陷入困境的幕府山城国统治
应仁乱结束，控制南山城的西军撤退，畠山政长就任山城守护。前所述，因权力衰退，幕府无法指望从全国获收入，幕府是试图通强化附近的山城国的掠夺达财政重建的目的。
但是，本应该担负幕府统治山城重任的畠山政长，在畠山义就的猛烈攻势疲防守。文明十四年（1482）末文明十五年正月，宇治南的南山城三郡（相乐、缀喜、久世）了畠山义就的势力范围，幕府的影响力完全无法波及。
畠山政长的守护统治已功不全，幕府寻求别的统治山城的办法。文明十三年，足利义政试探赤松政则就任山城守护一。因赤松政则是侍所所司，侍所所司兼任山城守护是古惯例。但赤松政则的回复是：“虽光荣至，但我身担子很重，请原谅。”（《亲元日记》）
不，是意料中的。赤松政则虽是肩负守卫京治安责的侍所所司，却将务全部给重臣浦则宗，己了本营播磨。赤松政则正忙着与邻接的山名政清战，无暇顾及山城的务。
文明十四年十二月，足利义尚与日野富子打算放弃处劣势的畠山政长，转支持畠山义就。足利义政将此方案撤回，父子矛盾再次激化。寻尊感担忧：“京怕是再度爆乱了。”难否认的是，幕府首脑的意见不合，加剧了山城的混乱。
文明十五年正月，足利义政意任命若狭守护武田国信山城守护。国信却拒绝说：“我不任。”接着又命令在京的浦则宗，浦则宗推辞说：“兵力不足，无法驱逐义就一方的势力。”（《乘院寺社杂记》）
既山城守护一职无人接手，就有维持已弱化的畠山政长一条路了。年八月十五日，足利义政许畠山政长征收宇治川南寺社本所领田租一半军费。二十三日，经足利义政申请，土御门皇处罚畠山义就的纶旨，义就被指“朝敌”。（《法兴院记》）
，状况毫无转。文明十六年九月，足利义政解除了畠山政长的山城守护一职，将山城国改御料国（幕府直辖），任命幕府财政负责人、政所执伊势贞宗（伊势贞亲嫡子）代官。足利义政指示贞宗，全力保护寺社本所领。（《乘院寺社杂记》）
是，在两畠山军队峙的战乱状态，几乎有己的军力量的伊势贞宗无法管理山城。最终，停战不实现，山城国的收益就无法获取。
山城国一揆暴动
文明十七年（1485）七月，奉畠山义就命驻守南山城的斋藤彦次郎突反叛，投入政长一方。（《乘院寺社杂记》《法兴院记》）突反叛原因不明，但据川冈勉所指，原因是畠山义就与斋藤彦次郎在南山城管理一存在分歧。
最初，畠山义就是侵入山城国的侵略者，但占领南山城，了取势力的支持，始重视占领行政。畠山义就强调寺社本所领的保护，任命奉行三人。但的政策，依靠庄园的掠夺获取军费的斋藤彦次郎言是无法容忍的。幕府向归降的彦次郎承诺，将畠山义就控制的南山城寺社本所领给他。
畠山政长有错机，转攻势。落的政长一方的筒井顺尊等牢人兵南山城，十月十四日在光明山（位今京府木津川市山城町绮田）一带布阵。斋藤彦次郎从宇治南呼应，始进攻义就一方的城池。
畠山义就一方的古市氏举全军战。寻尊听说不仅主古市澄胤，连隐居的古市胤荣战了，担奈良防卫薄弱，试图劝阻，但古市氏断拒绝，依旧兵。
畠山政长一方，斋藤、筒井、十市等兵力一千五百，畠山义就的重臣誉田正康所率河内军七百，古市郡三百，义就一方处劣势。是，誉田古市向越智求援，越智荣子令战。（《乘院寺社杂记》）
两军在山城国久世、缀喜两郡边境峙。因双方集结了全部兵力，不轻举妄动，峙长久持续，仿佛京的应仁乱一。古市澄胤负责春日社的神工，打算回，但被担战力受损的誉田阻止。寻尊听闻此，愤怒说：“总有一神明惩罚他。”
双方未找决胜战机，无所，坚守不。两军四处设立关卡，实施盘查，京与奈良的通被阻断，两军庄园的侵略在激化（征收民夫、物资）。寻尊记录谣言说“细川政元被任命山城守护”，反映了寻尊的期待吧。让坐拥最军力量、山城有极影响力的细川政元收拾局面，是最现实的选择。
但打破局面的不是细川政元是南山城的国人（方武士）。十二月，他结“国一揆”同盟，求两畠山军撤退。国一揆施加压力，若哪一方不接受求，就其攻击，两军无奈何，撤兵。（《法兴院记》）就是著名的“山城国一揆”。若打比方，概相瑞士的“武装中立”吧。
两军的长期峙，不仅给在南山城有庄园的兴福寺、石清水八幡宫等庄园领主带困扰，给山城国的国人带极麻烦。因两畠山的进驻，他无论答不答应被卷入战争中，并无积极战意。两军的主力是河内、、伊贺等他国的武士，己的领遭他国武士的肆意践踏，山城的国人甚感苦恼。像狛氏、水主氏等连己的居城被夺的山城国人并不罕见。
国一揆打的主政策是：一，禁止两畠山军再次侵略山城；二，归寺社本所领；三，禁止设立新关卡。寻尊的继任者政觉听二条，欣喜万分。（《政觉僧正记》）寻尊基本表示欢迎，但南山城国人结“一揆”，驱逐两畠山“克”的行抱着复杂的情。尊重秩序的寻尊言，并不是够放手支持的结果。
实，国一揆所宣布归寺社本所领，并不是了寺社本所考虑。些山城国人所谓的寺社本所领归，具体说就是不任命众徒、国民等“他国人”庄园代官的意思。（《狛野庄加子方纳账》）
两畠山军进入南山城，他凭武力就任各庄园的代官，“合法”征收田租。国一揆的方针是驱逐些“侵略者”，恢复寺社本所的“直务（直辖）”，但在代，直辖管理是极困难的。虽一度实施直辖管理，但最终部分是任命山城的国人代官。现在山城国一揆的员狛氏，希望任次年，即文明十八年兴福寺属狛野庄的代官，与执着直辖的寻尊的观点产生了冲突。因此，山城国一揆的寺社本所领归政策，与足利义政的寺社本所领返政策一，真实目的是扩己的利益已。
文明十八年二月，山城国人在宇治平等院集，制定“国中掟法”。（《乘院寺社杂记》）此，南山城国人展治。治的机构被叫“总国” 。此，足利义政任命伊势贞陆（伊势贞宗嫡子）山城守护，终归是表明幕府直辖山城国的意思。（《乘院寺社杂记》）
但是，他“总国”有采取强硬的武力镇压策，是实默认了国人的治。目前止，南山城在畠山义就的军占领离了幕府的统治，因此足利义政判断现在义就撤兵是状况的“改善”吧。南山城“总国”员进藤氏是伊势氏的臣，幕府通进藤氏“总国”做工是的。
此外，畠山义就撤南山城契机，年三月，足利义政、义尚二人决定赦免畠山义就。（《乘院寺社杂记》《法兴院记》《长兴宿祢记》）应仁乱爆约二十年，畠山义就终被赦免了。应仁乱的战工此结束。一般往往认乱的幕府走向衰退，但不忽视的是，至少在畿内（山城、、河内、泉、摄津）区，一定程度的政治安定是实现了。
细川政元的法
关山城国一揆，战长间被视“居民的治共国建设运动”，其反权力斗争质了高度评价。但了二十世纪八十年代，有者提细川政元黑幕说，即细川政元暗中指使山城国人，将畠山势力从南山城排除，试图将其置己的控制。
一说法的主根据是，据《狛野庄加子方纳账》，主导国一揆的“国中三十六人众”部分效力细川政元。细川政元是谋，日与日野富子携手，胆包动明应政变（四节详述），因此认细川政元与山城国一揆有关并非有。
，找不细川政元介入山城国一揆的痕迹。或许反驳说，正因他是巧妙的谋，才在史料留痕迹，但底是太不。若细川政元觊觎山城领土，那就应该图谋任山城守护，暗中操纵山城国一揆方法太绕弯子了。
细川氏与山城国人的关系，本就不是细川政元一代建立的。康正三年（1457）九月，
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