1928年，陈寅恪加入中央研究院史语所并任一组（历史组）研究员兼主任。与李济赵元任不同的是，因陈寅恪不舍丢掉清华国研究院与己建立了血情感的术阵，及那些进的生，虽答应了傅斯年聘请，并未前往广州赴任。盛极一的研究院解体，陈寅恪仍在清华园担任改制的历史、中文两系合聘教授，史语所一组主任职务属遥领质，除人员聘请、职称晋升与研究课题等政方针亲操劳，具体宜并不问。
1929年春末，中央研究院史语所由广州迁往北平北海静斋办公，陈寅恪与史语所同仁合，并有了经常在一研讨的机。候，经陈寅恪与津一位叫李盛铎藏书无数次谈判，终清宫流的号称8000麻袋，计约6万公斤内阁档案（南按：即满清入关的档案文书，曾废纸被卖掉，被罗振玉、李盛铎先获），史语所名义买并运北海静斋供陈寅恪主持的一组整理研究。——是史语所立所获的一笔宝贵史料术研究资源，史语所“有此一，声光顿”，达了一鸣惊人，界所重的奇效。随着安阳殷墟掘果的扩，史语所威望日隆，傲视群雄的术重镇。正董宾在《历史语言研究所在术的贡献》一文中所言：了1948年，中央研究院已有13研究所，史语所排行九，“该是一位弟弟，其实他一向在研究院中被推居老哥的一椅”。史语所人员达84人，比其他的所一倍至九倍。“那些兄弟所，在敬、畏、妒，复杂情绪，不不尊他是老哥，称曰‘所’”。
正在往“所”路行走的傅斯年搬北平，有潜龙归渊，虎踞深山势。除了统率史语所本部人马，傅氏跃马挺枪杀回北，雾色苍茫中争占盘，再展年生领袖的风采与辉煌。傅斯年入主北公的名号是北文院历史系兼职教授，暗中的打算是借授课机，现读书子有希望的术研究苗子加栽培笼络，便其人毕业拉入史语所，继续扩“所”的阵营声势，加入史语所的胡福林——就是在昆明不辞别的那一位，就是候被傅斯年现并着意栽培的生。北海静斋储存的数量惊人的内阁档，傅斯年认非陈寅恪面主持整理不，是求在北平郊外清华园居住的陈寅恪，立即“改住北平，至少在北平住每周数日，便从列（内阁档案）工”。
既担负着史语所历史组主任兼研究员职，整理内阁档的工又属历史组，陈寅恪责无旁贷，遂痛快答应了傅斯年的求，除保留清华园新西院三十六号的寓所，另在北平城内西四牌楼姚胡同三号租赁了一处宽敞舒适的四合院，并其父陈三立，连同本嫂从南京接居住。有了城城外的两处住房，且两处住宅房间墙安装了极其稀有的电话，陈寅恪始比较从容奔波两间。除在清华授课，部分间在城北海静斋带领史语所历史组人员徐中舒、劳榦、李光涛等人整理内阁档案。年9月，傅斯年与陈寅恪筹划立了“历史语言研究所明清史料编刊”，除傅、陈二人，另聘史朱希祖、陈垣及年轻的术中坚徐中舒编刊委员，拟列了一庞的版计划，历史组人员一边进行整理、分类、编目，一边刊布印行，将珍贵史料公诸世，取名《明清史料》。——杖是陈寅恪一生在生活最舒、精神最意、术最有创见的极盛期。
惜景不长，1931年“九一八”变，日本占据东三省，中国的政治、文化中逐渐南移。1933年4月，遵照中央研究院总办处指令，史语所拔寨程，由北平迁往海曹渡万柳堂办公，除一少部分人员与内阁档案留守北平外，其他人员全部南迁。陈寅恪不忍舍弃清华园生活环境与术氛围，有随所迁移，仍留校任教，同改任史语所“专任研究员暂支兼任薪”（南按：意陈氏在史语所的主任与研究员名义保留，但给一点薪金补贴，主薪水由清华支付。）是陈寅恪与他所统领的史语所历史组共同相处了四年首次分别。就陈寅恪的情形言，史语所广州立日，就有迁北平的打算，陈氏所答应傅斯年任历史组主任，正在史语所迁北平己两头兼顾，或者辞一头专顾另一头，无论是在清华园任教，或城内史语所办公处从专门的术研究，二者皆。不史语所仅在北平四年就了“孔雀东南飞”，一口气跑了海，独留在清华园的陈寅恪遂有辞史语所职务的打算，因局动荡，史语所最在何处落脚生根仍未有明确的目标，尽管有定居南京的议案，但毕竟有落实，何况政局不稳，说不定哪一又什岔子，再度返回北平亦未知。是，陈寅恪采取静观待变的态度，视具体情形再最打算。1934年，中央研究院在南京北极阁兴建的办公点陆续竣工，部分研究所陆续迁入，史语所随由海迁南京，同年5月增设人类组，并筹备完的1935年聘请欧洲归国的字号“海龟”吴定良博士主持。就在候，陈寅恪产生了辞史语所历史组主任，一一意在清华园教书的法，但未蔡元培傅斯年应允。
1936年春，傅斯年致函陈寅恪，请其赴南京参加史语所议，就未政方针展方向进行商讨。陈寅恪思虑再三，1936年4月8日致函傅斯年，决定不予席，并正式提辞呈。函曰：
孟真兄左右：
首示敬悉。所稽迟未即奉复者，尚未决计南行与否故。今决计不南行，特陈其理由：清华今年无春假，若南行必请假两礼拜，在他人，一回即课，弟则非休息及预备功课数日不课，统合计，非将至三礼拜不。初意生或有罢课举，则免请数日假，岂知竟不，但此一点犹不甚关重。别有一点，则弟存中尚未告人者，即前年弟见清华理工院教员，全年无请假一点钟者，文法院则不。彼弟即觉此虽，无怪乎生及社文法院印象劣，故弟年全年未请假一点钟，今年至今尚未请一点钟假。其实一点钟与少一点钟毫无关系，不中默誓约（不敢公言示矫激，且罪他人，此次初告公），非有特别缘故必不请假，故常有带病课。弟觉此次南行亦尚有请假理由，若请至逾二星期久，则太矣，此所踌躇久决定。院中所寄川资贰佰元，容银行或邮局汇。又弟史语所一组主任名义，断不再遥领，致内疚神明，请即此次本所代辞照准，改通信研究员，不兼受［任］何报酬，一俟遇有机，再入所担任职务。因史语所既正式南迁，必无北平侨人遥领主任理，此点关系全部纲纪精神，否则弟亦不拘拘（泥）此。所言者尚，特先约略奉复，即希鉴谅，并代候诸公，至深感幸。敬叩撰安弟 寅恪顿首四月八日傅斯年接信，陈寅恪提的不席议辞职皆不照准，退求其次，了一“两头兼顾”法，让陈氏席几议，保证一星期内返北平。了加重邀请的砝码，傅斯年与李济联名拍电报，示尊崇迫切情，但陈氏仍未南。4月13日，陈寅恪在致傅斯年、李济的信中说：“前日奉电，又迟疑久，至今日仍决计不南行，殊负盛意，惶愧至。弟虽一星期内往返，但实因身体疲劳及预备功课故，非请假两星期不。昨日，又略感冒受谅，则短期内往更少矣。又弟请暑假解除一组主任名义一，实考虑再三，认有必，否则亦不拘泥，务求兄等与诸公商允许，不胜感祷至。”信旁注数语，其中有“弟不列或便讨论，否则互相客气，又恐不易决定矣。此亦不必一理由”。
既陈寅恪两次复函表示不再南，并列举了相的理由，傅斯年不便霸王硬弓，强人所难，陈氏南就此画了句号，是他所坚辞的史语所历史组主任职未遂愿，不但年的暑假未解除，即是在抗日烽火燃烧半中国同有实现。陈寅恪在术界超凡的识与名望，满身霸气的傅斯年不容易才延揽己麾，不轻易放弃。令傅、陈二人有的是，北平分别五年，陈寅恪与史语所同仁又有了一次相聚的机缘，是，次相聚不在北平，亦不在南京，是硝烟弥漫、弹片横飞的西南边陲昆明城。