二阶段是查的主战役阶段，间一直延续春节前夕。
阶段的工异常艰辛，查组人员最增加106人。全体人员不分昼夜核实单证，落实走证据。办案人员10余进口管理部门查阅，调取了量的档案、单证、票据，查阅了数百万条的电脑数据，先200余涉嫌走购买货的企业进行调查，搜寻走证据，140人次赴外取证，足迹遍及全国10省市，获取数百卷的笔录书证材料。
在此阶段内，植物油、品油、西药、香烟走案查结移审理组，查实的走案值已达230亿元人民币，查明的厦门区走案值已逾400亿元人民币。“查明”走情况“查实”走情况求的内容完全不一。湛江走案查明的走案值高达110亿元人民币，但在法庭审判中依据查实的走罪追究刑责任，公布的数字是29亿走案值。因走犯罪情况复杂。“查明”的求是，认定进口货物逃避了海关监管，就基本判定就是走，但是“查实”的求就严格了：必须搞清谁走，走什，数量少，价值，怎走，走的结果怎，走货物的走向，赢利少等等。不，你跟谁算法律账？怎认定他有罪，且罪行？
查案程中，建议专案组并按法律程序32人采取“两规”措施，18人采取刑拘留措施，21人采取监视居住措施，23人采取取保候审措施。赖昌星集团的走网络相互织的人际关系被查清。随着专案查处工不断向前推进，抓捕案犯的任务越越重。侦捕组的职范围不断扩，通缉、边（境）（布）控、抓捕、技侦、协查、预审等等工，所需人员越越。侦捕组最有89人。由查组、内查组提请抓捕象最竟达数百人众。被抓捕归案的先有215人，捕获率达52％，算创了该项记录。
案人员越越，进不，给专案组造巨压力。
此，1999年10月17日由缉警主体的审理组组建，其职是将查组移送的案件嫌疑人，认真取证、准确定、扩战果，熟移送检察院诉，直至送法庭判罪。
所，审理组的工十分繁杂，他工的最终目标是诉罪人。该组先从全国各海关42走犯罪侦查分局抽调了123缉警察，从全国19公安机关抽调公安办案民警37人，组了11办案组。缉警察利刑执法权己抓获犯罪嫌疑人200余人，先审理了500余嫌疑犯，将其中的319人采取强制措施。
植物油案，专案组咬紧元公司目标毫不放松，穷追猛打。查组1999年10月基本查清走实，将书证材料19卷、笔录材料12卷移审理组进行二环节的工。是“4·20”专案一查结移的案，其已固定案值19亿、确认偷逃税款12亿。
审理组接案，在定罪人方面做了量工。查且随案移犯罪嫌疑人24人，经补充取证、固定证据，移送检察院诉，法人走诉元外贸，走普通货物罪诉案罪犯10人。10人中包括了元公司的领导层中的副总经理陈黎岗、党支部书记蒋均生、总经理助理兼业务5部经理李瑛、财务部经理李卫华，及保税部、子公司的经理具体责任人员。说，元外贸“一班人”被一网打尽。