淞沪抗战爆，傅斯年托史语所一位陈姓职员护送己的老母前往安徽，暂住陈，继让妻子俞綵携幼子傅仁轨投奔江西庐山牯岭岳父避难，己身一人留在危机四伏的南京城，组织、指挥中央研究院总办处各所内迁重庆、长沙等的务。
1928年6月中央研究院立，陆续按科分科增设各研究所，1937年抗战爆前，已设立物理、化、工程、质、文、气象、历史语言、理、社科及动植物等十研究所。理、化、工等三研究所设在海，其余各所均设南京，并在南京贤街旧法制局内设立总办处（北极阁新址落，办处迁往新址办公），主持办理全院行政务。
史语所、社科所等机构迁往长沙，傅斯年在总办处度了最的留守岁月，南京沦陷前夜，奉命撤离，同年冬达江西牯岭，见爱妻幼子，随即携妇将雏乘船经汉口抵达重庆中央研究院总办处临住点。1938年初夏，蔡元培终同意朱骅辞总干一职，本请傅斯年继任，但傅坚辞，说昆明的弟兄放不，急昆明主持史语所工，蔡请抗战前曾做中华教育文化基金董干长、四川校长、中国科社创办人、著名科任鸿隽（字叔永）任总干。
傅与任接了总办处务，携妻带子了昆明，与史语所同仁相昆明靛花巷三号，继迁往龙泉镇龙头村。此，梁思主持的中国营造社虽已恢复，但展工，必须有辅助一工供查阅的图书资料，否则所谓工将无从谈。
长沙撤退，清华通本校毕业生、任教育部次长的顾毓琇联系，将图书部分运往重庆，存放顾毓琇弟顾毓瑔负责人的经济部属某所，携带昆明者很少的一部分。不1938年6月26日，顾毓瑔从重庆急电昆明的梅贻琦，告曰：
昨日敌机狂炸北碚，烧炸惨前所未有，敝所全部被焚毁，救无效。贵校存书全灰烬，函详。
此前南的图书馆在津门被日机几乎全部炸毁，北图书有抢，今，抢运的清华图书部分又灰烬，就导致迁往昆明的三校几乎无图书资参考。亏中研院史语所昆明，傅斯年设法将先期疏散重庆的13万册中外善本图书寄运昆明靛花巷三号驻，随即又将靛花巷面竹安巷内的一座四合院租图书馆，算是迁的三校其它术机构研究人员借读缓解了燃眉急。正处孤助无援的梁思，见史语所批图书昆，与傅斯年协商，借图书资料及部分技术工具便展业务。傅斯年慷慨应允。此，中国营造社与史语所两本不搭界的独立术团体，就形了老与老二，国营与民营，依附与被依附的“捆绑式”格局。
既营造社与史语所已了老与老二的依附关系，在史语所搬迁，营造社跟着搬入乡，在史语所旁边的麦村落脚，寻租一处尼姑庵工室。
1939年1月20日，傅斯年爱子仁轨画了一张旅程图，题记曰：“宝二生日，是在牯岭外公外婆的。爸爸在南京空袭。生三年，走了一万路了！”言辞中透着钻的悲怆与凄凉。
就在史语所迁往龙头村不久，中央博物院筹备处从重庆迁往昆明，并在离史语所不远的龙泉镇凤庵暂住。据在筹备处工的年轻研究人员赵青芳回忆：此处是一有几十户人的村子，村子背靠山坡。凤庵内有四合院，共十间房屋，除尼姑占有少部分外，部分拿做了办公室。的工人员不足二十人。村子在夜深人静常闻狼嗥，狼狼声清晰辨，一间颇使人生畏。在白环境十分幽静，在办公室窗前见松鼠在树跳跃，给孤独、清贫的工人员带一点灵慰藉。
尽管生存环境差强人意，毕竟在炸弹纷飞中又安了一张书桌，众研究人员情渐渐平静的同，又在各的专业领域忙碌。了1940年3月，突有噩耗传，蔡元培在香港世。中央研究院各研究所、中央博物院筹备处与西南联同仁闻讯，震惊余无不同声悲泣。傅斯年在龙头村旁边的弥陀殿，专门组织相邻的几单位召追悼，傅氏主持人，在讲述蔡元培的生平、特别是海沦陷前一段经历，泪雨，几不语。卢沟桥变前两年，蔡元培的身体状况已现衰老颓势，病魔始与他纠缠不休，但位中国界领袖，仍民族的救亡与复兴奔走呼号。据他的生、先任清华、中央校长的罗伦回忆，有一次蔡元培南京，任国民政府行政院院长兼外部长的汪精卫闻讯设宴招待。席前，蔡元培极真诚恳切苦劝汪精卫改变亲日的立场行，严正态度，推进抗战民族复兴的国策。在座的罗伦等人见，蔡元培说激动伤处，眼泪一滴滴落在汤盘，又汤一咽。其情其景，在场者无不动容。
1931年，蔡元培与蒋介石关系逐渐疏远并生裂隙，南京政府的员党棍桂崇基（南按：1927年，历任国民党“清党”委员委员，国民党中央宣传部长，中央政治校长，考试院副院长，国民党中央执行委员，1949年随蒋逃台）等常思压制中央研究院，诋毁蔡元培。情形紧急，傅斯年便乘火车赶国民党四元老一的吴稚晖处请其面向蒋援颊。蒋介石一度曾任命中央研究院总干杨杏佛江西“剿匪”秘书长，杨氏极不愿趟滩浑水，但顾及中央研究院利益，硬着头皮随蒋前往江西。此，杨杏佛1931年6月16日致傅斯年的信中说：“赴赣则钱较有力，此亦冒暑随征一原因。”尽管奉命身前往，且伴随蒋氏左右，但钱仍非易，同年7月21日，杨杏佛在致傅斯年的另一封信中颇伤感说：“虽尽力帮闲，钱终不有实力者。”此的中央研究院及掌门人蔡元培，在蒋介石中已由热变冷，双方的隔阂与裂隙无形中拉。因杨杏佛遭暗杀与己遭特务恐吓，蔡元培彻底与蒋介石在感情分扬镳。
1937年7月卢沟桥变生，蔡元培正在海。此，中央研究院理、化、工等三研究所仍留在海租界内展工。淞沪抗战爆，蔡氏强撑病体，亲组织、指挥海的三所向内撤退。海城陷际，中央研究院总办处已由朱骅傅斯年共同组织撤往重庆，蔡元培满怀悲愤与忧伤，乘一艘外国油轮独一人从海赶往香港。秘密行动，有两解说，一说蔡准备至港，转赴重庆与傅斯年等人合，共撑中央研究院总办处战工。一说蔡蒋派特务刺杀杨杏佛件耿耿怀，情绪消沉，蒋介石与国民党政府失信，极不愿重庆与蒋氏打，遂负气走，避居香港，与宋庆龄等人合，静观待变。由一路颠簸漂荡，年高体衰的蔡元培抵达港岛身体不支，被迫滞留疗养休整，暂居跑马崇正馆。
次年2月，蔡氏一老逃沦陷的海乘船抵港，蔡元培携迁往尖沙咀柯士甸，化名“周子余”隐居，谢绝一切应酬，但仍遥领中央研究院务。1938年2月，在蔡元培精策划组织，香港主持召了中央研究院海、南京沦陷首次院务议。浙江省主席兼中研院总干朱骅，及所属的丁西林、李四光、竺桢、傅斯年、陶孟等十位所长期赴约，共商御侮图存计，面众人的慷慨悲歌气，蔡元培精神一振。就在次议，确定了战院务工的许重策略与生存、展方针。早在淞沪抗战爆，海告急，极富远见的蔡元培就派人赶赴云南昆明与政府有关机构按洽，希望中央研究院海的三研究所搬昆明继续工。云南方面表示欢迎并乐意提供路费，但换条件，中央研究院属的工程所等相关机构，需帮助方在昆明近郊安宁建立一所现代化利电炉制钢的工厂，一求了蔡元培的批准。1938年春，中央研究院工程所等机构，从日本人的铁蹄悄撤离沦陷的海，租外国油轮从香港、河内一路辗转了昆明，是限的条件，炼钢电炉带。的云南高炉转炉生产生铁，中研院工程所，始在昆明东寺街石桥辅租民房进行炼钢实验，了躲避日机轰炸市区的拥挤、喧闹，滇缅公路昆明至缅甸方向22公的桥头村，建立了一座占100亩的工厂，所需设备除制外，通昆明安利公司从英国、国购进。工厂建，1941年6月炼一炉钢，8月轧一批钢。此，昆明几乎所有新兴的型建筑使此钢材，名震一的胜利堂、五华山光复楼等，是在的背景条件兴建的。不，一切的候，蔡元培已经不了。
1938年5月20日，蔡元培应宋庆龄邀请，同港督罗富国爵士等人一，席由“保卫中国
（本章未完）