东林党魁钱谦益南明重臣身份举城投降，曾告知清军统帅豫亲王铎：“吴民风柔弱，飞檄定，毋须再烦兵锋举。”意思是江南民众不激烈抵挡清军。
实钱谦益所言，清军占领南京，派使者招抚江南各，南直隶各府县纳土投降，各乡绅在城墙书“顺民”二字，清军由此顺利控制了江南。清廷局已定，令铎等回师北京。偏偏在候，摄政王尔衮了一态度强硬的“剃令”，令所有汉人必须剃：“文武军民一律剃满族式，不从者治军法。”
“剃令”达，处处见清军兵勇带着剃头匠，挑着担子巡行在城镇乡村，担子挂着“留头不留，留不留头”的粉牌，见人便捉，再强行剃，留金钱鼠尾辫。
中国族宗法根本，因“身体肤，受父母，不敢毁伤，孝始”，“衣冠束”是汉人的外在标志，延续了几千年。剃令一，触及了汉人士民的底线，“中原民，无不人人思挺螳臂，拒蛙斗”，风云涌的抗争就此，原本已经降服的区纷反抗，江南顿陷入血雨腥风中。
清江知县方亨任，一件便是令书吏书写告示，令百姓剃。书吏写“留头不留，留不留头”一句，义愤填膺，将笔扔，：“就死罢！”场辞官离。消息很快传遍全城，人群情激愤，均不肯剃头。
方亨恐慌，忙派人报常州府，请求派兵，“杀树威”。信使城被民众截获，江百姓遂组织，将方亨逮捕，推原任典史阎应元首，“明中兴”旗号，正式反清。
阎应元入城，盘点了全城户口人数，挑选年轻力壮的男子组民兵，分派四门守城。
清军很快消息，统帅铎根本有将江城放在眼中，派三百人马前镇压，结果三百人被阎应元率领的军民尽数全歼。
铎愤怒，再派明降将刘良佐进攻江。刘良佐原江北四镇一，曾被弘光皇帝封广昌伯，清军南不战降。他麾有数万军队，尽是南明精锐，包围江县城，却是屡攻不利。刘良佐亲城劝降，阎应元掷有声：“有降将军，无降典史！”
铎见刘良佐久攻江不，又派恭顺王孔有德“率所部兵协攻”，接着又派贝勒博洛贝勒尼堪带领满洲兵携带红衣炮助攻。阎应元率领军民在极度不利的状况扼守危城，坚持了八十，终被清军红衣炮轰塌城东北角，城墙崩塌，城池由此破。阎应元负伤投湖杀，被清军及从水中拖，因不肯投降遇害。
清军报复目的，肆屠城，两日才“榜安民”，此，江城中百姓仅剩“五十三人”，将近七万军民死清军的血腥屠杀中。在江南各望风披靡，阎应元微末吏的身份，凭借江百姓的支持，临危不惧，力战强敌近三月久，实在是南明史光彩夺目的一页。人有联赞扬江百姓的英勇牺牲精神：“八十日戴效忠，表太祖十七朝人物；六万人同死义，存明三百江山。”
在江百姓抗清同，嘉定因抗拒剃兵。乡绅侯峒曾带领儿子侯玄演、侯玄洁，联合进士黄淳耀及其弟黄渊耀号召民众反清复明，城树立白旗，写着“嘉定恢剿义师”。
清吴淞总兵李栋闻讯率五千精兵攻。李栋原是明将高杰部将，投降清军，其人骁勇善战，部属精锐。侯峒曾等人率领的是临组织的农民，人数虽众，却有战经验，稍一锋，便被击溃。李栋又红衣炮轰城，很快就攻破嘉定，侯峒曾等人尽数遇害。
李栋因亲弟死攻城中，野蛮报复，令屠城。清军“至户，街僻巷，无不穷搜，乱草丛棘，必长枪乱搅”，连一草一木不放。亲历者朱子素有《嘉定屠城略》记录其：“市民中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨狼藉。”
屠杀持续了整整一，有三万人遇害。，支拖着辫子的汉人军队，带着抢掠的约三百船财物，志意满离了嘉定。
嘉定的劫难有结束。李栋撤退，幸存者始陆续回城中。诸人见此惨状，愈加仇恨清廷，遂在一名名叫朱瑛的义士领导，重新集结了两千人，杀死了清廷委派的官吏。新县令浦嶂侥幸逃，奔向李栋求助，又引清兵杀回嘉定，见人就杀，再放火焚尸，嘉定又惨遭“二屠”。
二十，南明将军吴番率部攻入嘉定，击溃了城中的清兵。不久，李栋整军反扑，三次破城，不仅将吴番及其部属砍杀殆尽，顺带屠杀了刚入嘉定避乱的两万民众。嘉定再度血流河，是历史著名的“嘉定三屠”。
尽管江、嘉定等的抗清均惨败告终，但一系列的抗清运动少牵制了清军的进军，从给南明其他抵抗力量的组建赢了间，尽管不一定是明朝的转机，但至少人怀抱了期望。