从蒙撤往昆明的联文法院，因仓促，师生陆续达，但院址尚无着落。据知情者说，筹划此颇不易，“初议江西馆，但稍有眉目，工院主持者，又抢。嗣闻另有力者，或亦需江西馆。则工院与否，尚未知。”
就在江西馆你争我夺，鹿死谁手尚难定论，蒋、梅二常委又派陈福田、张奚若、陈岱孙三系主任前往晋宁盘龙寺一带查勘，终因势狭荒芜、不堪应罢。正在左冲右突了无着落际，忽闻政府指令昆明城内各中、师范校移散乡县僻静处，是陈福田、张奚若等乃竭力串通蒋、梅二常委，外加潘光旦、冯友兰等实力派人物，租昆明师范农校等全部校舍，将联文法院师生迁入。决定公布，一度部分教授的不满抵制，浦薛凤则明确表示：“其意一若人愚我智，人怯我勇者。师范局，已将校产搬动者，悉数运走。目睹光景，殊不安。”
浦氏等教授的担与不满有理，生师范院的一次惨烈轰炸证明了一预感的正确，但在此众师生已云集昆明校又无处安置的艰难处境中，迁入师范院亦是一便捷的解决。未久，蒙转入的数师生迁入昆师与农校，另有一少部分易经风水较有研究的教授，感觉此处乃属卦相所谓“主凶”，一旦住进，很落人财两亡的结局。是行在郊外租房居住，校局正落清静，一概照准。
此，比吴宓等人早一些候昆明的陈寅恪，由兼职的关系，住进了中央研究院史语所在昆明租赁的靛花巷青园舍楼——是他北平与史语所同仁分别四年再次相聚。不刚刚安顿，又一不幸的消息险些将其击倒。在离北平的候，陈寅恪曾托侄子陈封雄一批书籍邮寄长沙一位亲戚，便己达取。不批书直陈氏一离长沙一月才收。更不的是，1938年11月日军攻占岳阳逼近长沙，国民党军高层实施坚壁清野战略放火烧城，因执行具体任务者生误，12日夜间突行放火，长沙顿一片火海，不知内情的百姓在火浓烟中号啕悲呼，四处蹦窜，设法逃生。结果是，一场火毁房5万余栋，死伤市民2万余人，数十万人无归。陈寅恪亲戚的住处未免劫难，房屋俱被烧毁，陈氏寄存的书籍化灰烬。场灭顶灾使陈寅恪一生积赞的血结晶中最一丝希望宣告破灭，禁不住潸泪。
不幸中的万幸是，昆明的条件优蒙，况且有一藏书户史语所在此，陈寅恪借所需书籍应急，其在联设的《两晋南北朝史》《隋唐制度渊源论》课业不缀。
陈寅恪居住的靛花巷青园舍临近昆明城北门，联教室则位昆明文林街，每逢课，陈寅恪需步行一路校。此他的右眼视网膜剥离，仅剩左眼视力勉强书授课。陈氏仍像年在清华园一，每次课一块花布或黑布，包着一包书向教室匆匆走，至满头是汗，却从不迟。有生不忍见一眼睛已盲的史师此辛苦劳累，主动提议每课前迎接，并帮助拿书，遭婉拒。据一位生回忆“陈先生课一丝不苟，数候先抄了满满两黑板资料，再闭眼睛讲。他讲课总是进入我营造的术语境或历史语境，似乎世忘一干二净。某日，一脚甫踏入门，距离黑板尚远，陈师即始讲述，谓次讲的……随即走近桌旁，放置包书包袱，就坐面黑板、背朝生扶手椅。讲述久，似觉座位方向不，始站身搬转坐椅，微笑状。有瞑目闭眼谈，滔滔不绝。”在北文科研究所任助教的邓广铭慕陈寅恪才与声名，经常跑联教室旁听，获益颇丰。此，邓氏回忆说：“虽因我的根底太差，陈先生所讲授的未必有深切的体，但反思在那一年的间内，我在治的方法方面所受的教益，较在北读书四年所，或许说是有无不及的。”
陈寅恪人格问，不仅了傅斯年与史语所界腕与年轻弟子的尊重，即是年同在清华任教的冯友兰、朱清等辈倍加敬重。1934年清华版的《清华暑期周刊·欢迎新同专号·教授印象记》，曾有一段陈寅恪的描写：“在清华的校史中，流传着许关陈寅恪先生的趣谈。例，哲冯友兰先生的问谓不了，从1928年入校，秘书长、文院长，至数度代理校务，在清华称乘人物了。但每回中国哲史课的候，总见冯先生十分恭敬跟着陈先生从教员休息室，边走边听陈先生讲话，直至教室门口，才陈先生深鞠一躬，分。现象固使我感冯先生的谦虚有礼，但同令我感陈先生的实在伟。”从记载中，陈寅恪的威望名声在他步入清华园不久，即凭着他的才与人格力量，已深入人并同仁的普遍尊敬。许年，哲金岳霖不无感慨回忆：“寅恪的问我不懂，确实渊博很。有一我他那，有一生找他，问一材料。他说：你图书馆借某一本书，翻某一页，那一页的页底有一注，注所有你需的材料列举了。你它抄，按照线索找其余的材料。寅恪先生记忆力强，确实少见。”
靛花巷青园舍楼共分三层十八间，史语所人员撤往龙头村，此楼北文科研究所的本营，但傅斯年等史语所人员进城，仍住一楼。陈寅恪因兼任北文科研究所历史组导师，一直在此居住。据年在该所就读的生周法高回忆：“研究生住在三楼两间房面，加外两间，一问住的是陈寅恪先生，一间住的是汤彤先生。罗常培先生是住在二楼。另外有助教邓广铭先生务员郁泰先生（郁是刘半农的亲戚，江人）。此外有英文导师叶公超先生。”又说：“他（陈寅恪）本是清华的教授，是因他是傅斯年先生的亲戚友的关系，又住在靛花巷的楼，就担任研究所史组的导师了。不他的脾气真不，是由健康不佳的关系吧！我他同住在三楼，彼此从不谈。有一次概他午睡的候，有一客人慕名他，他一直打躬揖那人赶楼。又有一次，二楼罗常培先生的房研究生满座，闹哄哄的，那概九十点钟吧，听楼陈先生手杖重重楼板敲了几，罗先生吓赶快偃旗息鼓。”
周法高的回忆，向世人透露了陈寅恪因疾病缠身导致脾气暴躁与格外威严的一面，同透露了另一信息，那就是陈氏有睡早觉午觉的习惯。1942年8月30日，陈寅恪在给傅斯年的信中说：“弟生非安眠饱食（弟患不消化病，饱消化亦是难）不文，非是既富且乐，不诗。平生偶有安眠饱食，故偶文。一生从无既富且乐日，故总做不诗。古人云诗穷工，此精神胜物质说，弟有志未逮者。”此信是陈寅恪携从香港逃抵达桂林，因累与身体原因不速返已迁往四川李庄的史语所，专门向傅斯年做的解释。但从几句解释中知陈氏睡早觉、午觉，甚或感情冲动，爱火等是确有缘由的。另据傅斯年1942年8月31日致中央研究院总干叶企孙信中言：“其实彼（指陈寅恪）在任何一处一，即是己念书，不肯指导人。”又，傅斯年玩笑的口气说“本所几老年助理，他肯说说，因此辈常受他派查书，亦换方便。一笑。”按傅斯年透露的信息，此的陈寅恪不理睬周法高辈，是合乎其格处世方式的。是陈氏与别人毫无关系的习惯，竟傅斯年折腾苦。
傅斯年昆明，尽北文科研究所代理所长的责任，经常在靛花巷三号的青园舍一楼居住。此日机已昆明展规模空袭，生9月28日的最早一次轰炸就使迁入昆明师范院的联师生受重创。的浦薛凤虽竭力反进住师院并因此“殊不安”，但因一租不居处，随文法院部分教授金岳霖等迁入。不进住不久，敌机轰炸始。警报响，金岳霖、皮名举、刘晋年等五六人，未及离，等见银灰色敌机一排飞临空，顿感不妙，急避图书馆内俯伏，扫与爆炸声随响。最挤进的一生“哎哟”一声叫，鲜血已顺着额头流淌。瞬间一枚炸弹落入图书馆楼房顶，巨的爆炸力将楼一南籍生冲窗外，身无伤痕亡，是震死。片刻工夫，校园楼正门破碎，窗尽震毁，一座洋房尽瓦砾，不复辨认。两位联校工两名生被炸横尸校园。联校方正组织生在昆师集训，一集训队长躲警报稍迟，被炸弹劈三段，身半段尚在墙内网球场边，头部则飞至墙外操场，所带两孩一同遇难，身首异处。敌机飞走，外躲警报
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