漠北蒙古丧失，漠南蒙古就抵御噶尔丹的重屏障。
在决战前，康熙依按照己的套路先招抚噶尔丹，他屡次派遣臣噶尔丹做思工，收效甚微。他又求达赖喇嘛派一有名望的喇嘛清廷臣一劝说噶尔丹贵。
噶尔丹在礼节清廷使者优待有加，表现特别恭顺老实，并声明己是中华族的人，己就是皇帝的臣民。一方面态度极，另一方面任何实际行动不采取，恭顺层次仅停留在言语，正是康熙的老祖宗努尔哈赤年玩的戏。
经长年的征战，噶尔丹手已经有几十万军了，实力是外的本钱。噶尔丹仗着己势力强，公拒绝康熙的建议，他使臣说：“我若与土谢图汗讲，那我弟弟的命，谁赔偿？我一定灭掉喀尔喀的，抓住哲布尊。”
噶尔丹已经西藏达赖的支持，他进一步谋求沙皇的支持，噶尔丹几乎每年派人进入俄国，希望跟俄国建立军同盟，并俄国的枪炮资助。俄国方面是者不拒，有甜头的情干。
尼布楚条约签订的二年，噶尔丹就让使者带着信见戈洛文，希望戈洛文够兵协同战。戈洛文则保证俄国军队实际行动支持，此，康熙保持了高度的警惕。他一方面谋求平途径解决问题，另一方面命令亲王福全噶尔丹准备南的军进行抵御。八月，康熙又命己的舅舅侍卫内臣佟国维、领侍卫内臣费扬古、理藩院尚书阿喇尼监视噶尔丹的动向，同，康熙命令蒙古各部落集结，随听候调遣。
康熙二十九年（1690年）五月，噶尔丹带兵四万，沿着克鲁伦河游行军，渡乌尔扎河，扬言借兵俄罗斯，一同灭掉喀尔喀。康熙立即致书俄国沙皇，质问：“噶尔丹扬言你兵，共同入侵喀尔喀。喀尔喀已经归顺了我清，果误信了谣言，是违背誓言重新启兵祸了，希望你尽快停止导致两国纷争的行动。”
次两次雅克萨战的惨败，让沙皇康熙始终存畏惧。收康熙的警告，沙皇最终收敛，不敢兵。
噶尔丹是一猛人，有沙皇赞助，绝不放弃军计划的。六月，噶尔丹沿着格尔格河进军，乌尔河畔。理藩院尚书阿喇尼带着军队紧紧跟随噶尔丹，阿喇尼的任务是监视噶尔丹，康熙一再叮嘱阿喇尼千万不噶尔丹正面冲突，等各路兵马聚集再前夹击。
不，阿喇尼有遵守康熙的指示，续部队，他就向噶尔丹动了进攻。阿喇尼派遣了两百蒙古武士偷袭了敌人的前锋部队，派五百喀尔喀人扰敌人护送牲口辎重的队伍。敌人的牲口辎重，蒙古军喀尔喀军争先恐抢夺，军纪一片混乱。部队一片混乱，阿喇尼令撤军，惜部队已经混乱，不听使唤。噶尔丹立即将部队分两翼，布阵等待敌人。阿喇尼派遣清军进攻，噶尔丹让部队齐火器。清军惊恐，连连败退。
接着，噶尔丹兵分两路夹击清军，清军溃不军。阿喇尼擅战让康熙很愤怒，革他的议政头衔，并降四级。
七月，噶尔丹挺军深入乌珠穆沁。康熙明白，必须重拳击了，他命令哥哥福全抚远将军，儿子胤禔副将军，从古北口；硕恭亲王常宁安北将军，硕简亲王雅布、罗信郡王鄂札副将军，从喜峰口；康熙己，则率领中路军，亲征讨噶尔丹。
康熙次是铁了将噶尔丹一网打尽，了一举摧毁噶尔丹，康熙屡次派使者噶尔丹那，扬言谈，实际是了麻痹噶尔丹。
康熙的舅舅佟国维率领先锋部队，康熙他说：“先遣部队达前线，果噶尔丹准备逃跑，你一定全力追击；果噶尔丹前迎敌，千万稳住，不主动跟他硬拼。”
佟国维问：“那我应该怎办呢？”
康熙说：“你告诉噶尔丹，圣特派遣硕裕亲王皇子前，你谈，申明礼法，从此，结盟友。”
康熙让人送给噶尔丹牛羊，噶尔丹派人清军营，一再表示愿意清廷修，秋毫无犯。与此同，噶尔丹强烈求清廷土谢图汗哲布尊等人，声称清廷做了，己马撤军。
七月底，噶尔丹军深入离北京有七百的乌兰布通，由此见，噶尔丹根本不康熙放在眼。清廷抚远将军福全赶，噶尔丹已经占据了有利形——依林沮水，噶尔丹创造了一非常有意思的阵形。他让千万的骆驼趴在，背放着箱垛子，垛子盖着湿润的毡毯，士兵躲在箱垛子面箭，阵型号称“驼城”。
清军隔河列阵，彻底占据了先进武器的优势，他炮火疯狂轰击面的驼城，顿炮火齐，响声震，战况激烈，从午一直打晚，驼城被轰七零八落，清军骑兵步兵同击，将敌人的营垒全部攻破，但清军付了惨重的代价，康熙的舅舅佟国纲就在场战役中中枪身亡。
由夜晚已临，清军不不收兵。
晚，噶尔丹的使者济隆带着七十人讲，竭力噶尔丹，济隆说：“不完全怪噶尔丹，喀尔喀几部落的人不太厚，他的部无知，抢了我的牲口。我的汗不是一头目，怎敢在清皇帝面前嚣张。不他仇视土谢图汗哲布尊，才犯了错误，现在他已经不索回土谢图汗哲布尊了。”
连夜，噶尔丹派人送一封亲笔信，表示：“现在蒙皇帝示，不敢再犯喀尔喀了。”明明是被打服了，说是示，噶尔丹不愧是聪明人。
康熙不在场，福全相信了噶尔丹的谎言，主张，放了噶尔丹，让其他部队不阻截噶尔丹。就，噶尔丹顺利逃。果福全够军齐，噶尔丹早就被擒获了，那些麻烦就避免。惜，福全仁厚，相信了他，了，他受康熙的责备，被革议政并罚薪一年。
在逃跑块，噶尔丹表现了不亚战场的英勇，他连夜偷渡什拉穆楞格河，翻碛山，一路逃科布。虽离险境，噶尔丹的部队遭受了重的损失，剩几千伤残兵。
人已经逃走了，康熙本着穷寇莫追的原则，给噶尔丹了最的警告：“不再侵犯归附清朝的喀尔喀一人一畜，果违反誓言，必定追击底一网打尽。”