我在前面已经说，元代在方的最高行政区划是行省，在行省又有路、府、州、县等级别的区划。由元代的行省辖区较广，中央政府常感鞭长莫及，因此，了加强管理，便在离行省中较远的区，又分设立宣慰司，负责协调临近路、府的军民务。元代一共有山东东西（治益路）、荆湖北（治中兴路）、湖南（治临路）、海北海南（治雷州路）、河东山西（治同路）、四川南（治重庆路）、广东（治广州路）、福建（治福州路）、淮东（治扬州路）、浙东（治庆元路）、广西两江（治静江路）等十一宣慰司。宣慰司向承接省的政令，向传达各县，又将各县的一些请求向传递省，承启，兼有行省派机构介乎省、路间一级行政机构的职，因此，宣慰司被做省的一级行政区。
在边疆少数民族聚集区，设有宣慰司。在云南行省就设有罗罗斯（治建昌路）、乌撒乌蒙（治乌撒路）、曲靖（治曲靖路）、临安广西元江（治建水州）、银沙罗甸（治银沙罗甸）、理金齿（治永昌府）及八百（治八百）七宣慰司；在湖广行省设有八番顺元（治贵州）宣慰司。从些宣慰司所统辖的路数与管辖范围的规模，比不面我所提的那十一宣慰司。再有，由些宣慰司主协调军方面的宜，因此，又常被称宣慰使司元帅府。虽名称有些变化，但是其长官仍叫宣慰使，并不被授予元帅的头衔。
另外，在少数民族居住区设置有宣抚司、安抚司等，由宣慰司统领。比湖广行省就设立了顺元、播州、思州宣抚司，庆远南丹、乾宁安抚司；云南行省设立了丽江路、威楚南、广南西路宣抚司；四川行省有叙南宣抚司与永顺安抚司等。
些设在少数民族区的宣慰司、宣抚司与安抚司等官员的正职设达鲁花赤，副职则由土人担任，因此又被称“土司”。兴元朝的土司制度，是中央政府在少数民族居住区所实行的一特殊政策，它不同秦汉在少数民族区所实施的羁縻政策，即中央政府不在少数民族区设立正式的行政区划，是让的部族首领行治理。元代土司职位是世袭的，但在承袭元代中央政府的批准，不就兴师问罪。史书就记载了一件。在至元十七年（1280年），土官亦奚不薛生病，向皇帝禀告便行将他的官职转给了他的从子。元世祖知，非常生气，斥“无人臣礼”，兵讨伐。亦奚不薛见此情况，亲面，向世祖谢罪，元军才撤回城。说明了元代中央政府土司的控制是有一定的力度的。总，土司制度与羁縻政策相比较，治理的方式显进了一步，已经将间接统治变了直接统治，虽管理与汉族区设置的正式行政区划有一定的差距。