前文已经提，明代了防止方专权，废除了元代的行省制度，模仿宋代监司分路治的方法，在方各省建立了指挥使司、布政使司按察使司等三司分立的制度。三司分立的格局，虽使它彼此相互牵制，但一制度存在的负面影响随暴露，那就是方由权力分散，外防御与内镇压反抗的力削弱，尤其不应处理方突或重的件。了弥补些不足，更协调处理方的务，是在明代宣德年间，中央经常向各派总督、巡抚两类新型官员，负责处理所督与所抚区内的行政、军及监察等方面的情，最高一级的封疆吏，并由临的派遣变长期的设置，管辖范围变相固定，逐渐在、布、按三司外，形了一套总督、巡抚的体制，新的方行政组织。就是说，总督、巡抚的辖区了两京十三布政使司外的准行政区划了。
洪武二十四年（1391年），明太祖朱元璋责令皇太子巡抚陕西，目的是让他在阔眼界的同，明朝定选址进行实勘察，并顺便调查在那的秦王就蕃的所所。巡抚一职，由此始现。永乐二年（1404年），明祖委派负责监察的给中雷填“巡抚广西”。了永乐十九年（1421年），明祖又让担任尚书一职的蹇义等二十六人，分别巡行，安抚军民。不，的巡抚是中央官员的一临的工，有固定的官职，不仅毕即罢，且有巡抚一职的具体权力明文规定。
了洪熙宣德年间，情况有所改变。洪熙元年（1425年），明仁宗设立南畿浙西巡抚，目的是了惩办那的“豪右民”横行乡的恶行。宣德五年（1430年），了各税粮的征收，明宣宗又分别派遣巡抚两京与各督办。一期，巡抚的设置较前有所稳定，职权逐渐变明确，且有了固定的治所。
景泰四年（1453年），明王朝在耿九畴赴任陕西镇守（职与巡抚体相同，罢镇守，称巡抚），巡抚的归属了明确规定，便巡抚在行使监察权力的同统管方的按察使及察院派的巡按察使，让巡抚一律从属察院系统，并称“巡抚御史”。化二十二年（1486年），又基本取消了巡抚回京议的规定，并在前允许巡抚带属赴任，些表明巡抚已向方官转化了。顺年间（1457～1464年），方的、布、按三司等官员，已不再专权，必须听从巡抚的命令了。嘉靖、万历年间（1522～1619年），巡抚已经由前的间断派遣，变连续的派，离任与任的接手续制度化了。不仅此，巡抚加带提督军务的官衔，进一步明确所掌握的军权。巡抚的官名，部分由“巡抚××方”变“××方巡抚”。实际，巡抚已由中央官员变了方官员。
与巡抚相比，明代总督的设立并不普遍，且总督偏重统领方的军权，在因特派方面的职比巡抚更明显。正统六年（1441年），征伐云南麓川区的少数民族义，明朝设置了云南总督一职，是设置总督的始。此，总督经历了由初期有明确驻、辖区不明，治所固定、辖区明确的转变。，总督就从一位中央的监察员，渐渐演变封疆吏了。化十年（1474年），明朝逐步确立了总督节制巡抚的体制。此外，有少数总督不仅节制巡抚，且有己的直属区。在情况，总督行使职权，一方面通节制巡抚执行，另一方面，则通所统辖的各实现。嘉靖二十七年（1548年）所设立的云贵川湖广总督就是的一实例。一总督，既节制云、贵、川、湖广等四巡抚，同，又直接统辖四川、湖广、贵州三布政使司相接的区所组的几。
概括说，巡抚的主职权是行政赋税、考劾属吏、提督军务，总督的主职权则是节制巡抚、调度军队。巡抚民主、兼理军务，总督军主、兼管民。
由总督、巡抚逐渐了方实际的最高军政官员，所了明代期，最高一级方行政区划实已从两京十三布政使司变了几十总督、巡抚辖区，虽总督、巡抚辖区了清代初期，才正式一级方政区。
巡抚辖区的划定，情况较复杂，与、布、按三司所辖区体存在着三情况：一是与布政使司（或指挥使司）辖区体相同的，二是布政使司（或指挥使司）辖区的，三是跨布政使司（或指挥使司）辖区的。万历十年（1582年），曾设立了四总督与二十四巡抚。在其中的二十四巡抚辖区中，属一情况的有辽东、山东、河南、甘肃、浙江、福建、广西等巡抚；属二情况的有顺、保定、凤阳、应、宣府、同、山西、延绥、宁夏等巡抚；其余的八巡抚属三情况，其中南赣巡抚最特别，其辖区跨江西、福建、广东与湖广四布政使司。另外需提及的是，在各巡抚的辖区中，存在着重叠现象，例南赣巡抚与福建巡抚就同辖有福建汀州。