1894年，中日甲午战争爆，中国战败。战争的惨败促使光绪一些有识士积极图谋变法，珍妃力挺光绪，坚决支持光绪变法。
珍妃做等是重蹈干政的覆辙，但一女人有其他选择，爱光绪，愿意他分担忧愁。光绪的势力远远不慈禧，有一些维新派支持光绪，在宫，光绪就更加势单力孤，有珍妃是信任的人。
光绪戊戌变法除了富国强民，是了跟慈禧争权，珍妃介入此，让慈禧格外恼怒。
戊戌变法失败，慈禧肆搜捕维新派，珍妃未幸免。光绪被囚禁在瀛台，珍妃被幽禁在钟翠宫一偏僻的方。从此，光绪珍妃再不见面。
被囚禁久，珍妃就死了，年仅二十五岁。
关珍妃死，一直众说纷纭，有人说珍妃是投井死，有人说是被李莲英杀死的，有人说珍妃是被崔玉贵推入井中死。
究竟珍妃是死何因呢？
根据《清朝野史观·清宫遗闻》的记载，八国联军攻入北京，慈禧挟持光绪西逃，在逃前，慈禧忽了珍妃，让人珍妃从北三所释放，原本带着一逃，但是珍妃，居找慈禧，再一次激怒了老佛爷。珍妃请求慈禧让光绪坐镇北京，与八国联军涉。
听话，慈禧即火冒三丈。珍妃提议是合乎情理的，年咸丰逃，让恭亲王坐镇北京，什慈禧听珍妃的提议此生气呢？
其实，珍妃的意思很明显，希望光绪借着机将权力控制在己手中，并在朝中树立己的威望。光绪亲政，实际是傀儡，现在是夺回权力千载难逢的机。
盛怒，慈禧秘密让亲信太监崔玉贵将珍妃推入贞顺门的井中。
一太监，崔玉贵在宫中的位仅次李莲英，他是慈禧弟弟桂祥的干儿子，跟慈禧的关系非常近。慈禧回京城，了平息谣言，将崔玉贵赶宫。众人说，己绝有珍妃推入井中的意思，不是在气头说说已，崔玉贵了讨己，主张珍妃推入井中。
光绪听说珍妃的死讯，浑身颤抖。在那一刻，光绪的世界在崩塌，堂堂的清皇帝，连己爱的女人保护不了，光绪的精神深受打击。从此，光绪的内世界充满了压抑，遭受政治情感的双重打击，光绪原本脆弱的灵已经变碎片。
所，光绪英年早逝不是什奇怪的情。
据说，直临终前，光绪身边一直带着一盒子，盒子装着珍妃的头，真是一痴情子。光绪经常着珍妃的头呆，恽毓鼎目睹光绪愁怨，写了一首诗歌颂光绪珍妃的深情：
金井一叶坠，凄凉瑶殿旁。
残枝未零落，映日有辉光。
沟水空流恨，霓裳与断肠。
何泽畔草，犹宿鸳鸯。
1902年返京，慈禧了洗谋杀珍妃的嫌疑，外宣称珍妃是一烈妇，所投井是了避免被洋人玷污。此，慈禧恢复珍妃的名誉，晋封皇贵妃。
珍妃的尸体在井泡了一年，恢复名誉，的姐姐瑾妃才敢恳请慈禧将妹妹的尸体打捞，慈禧恩准了。珍妃的尸体打捞，被草草埋葬西直门外田村，方有很坟墓，主是埋葬太监宫女的。
慈禧死，直民国二年（1913年），瑾妃才将珍妃葬光绪的崇陵。