元祐三年（1088）五月间，进御史中丞胡宗愈尚书右丞。宗愈是一不主党派的人物，洛蜀争期，他曾撰进《君子无党论》一篇，意说：“君子指人奸，则人指君子党。陛择中立士，则党祸熄矣。”他建议，太印象很深，所次吕公著病辞，就戆直无党的吕防，公正无的范纯仁相，并胡宗愈尚书右丞，参与执政。从一次改组政府的人选，太党争的厌恶，已经非常明显。
谏议夫王觌正是一专搞朋党的言官，胡宗愈的议论甚是不满，是他就疏论宗愈不执政，言：“胡宗愈御史中丞，论建言，意，与苏轼、孔文仲各亲旧，相比朋。”甚且指元老文彦博是他的台，正是太最憎恶的党同伐异，立刻由宫中内批：“王觌论议不，落职，与外任差遣。”
二日，范纯仁、吕公著、文彦博三人辩太帘前。公著说：“王觌若论列宗愈，便行责降，不协众情。”纯仁说：“朝臣本无党，但善恶邪正各类分已。彦博、公著是累朝旧臣，决不共同罔的。”他又极言庆历党祸的经，并录欧阳修所《朋党论》进。太怒，终不解，宣仁太认谏官必须超，谏官与执政勾结，参与党争，果不堪设，坚持王觌知润州。
从太皇太皇帝便殿召见，苏轼认定朝廷既国士待我，此身已非己有，一念在何报答知遇，中不再有丝毫安危祸福的顾忌，定决，内外臣工联合蒙骗朝廷的几件弊案，揭。元祐三年（1088）九月五日乘迩英进读，《述灾沴论赏罚及修河缴进欧阳修议状札子》。他说：“近四年，水旱灾迭见，阳失，由朝廷赏罚不明，举措不咎。”：
一、年，熙河诸将生擒鬼章，是一件奇功，加官赐金，理所；但是泾原诸将，闭门守，使贼寇掠，入无人境，他一加官赐金，赏罚不公，至此。二、广东妖贼岑探造反，兵围新州，差将官童政往救，他却贼杀平民数千，朝廷派江西提刑傅燮往查，燮畏避权势，归罪新州官吏。但是又言新州官吏却有守城功，乞功相抵，愚弄，有同儿戏。三、蔡州捕盗，吏卒杀平民一五六口，皆是无辜的妇人，却屠割尸体，冒充男子首级请赏，守倅不按，监司不问。等臣僚言，行本路彻查，却说杀男女不辨认。苏轼论曰：“白日杀人，不辨男女，岂有此理！”似此纪纲颓弛，偷惰风，则乱，坐待。
关河，他说，黄河故淤塞，水决向西北行者已久，岂人力筑堤堵塞？现在一水使者王孝先，偏兴工堵塞北京南孙村河，妄求河复故。内工部侍郎、水属官，外至安抚转运使及外监丞，知黄河故高仰，势登屋，水向，堤工必无功，且祸患不测。赶快停工，损失，假使再听任他搞，患不堪设。朝廷又“何苦徇一夫计，逆万人公论，兴必不行役”。苏轼所指“一夫计”四字，面包括许文章。
次回河东流的主意，表面是知枢密院的安焘所奏请，幕却是元老文彦博宰相吕防所同意支持的。苏辙已先往谒左相公吕公著建言：
“河决北，先帝不回，诸公回，是谓先帝。元丰河决，导北流，何不一仍其旧，修其未备即。”
公著说：“我办法。”但是就无文。
苏轼不忍，就直截了了的札子，且语气那锋利。兄弟二人，一知识良报国，临的态度与方法完全不同。虽结果一无法挽回老的决计，但苏辙不招怨，苏轼则因此议，局所痛恶。
，苏辙在论河章奏中，追述此说：“臣兄轼前在经筵，因论河，众人所疾，迹不安，遂求隐遁。”即指此。
苏轼在此札中，连带缴进欧阳修旧《修河议状》两篇，加重他的论据。札尾又“贴黄”言：
臣衰病眼昏，所言机密，又不敢令别人写录，书字不谨，伏望圣慈，特赐宽赦。
苏轼的眼病，始黄州，此愈，至今年十二月主馆职试，目昏更甚，至今未愈。黄州田沙湖中，淋了冷雨，左手肿痛的毛病，现已转慢的麻痹不仁，终不体。
程颐罢，洛党解体，朔派指使言路，一力攻讦苏轼，太知苏轼说话，有不免疏忽夸张，但却本谋国的忠诚，从不听纳间言。朔派愤无所泄，就使别一战略：斫树，先枝叶；杀鹰隼，先除羽翼。所两年，凡是苏轼所引荐的人，黄庭坚、欧阳棐、秦观等，被台谏弹劾，几乎无一幸免。元祐元年八月，苏轼荐举王巩，台谏便论巩本奸邪，离间宗室，因谄苏轼，所获荐。苏轼愤怒，十一月章力辩。他说：“王巩固是奸邪，则司马光生前擢升他宗正寺丞，台谏何不论奏？王巩疏论‘疏远宗室，不称皇叔皇伯’，意在尊君，何名离间？此议原有人并不赞，独司马光深其说，所行有司，台谏官无一人说话。因现在司马光死了，王巩就变了奸邪，就被戴了‘离间宗室’的罪名。至臣与王巩，幼相知，从我，何名‘谄’？总言，台谏攻击的本是我，王巩被我连累已，‘诬罔渐，惧者甚众’。”反驳虽激烈，王巩依被攻京，初除西京通判。元祐二年秋间，西京改调扬州通判，在任不一年，又被攻了。因苏辙荐，除知宿州，便掀绝风波，未莅职。王巩则因与苏氏兄弟故，终元祐世，始终不抬头，蹭蹬不堪。
苏轼特立独行，非但议论不肯苟与人同，做我行我素，绝不迁就别人，所，在朝一向孤立，很少有政治声应气求的朋友。真正他往密熟，互相关顾者，有几门生已，被蔡京蜀党列入党籍碑的，有王巩、黄庭坚、秦观、晁补、张耒、陈师、毕仲游、李仪、廖正一、李昭玘等十人。除了王巩的遭遇，已前述，其余诸人，因苏门，便逃不被“剿治”的命运，有一人在宦途意。
黄庭坚至元祐三年（1088）五月，始除命著郎，便被赵挺攻击体无完肤，诋“操行邪秽，罪恶尤”，降归原职，一度居郎，旋又被攻责降。秦观一秘书省正字的任命，马遭贾易的严劾，狼狈京；毕仲游被列五鬼一，刘安世、孔文仲所攻；晁补、廖正一、李昭玘竟至不安馆职，并吏；张耒“苜蓿甘”，在馆八年，一无进展；李仪在枢密院沉浮吏；陈师不保一方官的职位。他中，有一人够跻身言路，有一人获有的位，尽是冠盖京华，坐冷板凳的广文先生；且因沾了苏门的色彩，稍一活动，便被痛击。虽些人师门的敬爱依旧，老师的遗憾与痛苦，则更甚己遭遇侮辱与损害。
苏轼现实政治的丑恶，几已了绝望的步。他的老朋友，权知封府尹的钱勰（穆父），奏报狱空不实的罪名，被人检举，知越州（今浙江绍兴）。苏轼表示非常羡慕，且劝他千万不回。《送钱穆父守越州》诗曰：
若耶溪水云门寺，贺监荷花空。
我恨今犹在泥滓，劝君莫棹酒船回。
钱勰知越州，右正言刘安世认罪重责轻，𫍢𫍢不已，苏轼与他力争，所两次穆父诗中，一曰：“年齿颊生荆棘，习气因君又一言。”一曰：“息波澜须引，吾侪岂独坐言。”政坛敌的形势一经造，即使效金人三缄其口，方不放松你一步的。
苏轼实在再不堪在泥淖受罪，至十月十七日，他便左臂不仁、两目昏暗的理由，章坚乞一郡。
次，他决将己遭遇的前因果，统统说明白，从他朝，怎与司马光因争役法结怨台谏；范百禄与韩维争议刑名，韩维又怎他牵扯进，称他川党；又将与赵挺结怨的缘由，坦白陈告，所最近草一麻词，了《诗经》一句“民亦劳止”的话，便被赵挺指责比神宗周厉王，举诽谤先帝，其狠毒，甚李定、舒亶；王觌论胡宗愈，又指他与孙觉党，说丁骘是他的亲。他说：“二年中，四遭口语，策草麻，皆谓诽谤。未省榜，先言其失士。至臣所荐士，例加诬蔑。”动辄咎，他已断不见容侪辈了。
苏轼引汉宣帝杀盖宽饶，唐太宗杀刘洎例，说明谗言积毁的怕，请求太皇太体谅他的处境，给他一“不争”。
了陈情乞郡札，即便告了病假，在静候朝廷落。
次病假，拖延竟达一月久，太皇太是三日两头遣使问疾，赐药赐膳，督促苏轼定朝参的日
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