清朝初年，清军在平定西南区的程中，由盘踞在各的土司并有他构威胁，是清政府经仔细考虑，决定维持明朝的状况，让些土司暂存在。不仅此，新归附的民族首领，让他担任新的土官，因增设了不少土司。但是些土司所潜在的割据，清政府并有掉轻。特别是了全国统一，土司统治区所暴露的问题日益严重，有些的土司辖几百，拥兵数千万，骄横不法。何使土司尽快走改土归流的轨，符合统一国的求，便了清政府需解决的一问题。了康雍乾期，清朝国力强盛，加雍正皇帝又是一位锐意进取的君主，因此规模改土归流的工便率先从西南区推行。
雍正四年（1726年），云贵总督鄂尔泰几次疏雍正皇帝，力陈废除土司制度、实行改土归流的必，请求令立即推行。他的建议同包括了一些何在改土归流中具体运的方法。雍正皇帝采纳了鄂尔泰的建议，让他负责办理改土归流的宜。
是在雍正四年（1726年）五月，鄂尔泰率领军队首先平定了贵州长寨土司的叛乱，设立长寨厅（今贵州长顺），拉了雍正年间改土归流的序幕。不久，鄂尔泰又派哈元生领兵打垮了制造叛乱的四川乌蒙土知府禄万钟与镇雄土知府陇庆侯的势力，分别改设乌蒙府（今云南昭通）与镇雄州，改属云南管辖，派流官任进行治理。云南与贵州两省改土归流的巨声势，很快波及了广西。了使云贵广西的改土归流务便统一筹划，雍正皇帝又特意在雍正六年任命鄂尔泰云南、贵州、广西三省总督。并在同年，命令贵州按察使张广泗在贵州东南部区推行改土归流政策。张广泗是带领军队深入苗、侗等族居住的一些村寨，设置了厅，由同知负责处理的民。广西是壮族聚集区，在的一百位土官中，泗城土知府岑映宸最霸，所，清政府是强制的手段让岑映宸了敕印，他迁往浙江进行安置。思明州的土知府黄观珠，由无力控制辖区内各寨的头人，便主动向清政府请求，将洞郎等五十寨改流官管理。柳州、思恩、庆远等的土官迫土民求改土归流的压力，向清政府了武器。，广西境内的部分土司完了改土归流。在形势压力，与云南、贵州、广西接壤的湖南、湖北、四川等省的土司，纷纷请求世袭领与土司印信，归政中央政府。，雍正九年（1731年），西南区的土官部分被改置中央政府的流官，改土归流的任务基本完了。清朝政府在些区设置府县的同，又增设了军机构，并且清查户口，丈量土，征收赋税。
，在改土归流，仍有一部分原的层土司不甘己职权的丧失，梦有朝一日仍恢复土司制度。是他一些清军在新设府县的区，军纪不严，的百姓任意抢掠，有的新赴任的流官在治理方面又缺乏经验，不擅管理，甚至有的官员利职权进行贪赃勒索，便复辟的机已，始制造叛乱。是在雍正十三年（1735年）的春，居住在贵州古州、台拱区的苗民层人士煽动的老百姓动叛乱。雍正皇帝虽派军队前镇压，但却有够平息。一直乾隆元年（1736年）乾隆皇帝继位，任命张广泗七省经略，才最终将场叛乱平定。清政府从中吸取了教训，了巩固已经改土归流区的统治，令取消新区的赋税，并按照的习俗审理民诉讼，取了较的效果。
雍正年间的改土归流虽是在西南少数民族的部分区实行，但毕竟加强了中央政府边疆的统治，减轻了少数民族人民的负担与灾难，顺应了代展的求，在一定程度了有利边境少数民族区社经济展的积极。