（1）西藏办臣及其辖区
清朝取代明朝，西藏区的治理更加严密，使中央政府在西藏区行使主权管辖的施政进一步制度化、法律化。清朝初期，顺治皇帝几次邀请达赖五世进京。顺治九年（1652年），达赖北京觐见，受了顺治皇帝的隆重款待，考虑达赖在京期间的居住问题，顺治特意让人修建了一座规模宏的黄寺；二年，顺治皇帝颁赐金册、金印，册封达赖“西善在佛所领释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，从此正式确定了达赖喇嘛的封号及其在西藏的政教位。康熙五十二年（1713年），康熙皇帝又册封驻在日喀则的五世班禅罗桑益西“班禅额尔德尼”，正式确定了班禅喇嘛的名号。至此，西藏政教合一的统治体制了清朝的正式承认，同，确立了清朝在西藏的统治位。
早在明朝末年，蒙古顾实汗的力量就已进入了西藏，因此在五世达赖喇嘛世，西藏便处顾实汗的孙子拉藏汗与摄政巴（行政官）桑结嘉措的联合执政期。在此期间，围绕真假六世达赖喇嘛（即巴所立仓央嘉措拉藏汗所立意希嘉措）争，西藏统治集团内部现了严重的分歧，使西藏政局动荡不安。康熙四十四年（1705年），桑吉本将拉藏汗毒死，并将蒙古在西藏的势力赶走，不情败露，反被拉藏汗打败杀死。了康熙五十六年（1717年），桑吉的属与新疆的准噶尔部勾结，杀死拉藏汗，使西藏陷入一片混乱中。康熙皇帝了维护祖国的统一，安定西藏的局势，命令皇十四子胤禵抚远将军，坐镇西宁，调拨军从云南、四川、青海三路入藏。康熙五十九年（1720年），清军将准噶尔兵逐了西藏。在清军胜利进藏的同，清政府将驻西宁塔尔寺的噶桑嘉措正式册封六世达赖喇嘛，，康熙皇帝让统延信率兵从青海的西宁护送六世达赖入藏“坐床”，封拉藏汗的部属康济鼐贝勒，负责前藏政务，颇罗鼐台吉，管理藏宜。
雍正四年（1726年），清政府划分西藏四川、云南的界，将昌、洛隆宗、桑昂曲宗等划给西藏，将中甸、阿墩子（德钦）、维西划归云南，巴塘、塘、康定、德格等仍属四川。四川、云南、西藏三方随又派官员勘了界，在金沙江西的宁静山山头竖立了界碑，确定了云南、四川藏区与西藏的理分界。
雍正五年（1727年），西藏生叛乱，康济鼐被叛军所杀。在叛军被平定，清政府封颇罗鼐郡王，负责全藏政务。清朝从一年始，设立驻藏臣办衙门，派遣驻藏臣、帮办臣各一名，前者驻拉萨，者驻日喀则，代表中央政府监督西藏方行政。
颇罗鼐死，他的儿子珠尔默特那木札勒继承郡王爵位，随动叛乱，割据西藏，但被达赖西藏方政府平定。有了次的教训，清政府决定改革原有的西藏行政体制，在乾隆十五年（1750年），废除了郡王、贝勒掌权的制度，规定了由驻藏臣（直接管辖藏北三十九族达木蒙古区）与达赖共同裁处西藏务的体制。设“噶厦”西藏的方政府，由四位平等的噶布伦组，在驻藏臣与达赖的领导，分别管理西藏的卫（前藏）、藏（藏）、喀木（康）、阿等四区的政务。此外，清政府派遣军队长期驻扎在西藏，加强西藏的统治。
六世班禅死，他的哥哥仲巴胡图克图与弟弟舍玛尔巴间因分财产不均生矛盾，舍玛尔巴勾结尼泊尔的廓尔喀入侵西藏。乾隆皇帝再一次派兵入藏，赶走了侵扰西藏的廓尔喀军。了巩固西藏的统治，清政府在乾隆五十八年（1793年）颁布了《钦定藏内善章程》二十九条，明确规定驻藏臣的位与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等，达赖与班禅及其他活佛转世，在驻藏臣的监督通“金瓶掣签”（将最的几位候选人名字放在一金瓶中抽签决定）确定，此外就边界军防务、外涉、财政税收及寺院的供养管理等了规定。是清朝中央政府全面加强西藏方统治的重措施。从此，驻藏臣的政治权力更加巩固，达赖喇嘛班禅额尔德尼平等的宗教位政治位进一步确立。此一百年，一章程所确定的基本原则一直是西藏方行政体制法规的蓝本。
光二十年（1840年），与西藏阿西部接壤的克什米尔侵入阿区内的拉达克，占领了一方。光二十六年（1846年），英国将克什米尔吞并，拉达克随即被并入了英属克什米尔。
光绪十六年（1890年），清政府被迫与英国签订《藏印条约》，划定西藏与哲孟雄（锡金）的边界，西藏春丕南等被划归哲孟雄，并规定哲孟雄归英国保护。
（2）青海办臣及其辖区
清朝初年，漠西厄鲁特蒙古的硕特部，在准噶尔部的逼迫，由新疆迁了青海北部。随，硕特部即接受了清政府的封号。康熙年间，清政府平定噶尔丹叛乱，噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦趁机兼并了青海的硕特部，并鼓动硕特部亲王罗卜藏丹津在雍正元年（1723年）举兵反清，动叛乱。
雍正元年十月，叛军首先在西宁府周围的一些方动进攻。与此同，西宁附近喇嘛寺院的僧人，在罗卜藏丹津煽惑，亦叛乱。
针叛乱的形势，清政府立即命令川陕总督年羹尧抚远将军，征调四川陕西的军兵，进驻西宁；同，又命四川提督岳钟琪奋威将军，襄赞军务。清军防止叛军内犯入藏，在处部署了兵力。，清军分路进攻西宁周边各处叛军，罗卜藏丹津被迫率军西逃，叛乱很快就被平定了。
罗卜藏丹津叛乱被平定，清政府采取年羹尧的建议，实行了一系列善措施。先是在雍正三年（1725年）青海区的行政建置实行了改革：改西宁卫西宁府，设两县（西宁县、碾伯县）、一卫（通卫），命令副统达鼐首任“办理青海蒙古番子务臣”（简称青海办臣，又称西宁办臣），管理青海蒙古各旗藏族部落政务。在雍正六年（1728年），仿内蒙古札萨克制，将青海北部的蒙古部族，编五部二十九旗，即硕特部（西前旗、北前旗、东旗、南右中旗等二十一旗）、土尔扈特部（土南前旗、土南旗、土西旗及土南中旗等四旗）、绰罗斯部（绰北中旗、绰南右头旗二旗）、辉特部辉特南旗喀尔喀部喀尔喀南右旗。又在青海南部设立玉树等四十土司。从此，青海区完全置中央政府的直接统治。