明初定南京，朱元璋在洪武年间，改行中书省承宣布政使司，并罢中书省所领府州，直隶六部，全国除京师（南京，治应府）少数民族区外，分北平、山东（治济南府）、浙江、江西、福建、广东、广西、湖广、四川、陕西、河南、山西（治太原府）等十二布政使司。洪武十五年（1382年），又增设云南布政使司，共计十三布政使司。
了永乐元年（1403年），明祖朱棣建北京顺府，称“行在”。同年二月，罢北平布政使司，其所统府州直隶北京行。永乐十九年（1421年），又罢北京行，改北京京师，正式迁北京。明祖迁北京，南京留，是明朝有南北两京，所属府、州、县，直隶两京六部，号称南北二直隶。另外，在永乐五年（1407年），明祖设置了阯布政使司，但是了明宣宗宣德三年（1428年），阯布政使司便被罢除了。明祖在永乐十一年（1413年）设立了贵州布政使司。因此，终明世，全国共有十三布政使司、两直隶，俗称十五省，明直辖区的行政区划。
明代在改元代行省布政使司的程中，除元代的岭北行省部分不在明代统治的区域内、辽阳行省又分属奴儿干司及山东布政使司境内的辽东司外，元代行省的辖区范围了划分明代十五省的基础。例：京师山东、山西二布政使司分元代的中书省统辖区域；南京的范围元代的河南行省（今安徽北部江苏北部）与江浙行省（今安徽南部、江苏南部及海市）所辖区域；广东布政使司的辖区是由元代的江西行省（今广东部）与湖广行省（今广西钦州、合浦区及广东留州半岛海南岛）的领组的；陕西布政使司占据的是元代陕西、甘肃（今甘肃嘉峪关东部分）两行省的区；四川布政使司在设置并入了部分元代云南行省（今四川凉山西及金沙江西、北）的辖；湖广布政使司则并入了元代河南行省（今桐柏山南、长江北湖北部）的领，虽两广部分已经分，但仍习惯湖广相称；浙江布政使司辖区部是元代江浙行省的所统区；贵州布政使司则是将云南、四川、湖广三布政使司的相邻区域各划一部分组建的（参见《明代两京十三布政使司示意图》）。
从面的划分情况，明代虽将元代犬牙错方式划分的行省界线废除，但同又形了新的犬牙相入形势。面就让我具体分析一其中的几典型例子。
一例子是南京。由明太祖朱元璋城定在长江南岸的金陵（今江苏南京），他本人的老又在淮河南的凤阳（今安徽凤阳），因此，他就别裁，划了一金陵凤阳中，包括淮北、淮南及江南三不同域的南京。长江与淮河在历史是重的行政区划分界线，在元代前，几乎有现跨长江或者是淮河的行政区划，元代的江淮行省跨长江南北、河南江北行省据有淮河两岸，在已属很极端的犬牙错分界方法了，，比朱元璋次所做的长江、淮河两区域全越，是巫见巫了。因南京的辖区，致使其南面的邻省浙江的领面积极狭，省杭州就紧挨着省界。是朱元璋意识了问题，是他就采取了补救措施，南京辖区内位太湖南的湖州、嘉兴二府划给了浙江，使浙江的辖区不致太局促。一，虽浙江的问题解决了，但是使朱元璋有的是，做法又违背了政区划界中的山川形便原则，让太湖流域在历史从是处一单一政区中的理单元，分属两不同的行政区划，形了太湖流域的分割局面，清人顾炎武在论及现象，形象将比喻人拦腰斩断。了清代，虽人已认识南京辖区，但是基财赋均衡等方面的考虑，有采取南北按照河流流域的划分，最终是将南京从北向南分了东西两部分，从形了我今的江苏与安徽二省的界线。
再一例子是河南省。明代河南省的北界，不像其名称所示的一位黄河南岸，反却向北越黄河，与京师（北直隶）的南界形了典型的犬牙错形状（参见《明河南京师边界示意图》），现了河南省领有河北的奇怪现象，是明王朝建立所采取的由南向北的军行动所遗留的果。条界线一直延续新中国建立。虽将条界线由曲线调整了直线，但河南省辖有黄河北区的情况，仍有根本改变。
有一例子是贵州省。明代贵州省的边界非常特殊，北面的四川省同一柄锋利的尖刀，向南一直插入贵州省的腹，遵义、瓮安、余庆等据己有，就使贵州省的北界向内凹进了一块。所现情况，主是因贵州在是一新设立的省区，中央政府了加强控制采取了的划界方法。
最一例子是广东省。宋代广东的海岸线无法与广西相比，因今属广东的高州、化州区、雷州半岛及海南省，是广西的辖区。元代设立湖广与江西两行省，就是承袭的一分界线。不，元代又曾原宋的广西沿海带，即的高、化、雷、钦、廉等州海南岛单独划，设立了海北海南宣慰司，隶属湖广行省。明朝建立，虽设置了广东与广西两省，但是并有恢复宋代的原有分界，是元代海北海南宣慰司所辖区域，划了广东省的辖区范围内，形了广西省有一点海岸线、钦廉区又几乎广东省无法相连的奇怪划分。一犬牙错的分界线，一直延续民国期。新中国立，改变了现象，使钦廉区回了广西省的怀抱。
明代两京十三布政使司的方行政机构与区划，体继承了元代行省原有的路、府、州、县制，但有所简化，取消了路的建制，设府、州、县三级。
明代的府隶属京师或布政使司，其或者辖州，或者辖县，或者州县并辖，是方的二级行政机构区划。府的长官，叫做知府，一名太府，又依照古官名被尊称太守。明代初年，共设置有一百五十九府。洪武六年（1373年）规定，纳粮二十万石府，二十万石、十万石中府，十万石府。些府又有繁冲简僻分，繁冲就是繁剧冲，简僻就是政简偏。另外，在边远区府兼辖军户的，称军民府，其位比府高，其中部分土府。
明代的州分两：一是直隶京师或者是布政使司的，称直隶州，位与府体相同，其或者辖县，或者不辖县；一是隶属府的，称属州，位与县体相同。但数属州领有县，实际属州的位介府与县间。明两京十三布政使司一共辖有二十直隶州（不包括土职），辖境一般比府。属州每府数量不一，致是一六，有不少的府不辖属州。另外，有别的州隶属指挥使司，像辽东司原主安置内属女真人的安乐（今辽宁原）、在（今辽宁辽阳）两州就是。明代中期，共有二百三十四直隶州与属州。明代州的长官称知州，又常常依古官名尊称刺史、州牧或者是州令。
明代的县，隶属府、领县的直隶州或属州，长官称知县。县同府一，按纳粮的少标准分三等：纳粮十万石县，六万石、三万石中县，三万石县。据史书记载，明代中期，共设有一千一百七十二县。知县与知府、知州合称牧民官、亲民官或者是临民官。
此外，府、州、县除了隶属布政使司外，受布政使司、按察使司的派遣机构分守、分巡、整饬兵备的节制。