雍正四年四月，鄂尔泰兵分三路，进攻长寨，一路途经谷隆，一路途经焦山，一路途经马洛孔。随，鄂尔泰亲贵州，长寨等巡视。
长寨等是苗疆的腹带，的土司尤其猖狂。夏，官兵焚烧敌土司的寨子，是有抓他的首领。副将刘业浚战犹豫，迟疑不前，贻误战机。鄂尔泰便任命总兵石礼哈前搜剿，石礼哈获全胜，歼灭了敌人的首从，缴获弓弩四千五百张，毒箭三万支，铠甲牲畜更是不计其数。
鄂尔泰便在设置参将营，扼守一带的险。鄂尔泰在设立了保甲，推行保甲法。接着，鄂尔泰趁着余猛未歇，又在广顺、定番等招抚了六百八十寨子。不久，在永宁、永丰、安顺等招抚了一千三百九十八苗寨。贵州西、北、南三面的局势逐渐稳定了，鄂尔泰便集中兵力向东面的苗岭山脉清江、江流域进攻。
根据鄂尔泰的说法，的苗患更甚土司，的苗人，连贵州土司钳制不了。苗人盘蔓延几千，在盘踞着一千三百苗寨，古州在其正中间。
六年，鄂尔泰推荐贵州按察使张广泗率兵剿匪。张广泗是实干型人才，他带兵深入古州区古州江流域，雷山县区、九股河游区及丹寨县等区，被张广泗给降服了。张广泗拿些盘，在设置了厅县，安排了同知等官员处理民，并在各驻设官兵。
古州台拱等设置流官，土司的势力依不觑，平定久，苗人几次暴动。雍正觉，苗人此不安分，一定是缺少教化，便安排几官贵州训导，惜有任何效果。
二年，古州台拱是生了叛乱。叛乱者古州台拱中，攻陷黄平，洗劫凯，围困丹江厅，气势汹汹。雍正命哈元生扬威将军，董芳副将军，领兵剿匪。七月，雍正命刑部尚书张照总理苗疆务臣，让允礼、弘历、弘昼、鄂尔泰、张廷玉等人协助张照处理苗疆务。
张照任，反鄂尔泰的改土归流政策，密奏雍正，改变改土归流政策，放弃苗疆，所谓放弃不是允许其独立，是说不插手苗疆的内部务。张照拉拢哈元生一弹劾鄂尔泰，哈元生是鄂尔泰一手提拔，不愿做忘恩负义的情。张照转拉拢董芳，不断在雍正面前夸奖董芳，诋毁哈元生。
张照是才名满的士，军一窍不通，他苗疆，整就怎搞垮鄂尔泰，思很少正面。在张照的理论轰炸，雍正逐渐改土归流的政策产生了动摇，，他已经完全相信了张照的话，认改土归流不是一政策。
乾隆即位，罢免张照，重张广泗，最终完了改土归流的改革。
云南的土司相猖狂，乌蒙、镇雄、东川三土府域辽阔，土司势力强悍。三府前属云南，朱元璋收取，将三府划归四川。明朝曾经打算在镇雄实行改土归流政策，因的土司陇氏反罢。康熙三十一年，清政府准备东川实行改土归流，但由撼不动土司的利益，改革徒劳无功，流形式。
雍正四年三月二十日，鄂尔泰建议雍正将东川再次划归云南，雍正的同意。雍正让总兵刘元驻扎在东川，随鄂尔泰奏请马龙州知州担任新任的流官知府。就，在东川功实行了改土归流，无非是增加了两东西，一是军队，一是衙门。
接轮乌蒙镇雄了，乌蒙的土司是禄万钟，镇雄的土司是陇庆侯，两人年纪比较，所真正的权力掌握在他的叔叔禄鼎坤陇联星手中。鄂尔泰让刘元招降禄鼎坤，禄鼎坤被招降，禄万钟邀请陇联星一攻打禄鼎坤。鄂尔泰遂派哈元生支援禄鼎坤，接连攻破关隘，禄万钟败退镇雄。鄂尔泰又招降陇联星，陇联星投降，禄万钟陇庆侯等人逃四川，投降了。
就，乌蒙镇雄实行改土归流政策，哈元生因屡建战功，很快就升云南提督。
，在改土归流的程中，叛乱是常便饭，但有阻止新政策的步伐。从雍正四年雍正世，接近十年的间，基本在云南、贵州、广西、四川、湖南、湖北六省完了改土归流改革。