康熙三十五年（1696年），清军在昭莫打败噶尔丹。在缴获的物品中，康熙现了桑结嘉措噶尔丹往的文书，此外，从投降的战俘中知五世达赖早已圆寂。
八月，康熙派人持敕书西藏，揭露桑结嘉措勾结噶尔丹、欺骗朝廷的罪行。使者，桑结嘉措就四问题答复：
一、五世达赖早已世，何不向皇帝报告？秘不丧底是什意思？
二、何跟噶尔丹狼狈奸，帮助噶尔丹搞分裂活动？济隆活佛何不但不阻止噶尔丹，反噶尔丹诵经助威？噶尔丹战败，济隆活佛何缓兵计让他逃走？应立刻将济隆活佛送北京。
三、五世达赖圆寂，什不让五世班禅主持务呢？清廷邀请五世班禅进京，何恐吓班禅说：“你做的话，噶尔丹将击杀你。”请立刻让班禅主持政务，并让班禅进京朝觐。
四、立刻将嫁给青海硕特部的噶尔丹女儿送北京。
康熙在诏书中毫不客气表示，果有给述问题一圆满的答复，将立即兵进攻西藏。软硬兼施是康熙的本领，在处理各问题他做游刃有余，随所不逾矩。
桑结嘉措针康熙的强硬，不敢不给答复：
一、五世达赖圆寂已经十六年，情况紧急，运艰难，了防止西藏区生动乱，所才秘不丧。现在六世达赖已经十五岁了，我将在康熙三十六年他举行坐床典礼，恳请皇帝在此前此保密。
二、济隆活佛确实有罪，我已经革他的职位，并抄他的产。我一定遵旨将他送北京的，望皇帝恩，不杀了他。
三、五世班禅有赴京不是因那原因，是你派的使者说了一些恫吓的言语，所才的。关班禅何日赴京，我一定详加讨论的，给皇帝一圆满的答复。
四、噶尔丹的女儿是在噶尔丹攻打喀尔喀前嫁给博硕克图济农的儿子，他结婚前噶尔丹是一很老实的人，所他的女儿实在是无辜的，希望皇帝不拆散他，免妻离子散，不。
康熙毕竟是一明君，虽他桑结嘉措很不满，但是了各民族的团结友，他是做了让步。康熙本着“不生贵”的原则，宽恕桑结嘉措的罪行。桑结嘉措履行了己的承诺，将济隆活佛送北京。济隆北京，遭软禁病死。
尽管康熙的原谅，但桑结嘉措已经无法控制住西藏的局面了。康熙三十七年（1698年）正月，噶尔丹的侄子策旺阿拉布坦便疏弹劾桑结嘉措：“巴桑结嘉措人在达赖死秘不宣，分明有什不告人的企图……他诈称达赖言，在喀尔喀中制造混乱，此唯恐不乱的喇嘛，实在是古未有。希望皇够明察，不让法门受玷辱，请陛荡涤法门，使干净吧！巴人做的坏远不止此，他监禁班禅，派两红帽喇嘛诈称是达赖的化身，巴此破坏法门清誉，实在是理难容神佛共怒啊！”
康熙此并有做明显的表态，他很清楚，策旺阿拉布坦是在跟桑结嘉措争权，果处理不，肯定引麻烦。
桑结嘉措不顺眼的远远不止策旺阿拉布坦，硕特部汗王巴非常不满。康熙四十年（1699年），硕特部的达赖汗世，其子旺扎尔继位，两年，旺扎尔的弟弟拉藏汗赶走哥哥，己登汗位。拉藏汗继位，跟桑结嘉措的矛盾更加激烈，并康熙四十四年（1705年）在拉萨生战争，桑结嘉措兵败被杀。一，硕特蒙古重新取在西藏的统治位。
拉藏汗的些军行动无疑深康熙欢，腹仇敌被拉藏汗清除了，康熙的情是喜悦的，他给予了拉藏汗充分的信任。
西藏问题是非常复杂的，矛盾盘根错节，宗教领袖达赖军集团硕特汗王是古就存在矛盾，他夺西藏的最高统治权。顾实汗死，青海的台吉西藏的硕特汗间了争权生了冲突，青海的些台吉内部又有许分歧矛盾。各势力挟持达赖提高身的威望，真假达赖就是在的情况生的。
五世达赖死，居现了三六世达赖。
真假达赖争的肇始者是拉藏汗。康熙四十四年七月，拉藏汗突给康熙了一奏章，陈述了“假达赖”情的整经，拉藏汗的意思是由桑结嘉措确立的仓央嘉措六世达赖根本不是真的转世灵童，仓央嘉措酒色，哪有佛门高人的半点子。拉藏汗请求康熙废黜达赖，寻找真正的转世灵童。
仓央嘉措底是什人呢？他的表现又有什异活佛的方呢？
仓央嘉措布达拉宫，他的表现跟前世完全不一，他很聪明，不他的聪明停留在爱情诗歌的追求，跟人印象的活佛迥有别。他写了很有名的诗句，我不妨摘录几首：
中爱慕的人儿，若够百年偕老，不亚从海面采珍奇的异宝。
凛凛草霜，飕飕寒风。
鲜花与蜜蜂，怎不分离？
爱人祈福的幡儿，树在柳树旁边。
守柳树的阿哥，请别石头打它。
一活佛居是写情诗的高手，是人无法接受的。桑结嘉措生前试图纠正他离经叛的倾向，是根本不。桑结嘉措被杀，拉藏汗将他押往北京。令人吃惊的是，在行至西宁口的候，位“假达赖”居病故。究竟是不是病故无人清楚，有人说他是被害，有人说他五台山云游了。
仓央嘉措死，拉藏汗受命寻找真正的转世灵童。拉藏汗立伊喜嘉措新的六世达赖，伊喜嘉措了十一年达赖，且经班禅康熙皇帝的确认，但是始终无法藏族人民的承认。西藏人民始终认仓央嘉措是六世达赖的真身，尽管拉藏汗苦口婆告诉人仓央嘉措离经叛的行，惜无法动摇百姓仓央嘉措的信仰。由西藏内部达赖不信任，康熙四十八年（1709年），康熙青海台吉拉藏汗不合由，派遣侍郎赫寿入藏，协助拉藏汗管理西藏务。是清廷一次派遣驻藏臣，由西藏的局面比较复杂，康熙派人西藏封五世班禅班禅额尔德尼，通提升班禅的宗教位缓解西藏的宗教危机。
由西藏伊喜嘉措很不满，拉藏汗的压力很，果傀儡不西藏人的拥戴，那他的统治权就受威胁。，拉萨层找了一名叫格桑嘉措的人真达赖的转世灵童。康熙再次让班禅确认真假，班禅仍认是真的。
康熙皇帝废黜仓央嘉措的行引了西藏人民的抵触情绪，他支持的拉藏汗在西藏深陷政治危机。在西藏内部，逐渐酝酿一股风潮，企图寻求准噶尔部落的人赶走拉藏汗。
西藏生动乱，拉藏汗被杀，伊喜嘉措被囚禁在拉萨的药王山。