平定青海叛乱，年羹尧提了十三条善建议，雍正全部接受了。些建议分别是：
一、根据青海硕特诸部战争的不同态度，分别给予奖赏或者惩罚，恩威并，此警示那些反复无常的部落。
二、仿照喀尔喀蒙古，实行札萨克制度，给硕特各部落制定游牧，编佐领，授予佐领札萨克。让他内部不互相征战，不反抗中央。各部落每年举行一次盟，盟长由清皇帝制定，不许他推选。
三、前硕特人进贡有规律，现在将他的部落分三班，三年一班进贡一次，九年一轮回，进贡马匹骆驼备。硕特人内的贸易，指定在西宁西川口外的日月山进行，每年易四次。
四、在青海的喀尔喀蒙古人，前受硕特的统治，了分化硕特，允许喀尔喀设置佐领，建立札萨克，听命中央政府。
五、青海的藏人原本受制硕特，需定期缴纳赋税。现在应该些藏人统一编户籍，设立卫所，由我收税。再挑选一部分藏人任命千户、百户、巡检，他负责帮我收税，我收的税最比他前给硕特部落的少，便抚慰。
六、应该安抚达赖班禅些人。譬，每年赏赐五千斤茶叶给达赖，班禅两千五百斤。藏人内贸易，两处税，既给清军，又给达赖。了促进贸易的展，不两免收税。
七、整顿青海的喇嘛寺。喇嘛寺是次叛乱的一重力量，且些喇嘛寺特别，的有几千人，少的有五六百人。些喇嘛收钱收粮，很容易叛乱势力的温床。所，最规定每喇嘛寺不准超三百人，且不收税，他的衣食住行由政府解决。
八、从西宁北川口、通河、野马河、甘肃扁口，些方应该沿途建设一些城堡土墙，严禁蒙古人进入游牧。
九、在西宁些方应该增加驻军，便随弹压。
十、在藏人居住的许方，应该设置驻军。
十一、设立一些新的军营，相应减少一些旧的军营人数。
十二、在西宁甘州、凉州间，屯田，将直隶、山西、河南、山东、陕西等流放的犯人押干活。
十三、年羹尧从西宁撤回西安，办理川陕总督的务，岳钟琪留兵四千，负责善。
年羹尧提禁止青海十二，雍正认他的建议周密有效，采纳了。平定叛乱，再加些善措施，使清政府有效控制了青海。在康熙期，中央政府青海的控制停留在间接统治的层次。
青海平叛虽名义解决青海蒙古人叛乱的问题，但其实涉及西藏问题。青海与西藏毗连，稳固了青海，有助解决西藏问题。功解决青海叛乱问题，固有年羹尧、岳钟琪等人的功，但离不雍正的英明决策。雍正一始通平手段解决问题，惜行不通，便坚决主张武力，哪怕罗卜藏丹津再三请罪请求息兵，雍正不答应。次胜利，充分显示了雍正人的高明，他将权委任给年羹尧，同又给岳钟琪充分的主权。比，岳钟琪曾经奏给雍正，说军情千变万化，请求不必先请示年羹尧再行动。雍正批：“朕信你，凡持重。西边有年羹尧你两位，朕高枕无忧了。希望你快点功，早点传捷报。”
果不是雍正充分放权，信任年羹尧岳钟琪的人，平叛不此顺利。