元祐三年（1088）五月间，进御史中丞胡宗愈为尚书右丞。宗愈是一个不主党派的人物，洛蜀交争时期，他曾撰进《君子无党论》一篇，大意说：“君子指小人为奸，则小人指君子为党。陛下能择中立之士而用之，则党祸熄矣。”他这建议，太后印象很深，所以这次吕公著病辞，她就起用戆直无党的吕大防，公正无私的范纯仁为相，并以胡宗愈为尚书右丞，参与执政。从这一次改组政府的人选，看出太后对于党争的厌恶，已经非常明显。
谏议大夫王觌正是一个专搞朋党的言官，对于胡宗愈的议论甚是不满，于是他就疏论宗愈不可执政，言：“胡宗愈自为御史中丞，论事建言，多出私意，与苏轼、孔文仲各以亲旧，相为比朋。”甚且指元老文彦博是他们的后台，这正是太后最憎恶的党同伐异，立刻由宫中内批出来：“王觌论议不当，落职，与外任差遣。”
后二日，范纯仁、吕公著、文彦博三人辩于太后帘前。公著说：“王觌若只为论列宗愈，便行责降，不协众情。”纯仁说：“朝臣本无党，但善恶邪正各以类分而已。彦博、公著都是累朝旧臣，决不会共同罔上的。”他又极言庆历党祸的经过，并录欧阳修所作《朋党论》进上。然而太后之怒，终不可解，宣仁太后认为谏官必须超然，如谏官与执政勾结，参与党争，后果不堪设想，她坚持出王觌知润州。
自从太皇太后和皇帝便殿召见之后，苏轼认定朝廷既以国士待我，此身已非己有，一念只在如何报答知遇，心中不再有丝毫安危祸福的顾忌，下定决心，要把内外臣工联合起来蒙骗朝廷的几件弊案，揭发出来。元祐三年（1088）九月五日乘迩英进读时，上《述灾沴论赏罚及修河事缴进欧阳修议状札子》。他说：“近四年来，水旱天灾迭见，阴阳失和，由于朝廷赏罚不明，举措不当之咎。”如：
一、去年，熙河诸将生擒鬼章，这是一件奇功，加官赐金，理所当然；但是泾原诸将，闭门自守，使贼寇大掠而去，如入无人之境，他们也一样加官赐金，赏罚不公，至于如此。二、广东妖贼岑探造反，兵围新州，差将官童政往救，他却贼杀平民数千，朝廷派江西提刑傅燮往查，燮畏避权势，归罪于新州官吏。但是又言新州官吏却有守城之功，乞以功过相抵，愚弄上下，有同儿戏。三、蔡州捕盗，吏卒杀平民一家五六口，皆是无辜的妇人，却屠割尸体，冒充男子首级请赏，守倅不按，监司不问。等到臣僚上言，行下本路彻查，却说杀时男女不可辨认。苏轼论曰：“白日杀人，不辨男女，岂有此理！”似此纪纲颓弛，偷惰成风，则天下之乱，可坐而待。
关于河事，他说，黄河故道淤塞，水决向西北行者为时已久，岂能以人力筑堤堵塞？现在一个都水使者王孝先，偏要兴工堵塞北京南开孙村河，妄求河复故道。内自工部侍郎、都水属官，外至安抚转运使及外监丞，大家知道黄河故道高仰，势如登屋，水性向下，堤工必然无功，而且祸患不测。如能赶快停工，损失还小，假使再听任他搞下去，后患不堪设想。朝廷又“何苦徇一夫之私计，逆万人之公论，以兴必不可行之役”。苏轼所指“一夫私计”这四个字，里面包括许多文章。
这次回河东流的主意，表面上是知枢密院的安焘所奏请，幕后却是元老文彦博和宰相吕大防所同意支持的。苏辙已先往谒左相公吕公著建言：
“河决而北，先帝不能回，而诸公回之，是自谓过先帝也。元丰河决，导之北流，何不一仍其旧，修其未备即可。”
公著说：“我们来想办法。”但是后来就无下文。
苏轼性不忍事，就直截了当上了这样的札子，而且语气还那么锋利。兄弟二人，一样以知识良心报国，而临事的态度与方法完全不同。虽然结果一样无法挽回大老的决计，但苏辙不招怨，苏轼则因此议，为当局所痛恶。
后来，苏辙在论河事章奏中，还追述此事说：“臣兄轼前在经筵，因论河事，为众人所疾，迹不自安，遂求隐遁。”即指此事。
苏轼在此札中，还连带缴进欧阳修旧作《修河议状》两篇，以加重他的论据。札尾又“贴黄”言：
臣为衰病眼昏，所言机密，又不敢令别人写录，书字不谨，伏望圣慈，特赐宽赦。
苏轼的眼病，始于黄州，此后时发时愈，至今年十二月主馆职试时，目昏更甚，至今未愈。而黄州看田沙湖道中，淋了冷雨，左手肿痛的毛病，现已转成慢性的麻痹不仁，终不脱体。
自程颐罢去，洛党解体后，朔派指使言路，一力攻讦苏轼，太后知道苏轼说话，有时不免疏忽和夸张，但却本于谋国的忠诚，从不听纳间言。朔派愤无所泄，就使出别一战略：要斫大树，先去枝叶；要杀鹰隼，先除羽翼。所以这两年来，凡是苏轼所引荐的人，如黄庭坚、欧阳棐、秦观等，都被台谏弹劾过，几乎无一幸免。如元祐元年八月，苏轼荐举王巩，台谏便论巩本奸邪，离间宗室，因能谄事苏轼，所以获荐。苏轼大为愤怒，十一月上章力辩。他说：“如王巩固是奸邪，则司马光生前擢升他为宗正寺丞时，台谏何不论奏？王巩疏论‘疏远宗室，不当称皇叔皇伯’，意在尊君，何名离间？此议当时原有多人并不赞成，独司马光深然其说，所以行下有司，台谏官也无一人说话。只因现在司马光死了，王巩就变成了奸邪，就被戴上了‘离间宗室’的罪名。至于臣与王巩，自幼相知，从我为学，何名‘谄事’？总而言之，台谏要攻击的本来是我，王巩被我连累而已，‘诬罔之渐，惧者甚众’。”反驳虽然激烈，而王巩依然被攻出京，初除西京通判。元祐二年秋间，自西京改调扬州通判，在任不到一年，又被攻了下来。后因苏辙之荐，除知宿州，便掀起绝大风波，未能莅职。王巩则因与苏氏兄弟交好之故，终元祐之世，始终不得抬头，蹭蹬不堪。
苏轼特立独行，非但议论不肯苟与人同，做事也我行我素，绝不迁就别人，所以，在朝一向孤立，很少有政治上声应气求的朋友。真正和他往来密熟，互相关顾者，只有几个门生而已，如被蔡京以蜀党列入党籍碑的，只有王巩、黄庭坚、秦观、晁补之、张耒、陈师道、毕仲游、李之仪、廖正一、李昭玘等十人。除了王巩的遭遇，已如前述，其余诸人，只因出自苏门，便逃不过被“剿治”的命运，没有一人在宦途上得意过。
如黄庭坚至元祐三年（1088）五月，始得除命为著作郎，便被赵挺之攻击得体无完肤，诋为“操行邪秽，罪恶尤大”，降归原职，一度为起居郎，旋又被攻责降。秦观得一秘书省正字的任命，马上遭贾易的严劾，狼狈出京；毕仲游被列为五鬼之一，为刘安世、孔文仲所攻；晁补之、廖正一、李昭玘竟至不能安于馆职，并出为吏；张耒“苜蓿自甘”，在馆八年，一无进展；李之仪在枢密院沉浮下吏；陈师道不保一个地方学官的职位。他们之中，没有一人能够跻身言路，也没有一人能获得有为的地位，尽是冠盖京华里，坐冷板凳的广文先生；而且因为沾上了苏门的色彩，稍一活动，便被痛击。虽然这些人对师门的敬爱依旧，而老师心里的遗憾与痛苦，则更甚于自己之遭遇侮辱与损害。
苏轼对于现实政治的丑恶，几已到了绝望的地步。他的老朋友，权知开封府尹的钱勰（穆父），以奏报狱空不实的罪名，被人检举，出知越州（今浙江绍兴）。苏轼表示非常羡慕，而且劝他千万不要回来。作《送钱穆父出守越州》诗曰：
若耶溪水云门寺，贺监荷花空自开。
我恨今犹在泥滓，劝君莫棹酒船回。
钱勰出知越州，右正言刘安世还认为罪重责轻，𫍢𫍢不已，苏轼与他力争，所以后来两次和穆父诗中，一曰：“年来齿颊生荆棘，习气因君又一言。”一曰：“欲息波澜须引去，吾侪岂独坐多言。”政坛上敌对的形势一经造成，即使能效金人三缄其口，对方也不会放松你一步的。
苏轼实在再也不堪在这泥淖里受罪，至十月十七日，他便以左臂不仁、两目昏暗的理由，上章坚乞一郡。
这次，他决心将自己遭遇的前因后果，统统说个明白，从他还朝以来，怎样与司马光因争役法而结怨台谏；范百禄与韩维争议刑名，韩维又怎样把他牵扯进去，称他们为川党；又将与赵挺之结怨的缘由，坦白陈告，所以如最近草一麻词，用了《诗经》上一句“民亦劳止”的话，便被赵挺之指责比神宗为周厉王，举为诽谤先帝，其心狠毒，甚于李定、舒亶；王觌论胡宗愈，又指他与孙觉为党，说丁骘是他的亲家。他说：“二年之中，四遭口语，发策草麻，皆谓之诽谤。未出省榜，先言其失士。以至臣所荐士，例加诬蔑。”动辄得咎，他已断然不见容于侪辈了。
苏轼引用汉宣帝杀盖宽饶，唐太宗杀刘洎为例，说明谗言积毁的可怕，请求太皇太后体谅他的处境，给他一个“不争之地”。
上了这个陈情乞郡札后，即便告了病假，在家静候朝廷发落。
这次病假，拖延竟达一月之久，太皇太后只是三日两头地遣使问疾，赐药赐膳，督促苏轼定个朝参的日