经两次惨败，噶尔丹精锐主力丧尽，财产所剩无几，本营伊犁又被侄儿占领，已经了山穷水尽的步。
康熙三十五年（1696年）九月，回京才三月，康熙又坐不住了，他决定再一次御驾亲征。次亲征很显比两次轻松了，康熙有像次那带着军在沙漠穿行，是直接归化城（呼浩特市）视察。十一，康熙前往鄂尔斯打猎，处散消息，实际是一边打猎，一边等待噶尔丹前投降。
康熙所悠闲，是因噶尔丹已经失了抵抗的资本，除了投降别无活路。康熙亲写了一封招降书，印了几百份让人分，所康熙很信噶尔丹一定投降的，康熙部说：“即使噶尔丹不投降，他的部众必溃散，纷纷前投降。”此，康熙命令费扬古停止噶尔丹进行征剿，旨在给噶尔丹投降的间。
确实，噶尔丹主力部队被歼灭，本营又被侄子占据，前控制的一些区域纷纷离噶尔丹的控制。噶尔丹回伊犁，又担侄子吃掉己；南投西藏，又嫌路途太远，中途很方被清军控制；噶尔丹投靠俄罗斯，但是又怕沙俄不敢接纳己。结果，像孤魂野鬼一在草原晃荡。
昭莫战失败，噶尔丹做一些努力，收集残兵，形了五千人的军队。他带着些人在台库勒举行一次盟，商讨今的决策。在议，噶尔丹失败的强人是统一了思，不他并有解决内部矛盾，先有不少人马叛逃，离他的控制，正康熙所料。
但康熙很显低估了噶尔丹的生存力，在入冬前，噶尔丹已经赶萨克萨图古克，野兽很，解决了噶尔丹生计的困难。噶尔丹的流浪军团居在渡了严寒的冬。
康熙等了很久，始终有等噶尔丹，不他等了噶尔丹的使者寨桑格垒，人是噶尔丹营帐中数不的外高手，次跟清廷打。使者表示噶尔丹愿意投降。康熙则表示噶尔丹必须亲投降，康熙给噶尔丹七十的间，果七十噶尔丹有，即将军征剿。
噶尔丹是不折不扣的顽固派，从真打算投降。，噶尔丹的部属主张投降清廷，说森林野兽虽，但是我了，野兽惊骇四散，法维持生计了。
噶尔丹沉默无语，丹济拉等人劝他投降，噶尔丹不同意。噶尔丹不仅不投降，派遣使者找康熙，让康熙归前投靠清朝的人。结果，使者不仅有完使命，反举投奔康熙。噶尔丹已经众叛亲离，虽已经走了穷途末路，但噶尔丹是决定与清廷抗底。
了步，连最忠噶尔丹的丹济拉离他，噶尔丹两次召他，他不理睬。他派人召另一亲信杜哈尔阿拉布坦，结果杜哈尔阿拉布坦反抢走了人的马驼。部族中的人散的散，背叛的背叛，有的人甚至配合清廷追剿噶尔丹，噶尔丹的侄儿甚至抓住噶尔丹向清廷邀功。
面处境，噶尔丹即使不死，难气候了。就在康熙从宁夏坐船返京的途中，收费扬古的奏章：噶尔丹已死。
关噶尔丹死有不同说法，有的说是病死，有的说是杀。费扬古噶尔丹的手说是病死，但康熙此很怀疑，认噶尔丹是杀。有杀，才突康熙在政治的胜利，康熙证明是己击败了手的生存意志，不是什疾病。
回京，皇太子举行了盛的欢迎仪式，文武百官在德胜门外跪迎凯旋的皇帝。
康熙三十七年（1698年）九月十二日，噶尔丹的遗骸被运送北京，悬挂在城门外示众。不久，依照吴三桂的例子，挫骨扬灰，警者。
次战役不仅维护了清廷内部的稳定，扩展了清帝国的领土，清朝将边境线延伸阿尔泰山一带，并将广阔的喀尔喀蒙古正式纳入版图中，清帝国的领土达一千三百万平方公。