我在前面已经提，在元朝就曾设置澎湖巡检司，负责台湾与澎湖列岛一带的海防与治安。但是了明朝初年，由海倭寇的猖獗，明政府撤销了澎湖巡检司一机构，并将澎湖列岛的居民撤往陆。明朝政府的一做法，不但有遏制倭寇的目的，反让澎湖列岛逐渐了倭寇的据点。
在明朝，台湾岛与陆的联系已经十分密切，有不少陆人渡海台湾岛居住。明朝虽有在岛设立行政机构，但明军在追剿“海寇”曾次进入台湾，并台湾及其附近海面列军防御区域。启二年（1622年），荷兰人二次被明朝军队从澎湖驱逐，便转向台湾，侵占了台南一带。启六年（1626年），西班牙人步荷兰人的尘，占据了台北一带。明朝末年，荷兰人趁在台湾中部的北港一带建有政权的郑芝龙（郑功父）将活动从台湾转向陆机，独占了台湾岛。
清顺治十八年（1661年），郑功因在陆抗清不利，决定改台湾基，因此他从厦门兵，前攻打台湾。二年初，荷兰侵略者投降，退了台湾岛。随，郑功他的儿子郑经在台湾澎湖设立了三安抚司属的府、州，建立了奉南明永历正朔的郑氏政权。
在清初的朝廷官员中，台湾郑氏政权一直存在着安抚与剿平的两主张，并且前一主张占主导位。了康熙初年，随着平定“三藩”（指平西王吴三桂，平南王尚喜及其子信，靖南王耿仲明及其子继茂、孙精忠）战争的节节胜利，康熙台湾郑氏政权的宽态度生了很的变化。
康熙二十年（1681年），郑经在台湾病故，郑氏集团内部了争夺权位，引了一场内讧。不久，清军正将“三藩”全部平定。两件情促使康熙决定派兵夺取台湾。康熙二十二年（1683年），清朝军队在施琅的率领攻占台湾，郑功孙郑克塽投降。
郑氏政权投降，何处置台湾的问题，又现了两不同的意见。一意见认，台湾孤悬海外，清政府说不免显鞭长莫及，果派兵前镇守，造钱粮方面的不少浪费，不索放弃台湾岛，岛的居民迁回陆。甚至有人荒唐提，台湾转让给荷兰。另一意见则是施琅等人代表，他坚决反弃守台湾，认台湾虽是一座孤岛，但是它的战略位十分重，关系福建、广东、江苏及浙江四省的安危。果放弃台湾，必将酿害。因此，有守住台湾，才永固边防。康熙认施琅等人的意见很有理，是采纳了他的建议，决定设置驻守，台湾重新纳入中央政府的统管。康熙二十三年（1684年），清朝在台湾岛设府，治所设在今台南市，隶属福建省。从此，长期由人民治的台湾岛，现了陆政权设置的正式行政区划。
19世纪中叶，日本向外侵略的扩张野日益显露，始将手臂伸向台湾。日本说，实现侵占台湾，一步则需先将台湾岛北的琉球吞并。是在同治十一年（1872年），日本便迫使早与中国有宗属关系的琉球国王接受“藩王”的封号。在接的一年，日本利同治十年（1871年）琉球船民几十人因船失漂流台湾琅硚方遇难一，派官员北京，向清政府总理衙门提涉。同治十三年（1874年），日本在长崎设立了侵台的军基，决定向台湾进兵，二年，日本动陆、海军三千人，悍动了台湾的进攻，从琅硚登了台湾岛。高山族人民面日本侵略军，进行了英勇的抗击，先打死打伤日军五六百人，迫使日军退踞龟山。
清政府在知日军侵台的消息，一面向日本政府提严正抗议，一面派遣福建船政臣沈葆桢钦差臣，带领轮船、兵弁，巡阅名前往台湾察，并命福建布政使潘霨帮同办理。日军在高山族人民的抗击，伤亡已经不，现在清军的增援部队又台湾，知武力霸占台湾已很难实现。是，日本改变了策略，转进行外讹诈。在英、驻华公使的帮助，日本终迫使清政府订立了中日《台专约》（又称《北京专约》）三款，规定中国向日本赔款五十万两，日本从台湾撤军的条件；承认台湾高山族人民“曾将日本国属民等妄加害”，日军侵台是“保民义举”。日本此依据，硬说中国已承认琉球日本的属国，在光绪五年（1879年）正式吞并琉球，废除其国王，将琉球改冲绳县。
光绪十一年（1885年），加强台湾的控制，清政府又分福建台湾府建立台湾省，随分建台湾、台北、台南三府，台东一直隶州，三厅，十一县。台湾巡抚驻台北府。光绪二十一年（1895年），清政府在甲午战争失败，被迫与日本签订了不平等的《马关条约》，台湾省被割让给了日本，沦了日本的殖民。直1945年二次世界战结束，台湾才被归给中国。