“剃头令”在江南激滚滚洪流，尔衮有所畏惧，急派明降臣洪承畴取代铎，形式是汉人统管江南，力图此抚慰江南。
洪承畴招抚江南士身份抵达南京，有人将黄周所联书写在城外清凉山乌龙潭边：“史册流芳，虽未灭奴犹法；洪恩浩荡，未报国反仇。”联中镶嵌了史法、洪承畴二人的名字，“仇”即“承畴”谐音，谓巧妙极。
洪承畴明重臣身份降清，又指引清军入关，实满清问鼎中原立有不世功，汉人均斥其无耻变节，就连洪母及亲弟洪承畯面责他不忠。乌龙潭的联，不是千万羞辱中极微不足的一条罢了。副联的者黄周，死在了洪承畴手。
将史法“清一功”洪承畴的比照，表明史法在世人中的分量，即使在史氏死数年，其声望依不减，在民间有巨的号召力。顺治五年（1648年），宣城人朱国材称史法未死，史法名义号召民众反清复明，巢县生员祖谦培、无州生员沈士简等十余人听说，均“头巾蓝衫”，前往谒见。
清廷闻知，亦紧张，立即派人逮捕了史法眷。有明降将是扬州战前锋，其人佩服史法忠义，遂主动面，称是他亲手杀死了史法，又称果朝廷因有人冒充史法反清逮捕史氏眷，反给了冒名顶替者口实。清廷觉有理，才释放了史母等人。朱国材亦兵失败，被无情镇压。
血躯奋反抗的不独有普通民众，一些士人亦反清复明积极奔走，其中，最有名的数复社巨子陈子龙。清军进占南京不久，陈子龙即与友夏允彝在故乡，并联合了夏允彝门生江南副总兵、威虏伯吴志葵。义军进攻苏州失败，吴志葵不听陈子龙劝阻，将二万水师移营黄浦江，因水狭隘，船队被迫拉长，导致首尾不相顾，仅支撑两月，便被清军击败，松江随即陷落。夏允彝赋绝命词，投河尽。陈子龙因中尚有祖母，混乱中逃。
，陈子龙写混乱中逃一诗：“行吟坐啸独悲秋，海雾江云引暮愁。不信有常似醉，最怜无埋忧。荒荒葵井新鬼，寂寂瓜田识故侯。见说五湖供饮马，沧浪何处着渔舟？”英雄末路的落寞，忧国伤的悲伤，表现淋漓尽致。
但陈子龙仍是江南一带抵抗力量中最有名的人物，不但清军动批人力追捕他，就连远在东南的隆武政权、鲁王监国亦闻其名，隆武授陈子龙兵部左侍郎、左御史，鲁王则授陈子龙兵部尚书，节制七省漕务。
陈子龙祖母世，他再度冒险返回故乡，重新投入复兴明朝的业中。彼清松江提督吴胜兆，其人辽东人，与清江宁巡抚 土国宝及总督军务招抚江南经略使洪承畴均有矛盾。吴胜兆幕僚戴俊与陈子龙是旧识，受陈子龙激，暗中策动吴胜兆反正。情进展很顺利，吴胜兆同意反清复明，在松江动义，鲁王监国准备派水师北伐，策应松江。
清松江同知杨易是著名东林党人杨涟子，本预闻其，但在前两，忽派人南京向洪承畴告密。洪承畴立杀吴胜兆眷，吴胜兆知消息，杀死了杨易等松江官员。由洪承畴已做了应变准备，吴胜兆很快失败，谋者均被逮捕处死。
洪承畴知江南民不服，“谋乘此尽除三吴知名士”，肆牵连，陈子龙更是首其冲，清江宁将军巴山、操江御史陈锦亲带兵追捕。陈子龙辗转逃亡，终昆山被捕。清兵将他押巴山、陈锦面前，陈子龙此留着长，陈锦问：“何不剃？”陈子龙：“吾唯留此，见先帝。”
清兵随即将陈子龙押送南京。途经松江跨塘桥，陈子龙乘守者不备，纵身投河，清兵将其捞，其人已经溺身死。清兵遂割了陈子龙首级，再抛尸河中。次日，陈子龙门生王沄、轿夫吴酉等在毛竹港找陈氏遗体，具棺安葬陈氏坟。
陈子龙曾与名妓柳是相恋，二人相爱及分手，柳是又嫁东林党魁钱谦益故，是彼最热门的话题。陈子龙举兵反清，钱谦益已不顾柳是阻拦，坚持投降了满清。人有诗云：“钱公处襟，山斗才名闻。国破从新朝北阙，官高依旧老东林。”钱泳《履园丛话》评论：“虞山钱受翁，才名满，所欠唯一死，遂至骂名千载。”
历史习惯德尺度丈量，似乎钱谦益必须尽殉难才是利国利民。死亡是有的不再存在，人死其实十分简单，复杂的是什死。钱谦益言，“死易，难”，他亦行动证明了一点。
顺治四年（1647年），义士黄毓祺组织船千艘，兵舟山海，谋复常州。钱谦益、柳是冒着生命危险，至海犒师。适逢飓风，战船被摧毁，黄毓祺亦险些溺死，遂不。钱谦益有《秋兴》记录此：“闺阁悬海字旗，每方寻系欢悲。乍闻南国车攻日，正是西窗局。”
不久，黄毓祺被清军搜获，死南京狱中。清廷查知钱谦益与黄毓祺有联系，令逮捕他。正在病中的柳是“蹶，冒死从行”，跟随丈夫南京。此女十余岁名，便令男子折服，拜倒其石榴裙的风流名士不计其数，此已嫁人妇，气度、手腕依不容觑。柳是全力奔走，耄耋年的钱谦益从狱中昂走了，全身退。
黄毓祺案，钱谦益在苏州拙政园居住了一段间，随即返回乡常熟，表面在黄毓祺绛云楼藏书检校著述，暗中仍与西南东南海反清复明势力联络。
顺治六年（1649年），钱谦益写信给门生永历朝留守桂林士瞿式耜，称中原根本在江南，中兴基业关键，是顺江，夺取江南。江南历财赋重区，人才荟萃，若先行收复江南，根本已固，财赋渐充，则取扭转战局的先机。此，钱谦益静策划了一号称“楸枰三局”的行动计划——
此计划的核，是联络西南永历、东南鲁王监国军队及福建郑功三方，共同兵，主力师长江，一举收复江南。
本是一相高远的战略计划，瞿式耜曾面向永历皇帝称赞钱谦益：“盖谦益身在虏中，未尝须臾不念本朝，规划形势，了指掌，绰有算。”
结果却完全令人失望。除了明将定西侯张名振统率的鲁王监国军队乘海舟三次进入长江，一次进抵镇江、瓜洲，二次进至仪征，三次直逼南京外，西南及福建的抗清主力均未动，西南永历政权两位实权人物孙望与李定国忽内讧，几酿变。福建郑功本是海盗子，虽与钱谦益有师生谊，却极重，守住己的盘，保存实力。他甚至失约西宁王李定国，致使李定国孤军奋战，被清兵击败。
至顺治十五年（1658年），羽翼已的郑功终同意钱谦益的请求，统率水陆军十七万，与浙东张煌言师，举北伐。公不，水师进入长江前，羊山海域遭遇飓风，损失惨重，郑功不不暂退回厦门。
次年，郑功再次率军北伐，师张煌言部，顺利进入长江。一路清兵不堪一击，望风瓦解。在内反清志士的引导帮助，郑功军很快攻破瓜洲，并攻克了长江的重门户镇江及其所属诸县。
六月二十六日，郑功部前锋已至南京。七月十二日，郑功亲率领十余万军，连营八十三处，将南京团团围困。一间，战舰蔽江，声势惊人。
消息传北京，顺治皇帝吓六神无主，打算退位逃回关外，色厉内荏的本暴露无遗。被母亲孝庄太指着鼻子一番痛骂，歇斯底的顺治皇帝一怒拔剑砍碎御座，令御驾亲征。孝庄太急忙派众臣谏阻，顺治皇帝才有再闹。
十分惜的是，郑功围住南京，破城在旦夕，有积极进取，是释戈宴，纵情娱乐，致使战机延误，战拖延了一月久。
困守南京的清两江总督 郎廷佐一面假意向郑功表示投降，暗中却积极备战。七月二十三日，郑军将士张乐歌舞，饮酒卸甲，郑功庆祝生日。郎廷佐趁机派军击，败郑军。郑军溃退，郑功立脚不稳，仓促退长江，返回厦门。
至此，南明败局已定。密切关注局的钱谦益又忆及年“楸枰三局”，有诗：“腐儒未谙楸枰谱，三局深惭厪帝思。”流露无尽的怅惘遗憾 。
郑功败江南，江南士民再一次受满清的荼毒。清廷动人马，在扬州、镇江、苏州、绍兴等肆逮捕曾经拥护支持郑功的人，数千人受了牵连。就是清初历史十分有名的“通海案”。
被逮捕的江南士绅，情节严重的被斩首，清苏松常镇提督马进宝曾次与郑功通信息，被处死。又浙江慈溪儒士魏耕在郑
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