清政府在雍正十一年（1733年）设立定边左副将军（即乌雅苏台将军），统辖漠北喀尔喀蒙古四部及科布（今吉尔格朗图）、唐努乌梁海方，驻乌雅苏台（今扎布哈朗特），通称外蒙古。
在蒙古族游牧区，清政府采取随俗治的方法，仿照满族的八旗制度并加改造，实行盟旗制度。旗的长官称札萨克，掌管一旗内的军政与民政等务。数旗合在一，组一盟。盟的长官称盟长，设正副二人，负责主持各旗的盟务，并且代表皇帝监督各旗。
喀尔喀四部北路土谢图汗部二十旗、东路车臣汗部二十三旗、西路扎萨克图汗部十九旗及中路三音诺颜部二十四旗；科布设置参赞臣，管厄鲁特、乌梁海十七旗；唐努乌梁海在喀尔喀蒙古西北部，分五旗（库苏古尔乌梁海旗、托锦乌梁海旗、萨拉吉克乌梁海旗、唐努乌梁海旗克穆齐克乌梁海旗）四十六佐领，分别隶属乌雅苏台将军、扎萨克图汗部及三音诺颜部。
在二次鸦片战争的同治三年（1864年），俄国通与清政府签订的《中俄勘分西北界约记》，割了唐努乌梁海西北十佐领及科布所属阿尔泰淖尔乌梁海二旗。在同治八年（1869年）签订的《科布界约》《乌雅苏台界约》两界约，进一步完善了俄国些区的侵占。光绪九年（1883年）又勘改科布边界，按《中俄北京条约》划定了两国边界。
光绪三十二年（1906年），清政府设阿尔泰办臣，驻承化寺，分管科布西南部阿尔泰乌梁海、新土尔扈特、新硕特三部区。
1911年，唐努乌梁海中部二十七佐领俄国强占，东部九佐领宣布“独立”的喀尔喀封建领主占领。