍加修改，建筑外部仿辽代宫殿式，内部结构则中西合璧，使整建筑群具有独特风格磅礴的气势。按照国民政府“中博建亚洲乃至世界一流博物馆”的规划设计方案，1936年一期工程工，中博筹备处代表的业主与德国著名的西门子公司签定合同，由方提供建筑材料，并负责安装电梯、电话及排气扇等通信、通风等世界博物馆中尚属珍稀的一流高科技设备。意不的是，1937年7月，由卢沟桥变爆及日寇举入侵海，南京告急，一期工程刚刚完四分三（人文馆）即被迫停工。所有人员连同收藏的稀世珍宝，始了又一次历史最悲壮的迁徙。
卢沟桥变爆，中央博物院筹备处人员在李济领导，一部分书画等珍品密存海的兴业银行。海战兴，李济负责押运史语所六十余箱中西文杂志及善本书安全运往南昌农院，迅速返回南京，同故宫博物院院长马衡等人一，商讨由北平迁南京批文物的转移办法。协商的结果是，文物分三批运往川、陕、甘等。根据各的分工，年10月中旬，李济奉命押运中央博物院筹备处保存的一百余箱国宝级文物，乘船沿长江赴重庆密藏。工人员随船撤离南京迁往重庆沙坪坝暂住。一切安排妥，李济又急星火赶往长沙与史语所同仁合。此已是11月旬，中央研究院迁的史语所、社所等几所基本已安顿。知梁思一从北平迁往长沙，李济决定登门拜访，在梁思永带领，二人了梁思一的临住处，此便有了离别再度相的机缘。
此，主客双方有意识，随着机缘的重新聚合，梁思一与李济一及其所在机关，一度了漫长的九年流亡生活。