梁思、林徽因夫妇走不久，战场局势进一步恶化，前线传的消息已了令每一中国人顿足捶，揪裂肺的程度。
12月5日，日军始围攻南京，中国10万守军在司令官唐生智总指挥拼死抵抗，伤亡惨重但未阻止日军的凌厉攻势。延至10日，强悍的日军精锐部队配备优良的武器同进攻雨花台、光华门、通济门、紫金山等战略，切断中国军队的路，南京守军10万将士在血战不支。危急刻，蒋介石命令著名战将顾祝同向唐生智传达弃城突围，全军沿津浦路北撤的命令。由日军早已切断了路，有参战的六十六军、八十三军少数部队突围功，数将士被困城郊未及渡江遭日军阻截枪杀。
12月13日，日军攻占了中国首南京，座散着浓重的脂粉与墨香气味的六朝古，顿淹在鲜血、吟与绝望的哀号中。放武器的国军官兵被集体屠杀，30万手无寸铁的无辜市民遭杀戮，日本皇的军队像笼的野兽一在街巷疯狂强暴泪尽滴血的妇女。连续四十余日的屠城，横七竖八的尸体满目皆是，扬子江一条流动的血河，整南京笼罩在“雨粟，鬼夜哭”的霾恐怖中。
消息传，举世震动。海那边的日本国民按捺不住中的狂喜，纷纷叫喊着拥东京街头，施放焰火，提灯游行，欢呼着“战争就结束，中国已被无往不胜的日本皇军全面征服”等等口号。整日本四岛街巷灯火闪耀，人潮涌动，许人拥抱在一，喜极泣。此，全世界每一关注中国命运的人，感受了1937年隆冬那远东区强烈的震撼与滴血的呼喊。
紧接着，杭州、济南等重量级省城市12月旬相继陷落。
由平汉铁路沿线保定、石庄、新乡等军重镇相继失守，长江沿岸海、南京、芜湖等区陷落，骄狂的日军始集结精锐部队，沿长江一线规模向西南方向推进，处两条干线汇处的军镇武汉三镇，立即中日双方瞩目的焦点即将进行生死一搏的主战场。
12月14日，蒋介石由江西抵达武昌，紧急布置军防务。国民政府最高统帅部加紧了武汉战的策划兵力集结。与此同，日本内阁与本营召联席议，提华四项新的谈条件：中国放弃抗战；承认满洲国；设立非武装区；日赔款。
12月15日，蒋介石召集国民党高级干部议讨论，议情况是：“主、主战，意见杂，主者尤。”国防最高议副主席汪精卫原本就抗战信不足，此放厥词，散布战败亡国论。次日，他向蒋介石提，“三者面组织，掩护”云云。此汪精卫企图抛弃抗战国策，在国民政府外另树一帜，号令诸侯。行政院副院长孔祥熙顺胡溜须从“倾向议”变“主至力”。
面一堆饭桶与软蛋的嚣叫与哀嚎，蒋介石力排众议，主张哪怕剩一兵一卒战斗底，誓死不降。增强军民抗战信，12月17日，蒋介石表《告全国国民书》，号召全国军民放弃一切谈幻，坚决、不有丝毫动摇团结抗日，并公提了“持久战”的战略方针，谓“中国持久战，其最决胜中，不但不在南京，抑且不在各市，实寄全国乡村，与广强固民。我全国同胞诚晓敌人鲸吞无幸免，父告其子，兄勉其弟，人人敌忾，步步设防，则四千万方国土从内外皆造有形无形坚强壁垒，致敌死命。……最胜利必属我。”是中国政治军高层最早公提日采取持久战争赢最胜利的军战略构。
12月29日，蒋介石顶着汪伪投降派与一切悲观主义分子的强压力，与国民党元老、监察院院长右任谈话，再次强硬的姿态重申日本所提的四项谈条件是“等灭亡与征服，我国无考虑余，并应坚决表明，与其屈服亡，不战败亡。”——是1937年蒋介石在中国抗战最艰难的刻最一次重谈话。此的蒋介石再次哀兵必胜的悲壮情，明确表达了宁玉碎，不瓦全，誓与日寇决一死战的坚定信念。一信念与政治策略的意义，正著名史、外、原清华教授、曾担任国民政府行政院政务处处长的蒋廷黻所言：“中日战争爆前，委员长慎重避免任何刺激日方的行动。他比别人更清楚日战争的严重，无论是物质方面的或是人员方面的。战争一旦始，他从未表示他接受日方所提的平条件……他认在那军节节失利的非常期谈，一旦失败，必致影响士气。即使谈够功，达一不利中国的平。”因，“中国乃至全世界直今日，仍不知蒋委员长在八年抗战期间一柱擎的力量。”
战在即，长沙与武汉有300公距，一旦武汉失守，敌人必溯水，长沙势难独撑。面危局，无论是刚组建不久的临，是中央研究院在长沙的研究所，又一次面临迁徙流亡的历史抉择。
何处才是安身？长沙临委员在迁往重庆是昆明间摇摆不定，有师生认立足方定，正弦歌不辍，倘再兴师动众迁徙，不但劳民伤财，荒废业，甚至是杞人忧，寻烦恼。湖南省政府主席张治中闻讯，同认迁校无此必，并表示：“即使长沙不安全，尽在湖南另找一，省政府仍愿全力支持办。”广西省政府听消息，迅速派员赴长沙与临常委接洽，积极建议迁桂林或广西别的安全城市，广西政府人民愿意倾全力支持云云。
些建议，常委经慎重考虑，认武汉万一弃守，长沙必遭攻击，那整城市将陷入混乱战火中，再从容迁徙就万般困难了，其前途将不堪设。校够从容不迫办，必须未雨绸缪，在长沙遭受敌军攻击前就转移一相安全的方。经反复研讨，常委最决定迁往云南省昆明，其理由是：昆明处西南，距前线较远，且有滇越铁路通海外，采购图书设备比较方便。更重的战略意义在，一旦内陆全部被日军攻占、封锁，通滇越铁路在西南甚至海外予周旋，民族复兴保存最一批文化子。云南省政府主席的龙云闻知，表示极热情。但此人属独霸一方的军阀，号称云南王，与蒋介石面不，被蒋视脑长有反骨，需日夜提防的三国代魏延一类的人物（南按：的实证明了一点）。因，一方案，尚不算糊涂且深谙官场规则的王世杰与教育部官僚均不敢定夺。蒋梦麟焦急中径直赴武汉面见蒋介石陈述，但不便向车胎扎针——泄气，直白说一旦武汉弃守类的丧气话，说昆明通安南直达海外等等，蒋介石知肚明。经反复磋商，终在1938年1月旬最高局批准。
1月20日，长沙临43次常委即日始放寒假，期在昆明课的决议。规定全体师生3月15日前在昆明报，同通了一系列迁校的具体办法，组建了由蒋梦麟主任的昆明办处。2月15日，蒋梦麟飞赴昆明，主持建校宜。
就在临高层人物蒋梦麟等回奔波商讨迁校际，中央研究院长沙工站委员几名常务委员，在紧急磋商进退办法。此，中央研究院院长蔡元培已转往香港，傅斯年随中研院总办处迁往重庆。在群龙无首的境况中，中研院在长沙几名委员的讨论未达共识，谁不知流落何处更有益。梁思永中研院长沙工站委员常务委员的身份，与史语所代所长李济共同召集所内主人员，商量本所的留问题。经一番仁者见仁、智者见智的激烈争论，尽管未最终确定目标，但总算拿了一概的应策略，就是许年石璋在他的回忆录中所说：“了此同仁的安全，不够留在长沙工，再搬。搬的点目前虽未确定，有一先决原则：同仁的庭有沦陷的话，就先回；庭沦陷的话，跟着所走，是点未定；若不跟着所走，便。决定此一原则，就让各组行商量。”
史语所考古组（三组）经协商，决定先人手头的工尽快结束，全部付主任李济处，尔再谈人留问题。经几的紧张忙碌，所有资料全部收集，按顺序打包装箱，倘日有其它人接手，按照原的顺序继续工，不至茫无端绪。待项工结束，李济召集考古组全体人员集，议决各人的留问题。商量的结果是：李济是组主任，不走；董宾专门研究甲骨，安阳土的所有甲骨需他负责保管研究，因不走；梁思永正研究殷墟遗址西北冈土的器物，同又是中央研究院长沙工站管理委员常委，即使走，等各所的务告一段落才走，因暂不动。同，李、董、梁三人属中央研究院的高级委员，各带有眷，有
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