日本虽功抗击了元军的入侵，但建立日便内乱不断的幕府又迎了新危机。武士、寺院、神社有哪一方满足幕府所给予他的封赏，北条宗借着战争胜利的契机继续蚕食着幕府的一切权力。北条氏的直系臣御内人了决定政治力量一，使量普通御人愈不满。1284年11月，新执权北条贞的岳父安达泰盛便与御内人代表平赖纲生了武装冲突，最终安达泰盛一门遭铲除。不平赖纲的势力却有长久，很快便在1293年被北条贞本人令灭门。
1318年，皇室中又现了一位31岁壮年登基的醍醐皇，并终在1324年动了武装倒幕行动，但很快即被幕府剿平，醍醐皇被废，幕府另立其子光严皇。不了1332年，醍醐皇的另一位儿子护良亲王一位恶党身的武士首领楠木正在近畿区再次掀倒幕行动。醍醐从流放逃了山的云国，量招募镰仓幕府建立便被排除在核政治圈外的西国武士。1333年4月，清源氏裔足利高氏突在受命讨伐醍醐背叛幕府，另一位幕府军将领新田义贞在5月8日宣布反幕府，并始直接向镰仓进军，半月便攻陷镰仓，迫使执权北条高杀，镰仓幕府的统治划了句号。6月4日，醍醐皇在楠木正的7000人沿路拜诘重返京，足利高氏受皇赐予“尊”字改名足利尊氏，光严皇则被醍醐诏废除。
了此，醍醐皇似乎已经站在了恢复皇权统治的门槛，但武士皇权统治的厌恶却阻止着一目的的达。1335年7月，北条高子北条行重新回镰仓，斩杀了征夷将军护良亲王。足利尊氏借一机进入镰仓，很快便将北条氏击败，他本人则取代北条氏了武士领袖。
年年底，醍醐皇拒绝了足利尊氏重建幕府的求，并命令新田义贞进攻镰仓。但武士，尤其是关东区的武士却并不愿意皇权复辟，因纷纷加入了足利尊氏一方，使者很快便击溃了皇军，并在1335年12月11日攻入京，但却很快又被尊皇派赶了京，不不一路逃了九州，寻求那的源氏裔保护。
不了1336年的5月，足利又重新进入了近畿，并在5月25日的凑川战中击败楠木正。足利尊氏回京，拥立丰仁亲王光明皇。不直年11月，醍醐皇才被迫退位。且者很快便逃亡了奈良附近的吉野，建立了与京朝廷立的南部朝廷。京朝廷吉野朝廷间的战争——就是所谓的日本南北朝战争，一直持续了半世纪才告结束。
战争间被拖此长却并不证明醍醐皇试图建立集公卿与武士一体的政治体系的。武士从不希望恢复皇室统治，一由武士领导的日本才是保证己利益的最选择。1338年，醍醐皇本人世。了1343年，南部朝廷剩吉野附近的一片区及陆奥九州的少量土。在一年，足利尊氏终被北朝封征夷将军，并同年11月在京的室町建立了幕府。
在战争中建立的室町幕府言，足利尊氏的政治体系存在着一致命弱点。与源赖朝将所有武士纳己的臣不同，足利尊氏实是各武士的盟主，久久不熄灭的战火又使将军无法削弱方武士或守护的权力。因此几乎是从建立日，室町幕府各的影响力便远不镰仓幕府，导致日本在整14世纪至16世纪间战乱不断。
更糟糕的是，室町幕府内部生了严重的分裂。在建立初期，虽足利尊氏名征夷将军，但实弟弟足利直义拥有着巨的权力，二者间的冲突甚至导致足利尊氏一度转投南朝获攻击直义的借口，击败直义才回北朝，并最终在1352年2月毒杀了直义。
1358年，足利尊氏因病世了，足利义诠了新的将军，四年任命足利一族的斯波义将执，实就是执权一职的翻版。不一任命却遭了权力逐渐膨胀的守护强烈反，义诠收回命。三代将军足利义满继任，执又变了管领，担任职务的细川赖却是因守护幕府施加压力被流放。管领一职虽依旧存在，但根本有任何权力。
不足利义满却是一位有着巨决的将军。细川赖被流放，义满始了此前仅有源赖朝足利尊氏实行的将军亲政统治。1392年，南北朝终统一，战争的结束使足利义满终着手削弱守护的权力。其手段则是将管领制度一直扩展全国各，在关东、陆奥、九州等分别设置管领，并给予管领制约守护的权力。在此期间，细川赖重新幕府管领。拥有达11国守护头衔的山名氏生内讧，足利义满巧妙施展手腕削弱了山名氏，最终使其领国减少了3。在此，九州、关东等的守护暴乱终逐渐平息了。
1394年，足利义满被朝廷任命太政臣，同年12月将将军职务让给了儿子足利义持，翌年又辞了太政臣，剃度。不他并有退政治舞台，反采取了与法皇相同的装束，凌驾幕府朝廷，甚至在1397年接受了明朝册封的日本国王尊号。他的所所已经离了武士范畴，试图采取另立朝廷，明朝属国主，非武士领袖的身份统治全国。其原因是显易见的，即使了此，幕府本身在法理武进行统治，有跳一模式，足利义满才将公朝廷完全掌握在手中。
1408年足利义满死，足利义持却无力将幕府的直接统治维持。二十年，守护的势力甚至已经扩了足影响将军继承人选的步。随着权力的扩，守护始被称名，即拥有片土的领主。了此，守护已经不再是镰仓代的方军政官员，真正的一方诸侯了，甚至管领己了名。
足利义持死，室町幕府又因断嗣再次爆规模动乱。最终由神社抽签选的新将军足利义教主持关东政务的镰仓公方足利持氏间的战争一直持续了1439年才者杀宣告结束。不久，足利义教又被刺杀，紧接着守护拥立足利冬氏将军，与幕府拥立的足利义胜生战斗。最终足利冬氏族在山名氏、细川氏等名攻打失败杀。在场战争中，将军的权力已经丧失了此的步，至在些战争中，幕府已经无力先将失败者的土收回再封赏给臣，任由胜利一方的名由占领失败者的土。
1464年12月，无嗣的将军足利义政将弟弟足利义寻收做养子，并将其给细川胜元辅佐。但不久，义政的夫人其生了足利义尚，义政取消了原先的命，改立足利义尚继承人。由担实力雄厚的细川从中梗，他又命令另一位名山名宗全保护足利义尚。最终在1467年引了应仁乱，细川氏首的东部名山名氏、内氏首的西部名在京爆了长达11年的混战，双方各拥立足利义寻足利义政，同南北朝的两朝廷一分裂了两幕府。直细川胜元山明宗全双双世，双方才在1474年签订约，统一由足利义尚担任将军。
不了此，各名幕府权力的更迭已不再关了。将军方统治已经有名无实，幕府权力斗争无论何激烈，其实际意义仅限近畿内部。1491年，骏河守护今川氏麾的伊势宗瑞突袭击了伊豆区，迫使的幕府公方足利茶茶丸杀，日本的战国代正式拉了帷幕。各名间始互相攻打，原先由幕府任命的守护名及在暴乱纠纷中立的新兴战国名领内的武士收臣，幕府皇室一被完全架空了。与此同，各被称“一揆”的农民暴动又加重了些混乱。16世纪30年代，幕府甚至连近畿区已经控制不住了。幕府或者皇室的命令，已经完全沦名玩弄权术的工具。
从击败蒙古远征，日本的战场秩序生了变化。在那前，武士是依靠骑杀特定目标的，足轻的是其提供一定掩护。日本人在博海滩见识了蒙古步兵弓箭齐的威力，很快便了一战术。不一工并不由武士担任，是被给了数量庞的足轻，使者了战场重的一员。1348年高师直指挥部队向南朝动进攻，佐佐木誉率领的2000名战斗人员中便拥有800名足轻弓箭手。部分骑马武士则始习蒙古重骑兵使的冲击战术，使长枪等白刃战武器相密集的队列向方动冲锋。此军队秩序仍比较差的步兵言，冲锋往往是致命的。
不15世纪末止，虽足轻在战场已经不再是完全的鼠辈，但名及其臣招募他的
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