西晋覆亡，各少数民族竞相建立政权，战争不已。中原的汉族人士不愿受胡族统治，纷纷南迁。西晋，北方诸州人口约七百余万。永嘉乱几次批南渡的达九十万人，约占八分一。东晋南朝境内人民，约土著占六分五，北侨人占六分一。司马睿与封国琅邪的族王氏建立默契，各镇南方，预谋退路。早在永嘉元年（307），司马睿已镇建业。长安陷，建武元年（317）睿称晋王，次年即帝位。
西晋末年的江南不平静。司马睿前，有石冰、封云领导的扬州、徐州农民义。身仓部令史的庐江陈敏，乘掌握江淮漕米机，招诱吴士族，企图在江东割据立。吴兴钱㻅图谋推翻司马睿扬州刺史王敦，在广陵兵。三次质不同的件中，孙吴的世族义兴周玘率领乡兵，支持了司马睿。江南族东晋初年拥有相强的武装实力，司马氏政权的南迁扫除了障碍。
东晋政权优遇南的北人，在他聚居的方设立所谓侨州、侨郡、侨县。侨州郡县沿北方原籍的旧名，但隶属关系极其错综复杂。有的侨州领侨郡、侨县，有侨州既领侨郡、侨县，领实郡、实县。有的侨郡、侨县又隶属实州。实郡有领侨县，侨郡往往领实县。有的侨郡县由是高门族的原籍，由侨郡县改领有实土的郡县，更的侨郡县因不具备此条件，有等待土断（东晋、南朝整理户籍及调整方行政区划的政策。其主精神是划定州、郡、县领域，居民按实际居住编定户籍），备领有实土。
侨州郡县人民不属编户，豁免租赋、徭役，并另立白籍，区别土著的黄籍。侨人中的层投附世族，受其荫庇的户口。其层亦即门阀士族，琅邪王氏、颍川庾氏、陈郡谢氏、谯国桓氏等，是司马氏政权的主依靠力量，在中央方担任职。此外，祖逖、郗鉴、刘遐、苏峻等士族中位较低的族，则先在胡族统治的北方立堡坞固，聚集宗族乡党数百至千，率领些流民南，归附东晋。他的武装早期抗胡的主力量。除郗鉴等少数人外，流民领袖未与司马氏政权合底。江南广土著人民是东晋王朝财政、徭役兵力的主源，负担沉重。但东晋初年，南方与北方民族矛盾突，南方内部阶级矛盾退居次位，东晋政权建立八十年，才爆规模农民义。孙吴族的层人物，司马氏被迫南所建政权，初并不竭诚拥护。陆玩目王导伧（南人北人的蔑称），拒绝与王氏通婚。晋元帝江南士族中政治、社影响较的人，顾荣、贺循、纪瞻、陆玩等，渡江初已加意笼络。元帝由己不掌握强兵力，拥有武装力量的南方豪强，暂不不倚重。周玘平钱㻅，甘卓破周馥，纪瞻御石氏。镇压杜弢义靠的是南土寒庶陶侃。北方的统治阶级南人终有顾虑，在攫取田产方面，侨姓族渡江，避江南族的田园聚集，王氏、谢氏、郗氏、蔡氏等，深入内稽、临海一带广占土与山泽。政治南人更有戒，陶侃立功反被王敦从荆州迁官广州。元帝义兴周氏怀疑惮，致周玘忧愤死。沈充、钱凤怂恿王敦兵反司马氏，陶侃庾亮积怨深，反映统治阶级中侨人士族的压倒位侨人、南人间的矛盾。
晋元帝初年，有扬、江、荆、湘、、广、宁、梁、益、徐、豫十一实州，领九十六实郡，同始置立侨郡、侨县。至孝武帝太元四年（379），有扬、江、荆、湘、、广、宁、豫、徐九实州，幽、燕、冀、青、并、雍、秦、梁、益九侨州，领实郡八十四，侨郡四十余。东晋侨州不冠南字，刘宋侨州始冠南字，南徐、南兖。东晋疆土缩，州郡数远远超西晋。刺史本人或所带将军府的长史、司马，往往兼任州治所在的郡守。州分区置督，刺史充任，有兼督数州及某几州中的数郡军，督镇守常依形势变化有改动。东晋仕宦途径体仍由公府辟召、州郡察举秀才、孝廉中正依九品选拔官吏。但已非西晋那一统局面，元帝称“寄人国土”，因中央官制虽沿西晋，颇加简化，求权统一、行简便。光禄勋等九卿或省或并，方官郡丞亦曾省罢。魏晋尚书与中书、门职责原有分工，相互制约；东晋的录尚书及尚书令有兼中书监、令，尚书仆有兼门、中书官职，但仍尚书职位主。单任中书令者，优游无，文采、经义见重。扬州是政治、经济、军重所在，中央政府首脑录尚书或尚书令，往往兼督中外军或数州军、扬州刺史或丹阳尹等京畿方长官，控制实权。所东晋权集中宰相，与西晋的皇帝集权，尚书、中书、门并立，互相牵制的形势不同。
帝咸五年（330），始度百姓田收租，改变西晋课田五十亩收租四斛办法，率每亩税米三升。户调仍沿西晋每户绢三匹、绵三斤制。孝武帝太元二年（377）废除度田收租制，口象，王公口税三斛。八年，又增税米每口五石，抵比西晋赋税重。东晋的徭役极繁重，孝武帝“殆无三日休停”。东晋户口应不少东吴（五十二万户，二百三十万口），桓温疏说户口凋寡，不汉一郡（东汉最南阳郡有五十二万户、二百四十万口）。主是由依附人口太，东晋规定给客制度，品官庇荫流民佃客，一、二品官荫占佃客四十户，三品三十五户，四品三十户，五品二十五户，六品二十户，七品十五户，八品十户，九品五户。政府所承认的荫占佃客数字，各品官比西晋增。他的户口附主人的户籍，实际，官僚贵族所荫庇的佃客，远不止规定的数字。他不负担国的租税徭役，但须收获的一半给主人。佃客外，有称典计、衣食客等名目的依附人口。此，世代兵的兵户依存在，同逃亡农民、罪犯及其属、被俘少数民族、豁免的奴隶等兵。招募的军队占重位，著名的北府兵，就是招募劲勇组的。
东晋疆域狭窄，贵族官僚量占山固泽。世族量庇荫人口，未入门的侨人流民，又不编户籍，影响政府的财源与兵源。帝咸（326～334）已始实行土断，即侨人从白籍（东晋、南朝设置侨州郡县安置侨民，他的户籍白纸书写，称白籍）移入黄籍（两晋、南朝正式户籍的称谓），所居方的正式编户，纳税服役。在实行土断的同，必搜检官僚贵族隐匿的户口。桓温、刘裕执政期，两次规模实行土断，收“财阜国丰”拓兵源的效果，有利巩固偏安江南的政权。
东晋统治阶级内部，存在着北人士族与南人士族，北人士族中的层与层，皇室司马氏与侨姓族，各族间，中央与方（扬州与荆州）等错综复杂的矛盾。流行的“王与马，共”说法，既反映了王氏扶持在南方尚未站稳的司马氏政权，反映了东晋一代皇室与侨姓族不断的斗争。王导执政，宽著称，其目的除结南人，巩固司马氏位外，维护世族的利益。元帝王敦简文帝桓温，曾有“请避贤路”的表示，封建社中的君臣关系所罕见。“君弱臣强”的局面，是司马氏与王氏首的各族“共”的结果。
王敦担任督江、扬、荆、襄、、广六州军、江州刺史，拥重兵镇守武昌（今湖北鄂州）。元帝畏王敦，任刘隗、刁协与相抗。刘、刁维护皇室威权，“崇抑”，批征调族的奴僮依附的客，充兵役，引王氏等族的不满。永昌元年（322），王敦问罪刘隗、刁协名，兵攻建康，杀死刁协等。又从武昌移镇姑孰（今安徽涂），领扬州牧，内外权集一身。两年，王敦病重，仍命其兄王含元帅，率军进攻建康。建康未克王敦病故。他虽被遣责叛逆，琅邪王氏的位却未受任何影响。
帝即位年幼，舅父庾亮执政。北方的流民首领苏峻、祖约拥有重兵，分别驻在历阳（今安徽县）寿春。他不满族庾亮、卞壶等人的排挤，咸二年（327），兵进攻建康。江州刺史温峤乞援荆州刺史陶侃，联合击败苏峻。陶侃死，庾亮代江、荆、豫三州刺史，既拥强兵据游，又执朝廷权。他代表皇室利益，与王导产生矛盾。但在冲突表面化前，王导、庾亮相继世。
桓温继庾氏据有荆楚，又领扬州牧，集内外权一身，企图夺取司马氏政权。桓温先废司马奕海西公，立简文帝，实则企望其让位己。穆帝，简文帝稽王辅政，任殷浩抵制桓温，但未功。接近皇室的庾氏族中，人被桓温杀害。桓温病中求朝廷赐他“九锡”，禅让的前奏。由谢安等人的拖延策略，桓温不及待死。谢安辅政，侄儿谢玄在淝水战中立
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