1939年4月，按梁、林夫妇的设计，新校舍在一片荒山野建了，其景观是：所有校舍均平房，除图书馆东西两食堂是瓦屋外，有教室的屋顶白铁皮覆盖，生宿舍、各类办公室全部是茅草盖顶。尽管此，毕竟有了教室、宿舍、图书馆、餐厅等设施，冯友兰的话说就是“肝胆俱全，有了座校舍，联说是在昆明定居了。”有些遗憾的是，因校经费奇缺，所建教室及宿舍容量，尚不及全校所需的一半，勉敷文、理、法商三院。工院留在原租住的拓东路三馆课，其设立的师范院则租昆华工校部分校舍，教职员工原则均在昆明城内行觅房屋租住。有几位校领导因职务关系，办公室设在新校区，房舍仍需在城租住，条件同局促简陋。几年，梅贻琦曾在日记中描述了己居住条件的尴尬：“屋中瓦顶未加承尘，数日，灰沙、杂屑、干草、乱叶，每次风，便由瓦缝千百细隙簌簌落，桌椅床盆无论拂拭若干次，一回首间，便又满布一层，汤饭随吃随落。每顿饭，咽灰土不知少。”
在情况，梅贻琦一又搬了龙院村一幢土楼一层居住，在联图书馆任职的唐冠芳一住在楼，楼因年久失修，同简陋不堪。许年，唐冠芳的儿子记一幕情景：有一中午吃完饭，母亲照例收拾桌椅、扫。正在，听见楼的梅三姑娘高声喊：“唐太太，你别扫了，我在吃饭！”原，土碴与灰尘随着扫帚伏顺着楼板的裂隙淌了，梅饭菜的“胡椒面”了。
住瓦屋的梅贻琦尝了不少云南的灰土，平在铁皮屋教室教课与课的师生，同深苦恼。教室内除了黑板、讲桌、课椅（右边扶手有木板，便记笔记），别无他物。在雨的云南，除了潮湿与闷热使北方的师生难忍受，一旦遇刮风雨，铁皮便始在屋顶情似的抖动摇晃，并伴有稀咣，叮叮咚咚的叫喊声。其声、刺耳，早已压了面呈菜色的教授的讲课声。有苦中求乐者，一独特风景写联在校园贴，谓“风声、雨声、读书声，声声入耳；，国，，关。”既是嘲，借激励联师生在新的艰苦环境中，按照“刚毅坚卓”的校训克服困难，迈坚实的步伐。许年，在此就读的杨振宁段特殊生活，仍记忆犹新：“那联的教室是铁皮顶的房子，雨的候，叮声不停。面是泥土压，几年，满是泥垢；窗户有玻璃，风吹必须东西纸张压住，否则就被吹掉……”位的诺贝尔奖主，连同与他一获奖的李政等一流者，就是在的环境中长的。
教室条件此糟糕，生宿舍更是简陋不堪。在所建的36座茅屋宿舍中（东西走向12座，南北向24座）。两端安有双扇木门，两侧土墙各有几方口，嵌几根木棍就是窗子。每间宿舍放20张双层木床，生床单或挂帐子紧靠的两床隔，减少干扰，便读。有生因玩笑：“蒋校长概认住宿条件不错，他的孩子送宿舍住了。”此语暗含了一不太人所知的典故。在长沙临，生住在一满清期留的破营房内。某日午，蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓三常委由秘书主任陪同巡视宿舍。蒋宿舍破败不堪，一派风雨飘摇的子，不满，认此处影响生的身健康，不宜居住。老持重的张伯苓则认国难方殷，政府在极度困难中仍顾及青年生的业，已属难贵，且生正应该接受锻炼，有的宿舍安身就很不错了，是二人争执。梅贻琦乃张伯苓在南的生，生寡言，此不便表示态度。争执中，蒋梦麟突有些怒气说：“倘若是我的孩子，我就不他住在宿舍！”张伯苓听罢，脸一沉，不甘示弱反击：“倘若是我的孩子，我一定他住在！”见二人皆面露愠色，梅贻琦不不面打圆场，说：“果有条件住楼住，不必放弃楼住破房；果有条件那就该适应环境，因并不是有楼，是有师的校。”梅氏一语双关的劝说，使一场争执才算平息。未久，校搬迁，此不了了。
不生的一句戏言，竟真的实。昆明不久，蒋梦麟儿子真的由内辗转联茅屋宿舍住了。年蒋、张争与梅贻琦打圆场的典故，随着西南联校史一同流传了。
无论是三校在长沙是迁往昆明，总有一些沦陷区的生不断投奔，一特殊又易被战文化史忽略的程，蒋梦麟本人在昆明防空洞中撰写传《西潮与新潮》中曾专门提及。蒋说，三校了昆明，除招收的新生，有数不少的生是从沦陷区辗转投奔，他不止穿越一火线才达由区，途中受尽艰难险阻，有的甚至在达方前就丧失了命。此，蒋梦麟特他儿子例说：“我的儿子原在海通读书，战生他赶昆明跟我一住。他在途中就曾遭遇几次意外，有一次，他一群朋友坐一条船，企图在黑夜中偷渡一座由敌人守的桥梁，结果被敌人现遭击。另一次，一群走在他前头的生被敌人现，其中一人被捕，日人砍了他的头悬挂树示众。”
不是外、外校生有此遭遇，即使是本校生亦有此例。北平沦陷，北京许未及逃的生，被日军逮捕并关进了北红楼（校办与文院所在，又称一院）室，接受灌辣椒水、杀威棒与扇耳光的‘招待’。囚在牢内的人不准讲话，被现就遭毒打。即使在夜间，日本宪兵蹑手蹑脚在巡视，通栅栏窥视室内的动静。被囚的生深夜听受刑的鞭笞声、喊叫声，裂人肺腑。一被关了两年终逃的北老生，辗转数千抵昆明校长蒋梦麟泣诉，他被关的文院室已活狱，日军辣椒水灌他鼻子，终至使他晕。他醒，有一叫村的日本宪兵告诉他，北应该场使日本蒙受重损害的战争负责，所他理应吃苦头。位老生连续三受特殊“招待”，每次被灌死活，他在那牢其他的酷刑，残酷的程度不忍追述。女生的尖叫男生的吟，已使中国座历史最悠久的府变撒旦统治的狱。不少生就在的“招待”中被活活灌死，或在“杀威棒”暴毙亡。
环境此酷烈，西南联在昆明落生根，仍不断展壮。1938年5月联初课，所属四院的生总数在1300人左右。同年9月，文院法商院由最初落脚的云南蒙迁往昆明，联由原的文、理、工、法商四院扩五院二十六系（内含师范院），生人数增至2000余人。1939年9月，联规模再度扩充，生人数达3000众，教授、助教增至500名左右。与此同，西南联又利己的师资力量毕业生，创办了联附属中、附属，形了极观的教育基。新建的师范院主招收云南省内的生，方培养人才，继云南二所综合高校，此举受政府民众的称许（南按：抗战结束，一批愿留滇的联教师，在联师范院的基础，组建了昆明师范院，1988年改云南师范）。
惜景不长，住在昆明茅屋中课的联生，平静的书桌未安放久，凶悍的日军飞机又带着一肚子“亮晶晶的伙”主动找门了。
1938年7月中旬始，日本战本营指挥25万日军沿长江两岸别山麓向西南区围攻，国民政府迅速调集100万军，武汉中，在别山、鄱阳湖长江沿岸组织武汉保卫战。
8月21日，蒋介石接见英国《每日捷报》驻华访员金生并表谈话，谓“扬子江阵线一，不久即将展剧战。此战将决战。”
10月旬，日军迫近武汉三镇，中国军队与日军展空前血战，是抗日战争初期最规模的一次战役。战双方伤亡异常惨重，日军伤亡人数达了10万，国军伤亡40万众。武汉保卫战不仅有效阻止了日军进攻西南方的脚步，更重的是海、南京等迁往武汉的约3000兵工企业、民制造业批战略物资转移四川、广西、云南等赢了间，国民政府间换空间的战略计划挥了效力。
10月25日，剧战中的国军在被打残缺不全，几乎有一完整的师供补充，保持继续抗战的力量持久抗战，蒋介石令全线撤退，武汉沦陷。
就在武汉战正酣际，日本军部已将注意力转移切断封锁中国国际通的战略与外行动中。日军本营首先派遣海军航空队轰炸昆明至越南、缅甸的滇越铁路滇缅公路，同兵侵占广
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