中亚船务公司的全面突破拓宽了办案人员调查取证的思路：赖昌星集团尽管进行了有组织有计划的销毁走证据的犯罪活动，但仅限厦门区且是与有共同利益的单位部门。在厦门区外，走活动遗留的痕迹应该比较完整保留着。
此，办案人员在突破中亚的同，又派两路人马飞赴福州、深圳调查取证。
福州一路主是获取“海峰山”轮的假口的证据。该轮的船东是福建省轮船总公司。福建轮船总公司提供了反映海峰山9702X航次向总公司报告的船舶航次、运载情况的“船舶、航次动态日报表”“生产实绩汇总表”。两张报表清楚记载着该航次从厦门港运载空箱口的有关数据。办案人员找了该航次的船长邵某、副吴某，两人均证实了装船的是空箱的实。
深圳一路主是寻找通兴轮其的行踪，准备船查抄。通兴轮的船东是烟台救捞局，被深圳通海公司长期承租，期间曾有若干航次承租给中亚，中亚又转租给富。
办案人员了深圳知通兴轮将在防城港停靠，就急飞防城。由1996至1998年间航行的船长、副一不在班，且船的资料未有有的东西，办案人员不不亲重新查抄。翻遍了船的各角落，最在6储藏室的3中抄了极具价值的资料：通兴轮9612、9706N两航次的韩国釜山港的理货单；副梁×的人工笔记本，面有7航次的离靠港间、装卸货物的实际情况，其中6航次明确记着在釜山卸的是空箱，9606N航次记载着重柜卸，但有涂改涂重新记载的明显痕迹；航海日志中有两航次记载了卸的是空箱。应该说，此行收获颇丰，至少是了通兴轮共10航次在釜山、那霸港卸空箱的书面证据。
11月中旬，办案人员飞赴烟台，找了1996至1998年间涉嫌参与走的2船长、3副并带回厦门，让他留存口岸有关单位的口舱单、载货清单及理货单等书证进行确认。他确认的结果是：通兴轮整船运装香烟从厦门口的16航次的单据中，除9707N9712N的副梁某的签名是真的，其余全系假冒签名。同益码头的理货员张福民证实，假冒签名系富船务驻厦办处陈滨所。9707N9712N的单据假签名曾被梁某无意中现，陈滨花数千元买通梁某己签真名。不，了参与犯罪的记录。
梁某笔记本9606N航次的记录涂改重柜又是怎回呢？原，通兴轮富船务派驻了一台湾籍的退休老船长江某航运监督。江在9606N航次期间现梁记载厦门口岸装空箱的情况，别梁施利诱，仅1000元代价就买走了一副的良，梁先涂改涂掉原记载的真实情况改写重柜的字。并且由江的监督，航海日志几航次均伪记重柜装卸的内容。有的副既不愿违背良，又不敢冒犯江某，干脆不记装卸内容。有两航次在中转港口那霸香港卸空柜的情况被客观记了。
老船长杨某回忆他轮值船长的航次结束，己列一件“某某航次终结报告”，内有油量、装卸货的真实记载，主向中亚结算费。晚12点，办案人员再次查抄中亚驻厦代表处，终获9702X、9704N、9705N、9706N4航次的“航次终结报告”，证实了4航次在厦装空箱船，在釜山卸空箱船的实。