清初的东北区，指南山海关外，北越外兴安岭，东海并包括库页岛在内的广区，是满洲兴的故。
顺治元年（1644年），顺治皇帝决定城由盛京迁往北京。临行前，他让正黄旗内臣何洛担任留守盛京总管，统领八旗兵镇守即将空旷的盛京等处。二年，又确定了盛京的陪位。
顺治三年（1646年），盛京内臣改昂邦章京（满语，总管的意思），由叶克书充任。顺治七年（1650年）冬，俄国派遣哥萨克（流散的各族人）兵侵入黑龙江流域，攻占了黑龙江北达斡尔人的城堡雅克萨，此据点扩侵略。两年，俄国雅库次克官员公向清朝提侵占黑龙江土的无理求。，清军主力集中在江南战，是连年分兵北进行抗击，并且在处方不断击败哥萨克侵略军。顺治十年（1653年），又任命沙尔虎达昂邦章京，镇守宁古塔方，加强黑龙江乌苏江流域的统治。宁古塔（今宁安）位牡丹江游，是一军重镇，清政府前曾在此设立驻防章京。，在东北区就有了两昂邦章京驻防。顺治十一年（1654年），清军收复了雅克萨城。了顺治十七年（1660年），清军基本肃清了入侵的俄国哥萨克军。
康熙元年（1662年），改镇守盛京昂邦章京镇守辽东等处将军，改镇守宁古塔昂邦章京镇守宁古塔等处方将军。又将黑龙江中游北的索伦、达斡尔人南迁嫩江滨，将黑龙江、乌苏江松花江游的一些居民，迁移牡丹江松花江游，求安全。俄国侵略军向贝加尔湖东兵，侵占了蒙古茂明安部的牧尼布楚，并在康熙四年（1665年）又一次侵占了雅克萨城，继续侵犯黑龙江流域。同年，清政府又改辽东将军镇守奉等处将军，副统达首位奉将军。
康熙帝亲政，即面临着抗击俄国侵略，收复雅克萨城的任务。康熙十年（1671年），他在东巡盛京祭祖，召见宁古塔将军巴海，让他俄国特别加防范。随，康熙皇帝令将边居住的各族人民进行军编组，加强边防。康熙十五年（1676年），宁古塔将军移驻吉林乌拉，在宁古塔设副统。
康熙二十年（1681年），清政府平定“三藩”的战争基本结束，使康熙皇帝有精力将巩固统治的重点移向北方。二年，康熙皇帝亲吉林的松花江，考察形势。又派人前侦察被俄国侵占的雅克萨城防形水陆通，做收复一区的准备工。康熙二十二年（1683年），康熙皇帝分原宁古塔将军西北辖，增设镇守黑龙江等处将军，由原宁古塔副统萨布素担任首位将军，率兵在爱珲驻防，统辖松花江左岸北直外兴安岭的广区，松花江右岸区仍归宁古塔将军管辖。，东北区便由黑龙江、宁古塔、奉三名将军分兵驻防，掌管各辖区内的军民务。另外，了保证军需供应的畅通，清政府又在瑷珲与吉林间一千三百四十的路，设立了十九驿站。派官员吉林督造战舰，修治盛京与辽河、松花江、黑龙江的水运输，便向瑷珲运送粮草军械。
康熙二十四年（1685年）的春，康熙帝见边防已逐渐稳固，决计兵反击俄国侵略者，收复雅克萨城。是他任命彭春统帅，分水陆两路进攻雅克萨。清军战舰封锁住江面，使炮攻城。城中俄军不敌，首领托尔布津城乞降，誓不再雅克萨侵扰。康熙帝令释放俄军俘虏六百人回国。随，清军焚毁雅克萨城堡，撤回瑷珲整休。俄军撤离，盘踞在尼布楚的俄国统领伊万，又派遣托尔布津率兵返回雅克萨，筑城设防。
康熙二十五年（1686年）初，清军在萨布素、郎谈的率领，再次围攻雅克萨，守城俄军无法抵挡。在形势，俄国沙皇派使臣北京，求解雅克萨围，进行边界谈判。是，清军主动撤离雅克萨，中俄双方始谈判前的准备。
康熙二十八年七月八日（1689年8月22日），中俄两国在尼布楚正式始谈判。两国使团经十六的谈判涉，在清政府重让步的情况，正式签署了《中俄尼布楚条约》，确定了中俄两国东段边界的走向：额尔古纳河、石勒喀河、格尔必齐河及外兴安岭界，黑龙江江北，外兴安岭南乌苏江东，包括库页岛在内的广区，归清朝所有。乌苏河南、外兴安岭北待议区（因清朝有平定外蒙古，所中段的界线无法划定）。俄国由此合法占有了贝加尔湖东至尼布楚一带的原中国领土。
康熙二十九年（1690年），黑龙江将军驻从瑷珲移墨尔根（今嫩江），康熙三十八年（1699年）又移至卜奎（今齐齐哈尔）。
康熙五十一年（1712年），清政府又与朝鲜划定了边界，规定盛京与朝鲜间，鸭绿江、图门江界，并在长白山池南分水岭树立石碑，标记。
雍正五年（1727年），清朝与俄国签订《中俄布连斯奇界约》《恰克图条约》，划定了外蒙古与俄国西伯利亚间的边界：东额尔古纳河及其支流拉哩河（今海拉尔河）相处的阿巴该图，经恰克图（今俄罗斯境内的恰克图及蒙古境内的阿尔丹布拉克），西至唐努乌梁海沙宾达巴哈（一沙必乃达巴汉，今俄罗斯西萨彦岭）。
乾隆二十二年（1757年），镇守宁古塔等处将军改称镇守吉林乌拉等处方将军，简称吉林将军。
光年间，俄国单方面破坏了《中俄尼布楚条约》，悍兵，将两国边界最东段乌河南一块待议区占己有。了咸丰八年（1858年）二次鸦片战争期间，俄国又趁机胁迫的黑龙江将军奕山签订《中俄瑷珲条约》，强行黑龙江松花江左岸的片中国领土割，仅规定瑷珲（今黑龙江黑河市）岸精奇江南的“江东六十四屯”仍由原住中国人永远居住，归清政府管理，乌苏江东至海，则划中俄共管的区。一不平等的条约，清政府虽拒绝批准，但是在两年的《中俄北京条约》中，却不不被迫承认。《中俄北京条约》进一步将乌苏及松阿察二河越兴凯湖图江口一线东原中国领土划归俄国。二年勘定边界，绘图立碑。光绪十二年（1886年）重勘，增立、改立了处界碑，清政府又了不少退让。
光绪二十六年（公元1900年）八国联军侵华，俄国占领东北，烧杀手段驱赶中国居民，强占了江东六十四屯。
此外，鞑靼海峡东岸的库页岛本是吉林三姓副统辖境，但清朝接受其“纳贡”，从不加经营，致在俄国日本侵入该岛一无所知。光三十年（1850年）俄国进宣布库页岛是它的领土。了中俄两国订立《中俄北京条约》，清政府竟置此岛不顾，实际等承认了俄国该岛的占领。光绪元年（1875年），库页岛完全归入俄国手中。光绪三十一年（1905年）日俄战争，俄国北纬50°南的该岛区划归了日本。
由日俄战争，东北区的情况变日益复杂，光绪三十三年（1907年）四月二十日，清政府便将原的奉、吉林、黑龙江三将军的统辖区，改立奉、吉林、黑龙江三行省，俗称东三省，各设巡抚，又设东三省总督统辖。总督奉巡抚驻奉府（今辽宁沈阳），吉林巡抚驻吉林府（今吉林省吉林市），黑龙江驻龙江府（今黑龙江齐齐哈尔）。三省的各辖区由内蒙古哲木盟一些牧的的划入，生了一些变化。